Thuế này đánh trên giá trị tăng thêm của hàng hoá, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng phát sinh trong quá trình từ sản xuất, lu thông đến tiêu dùng. Thuế giá trị gia tăng theo phơng pháp khấu trừ mà Trung tâm Công nghệ thông tin áp dụng thì:
Số thuế giá trị gia tăng Số thuế giá trị gia tăng Số thuế giá trị gia
phải nộp đầu ra tăng đầu vào
Điều đó có nghĩa số thuế giá trị gia tăng đầu vào sẽ đợc khấu trừ, doanh nghiệp chỉ đóng vai trò là ngời nộp hộ cho ngời tiêu dùng sau. Do đó, dới giác độ là một loại thuế gián thu, thuế giá trị gia tăng có tác động trực tiếp đến ngời tiêu dùng. Việc
= _
Chính phủ u đãi thuế giá trị gia tăng trong lĩnh vực này là nhằm khuyến khích tiêu dùng trong nớc và đầu t nớc ngoài. Thuế giá trị gia tăng cấu thành nên giá bán nên với chính sách miễn thuế giá trị gia tăng thì trong giá bán của sản phẩm dịch vụ không có thuế giá trị gia tăng. Xét về phía ngời tiêu dùng thì họ không phải chịu thuế giá trị gia tăng và do đó giá cả của sản phẩm giảm đi dẫn tới sẽ khuyến khích ngời Việt Nam tiêu dùng sản phẩm Việt Nam. Nhng nếu xét về phía doanh nghiệp thì họ sẽ gặp khó khăn. Nếu doanh nghiệp mua sản phẩm đầu vào (phải chịu thuế giá trị gia tăng) để phục vụ trực tiếp cho sản xuất phần mềm nhng sản phẩm hoàn thành lại đợc miễn thuế giá trị gia tăng, tức là toàn bộ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của doanh nghiệp sẽ không đợc khấu trừ, doanh nghiệp phải tự chịu dẫn đến chí phí của doanh nghiệp sẽ tăng lên. Theo bảng tổng kết thuế giá trị gia tăng của Trung tâm Công nghệ thông tin trong hai năm 1999-2000 đã đề cập ở chơng II ta thấy số thuế giá trị gia tăng đầu vào mà doanh nghiệp phải thực hiện tơng đối lớn so với quy mô vốn của Trung tâm. Nếu Chính phủ áp dụng mức u đãi thuế giá trị gia tăng với thuế suất 0% thì toàn bộ số thuế giá trị gia tăng đầu vào này sẽ đợc hoàn trả cho Trung tâm và Trung tâm sẽ có thêm vốn để tái đầu t.