Bên cạnh những mặt đạt được đem lại thành công thì Yamaha Motor Việt Nam vẫn còn những hạn chế sau đây.
Hoạt động nghiên cứu thị trường để đưa ra sản phẩm mới chưa bắt nhịp được nhu cầu của thị trường. Cụ thể là dòng xe tay ga Yamaha Việt Nam tung ra thị trường chậm hơn các hãng khác, ví dụ như xe Attila của hãng VMEP ra đời từ những năm 1998, thì phải đến năm 2001 Công ty YAMAHA mới tung ra được dòng xe tay ga là Nouvo, do đó thị phần dòng xe này có một khoảng thời gian dài nằm trong tay đối thủ mà không có sự cạng tranh từ sản phẩm của mình.
Mặt khác trong công tác dự báo thị trường còn nhiều khiếm khuyết, căn cứ vào tình hình khủng hoảng kinh tế toàn cầu, căn cứ vào đánh giá của hiệp hội sản xuất Ô tô xe máy, Công ty YAMAHA cũng có nhận định rằng thị trường năm 2009 sẽ ảm đảm, không có tăng trưởng, hoặc tăng trưởng kém, thực tế thì ngay từ quy 2 năm 2009 thị trường xe máy đã có tăng trưởng vượt bậc, khiến cho công ty phải lần điều chỉnh kế hoạch sản xuất.
được sự mong đợi của khách hàng, một số dòng xe của YAMAHA như xe Mio còn có mức tiêu thụ nhiên liệu cao, giá thành của xe YAMAHA còn cao hơn xe HONDA ở hầu hết các dòng sản phẩm.
Sản phẩm của YAMAHA tại thị trường Việt Nam chỉ đa dạng ở dòng xe khá và trung bình, thực tế ở dòng xe cao cấp, Công ty YAMAHA và bản thân cả HONDA cũng chưa có dòng xe nào ở phân khúc này. Ở lĩnh vực này hãng Piaggo đã xuất xưởng thương hiệu Vespa LX125 với giá trên 60 triệu đồng. Vậy nên phân khúc dòng xe cao cấp đắt tiền hiện nay vẫn do các dòng xe nhập khẩu nắm giữ.