Chống rò rỉ thông tin mật thông qua mạng P2P và các ứng dụng được ưu tiên tại nhiều tổ chức. Ngoài ra, sự tắc nghẽn băng thông, virus, vi phạm bản quyền, vv cũng là mối đe dọa nghiêm trọng ở cấp độ mạng lưới doanh nghiệp. Ngày nay, phát hiện và ngăn chặn các ứng dụng P2P trái phép ở cấp mạng lưới doanh nghiệp là một thực tế đơn giản và được thực hiện bởi nhiều tổ chức. Các thông báo trên máy tính xách tay được sử dụng trong một ứng dụng P2P khi ngắt kết nối từ mạng doanh nghiệp, nó vẫn có thể giới thiệu các vi phạm an ninh khi nó được kết nối lại vào mạng doanh nghiệp. Ví dụ, các nhà cung cấp phần mềm P2P hay các nhà cung cấp dịch vụ ứng dụng có thể cung cấp miễn phí chia sẻ file P2P hay dịch vụ khác. Để tạo ra doanh thu, họ có thể đính kèm các ứng dụng quảng cáo để theo dõi hoạt động của các ứng dụng và dịch vụ P2P của mình.Rõ ràng, các loại phần mềm quảng cáo và phần mềm gián điệp cũng có thể được gán kèm như vậy. Chúng thường được tải về mà không bị phát hiện bởi người sử dụng và có thể chạy ở chế độ nền, ngay cả khi máy ngang hàng là bị ngắt kết nối từ mạng P2P. Điều này cho phép tin tặc tấn công các máy ngang hàng, và rủi ro là điều khó tránh khỏi. Ví dụ, các phần mềm quảng cáo hoặc phần mềm gián điệp có thể bỏ qua các tường lửa mạng doanh nghiệp khi máy tính vào mạng lưới doanh nghiệp. Máy tính chứa virus hoặc sâu máy tính sẽ lây lan khắp mạng lưới doanh nghiệp một khi máy được kết nối lại. Nó có thể chứa các lỗi bảo mật khác và chắc chắn nó sẽ sử dụng nguồn lực bổ sung bao gồm lưu trữ, tính toán, và thậm chí cả tài nguyên băng thông. Để bảo vệ tốt hơn cho mạng P2P, người ta phải có khả năng ngăn chặn trên hệ thống và mỗi thành phần của hệ thống mạng, tránh trường hợp các hoạt động P2P khống chế hoàn toàn mạng. Để làm điều này, các chính sách mạnh mẽ cần được thực hiện để cho phép bảo vệ tự động trên mỗi và mọi thành phần của mạng. Nó bao gồm bảo vệ tất cả các thành phần đã trở thành các node trong mạng P2P, các thành phần đó có thể tham gia hay không tham gia vào hoạt động của mạng, tùy thời điểm.
Ta có thể ngăn cấm các hoạt động P2P, đó là biện pháp đơn giản nhất để hạn chế các mối nguy hại gây ra bởi các mạng P2P và các ứng dụng của nó, nhưng chắc chắn đó không phải là biện pháp khả thi nhất cho tất cả các mạng. Để chống lại các cuộc tấn công P2P trong khi vẫn duy trì những mặt tích cực của P2P người ta đưa ra giải pháp sử dụng một hệ thống P2P bán phân cấp, sử dụng một thực thể đáng tin cậy để quản lý an ninh mạng. Nhưng chính thực thể này cũng có thể trở thành nạn nhân của các cuộc tấn công P2P, chẳng hạn như một cuộc tấn công DDoS nếu biện pháp truy nhập thích hợp không hoạt động. Tương tự, P2P lai có thể làm giảm một số mối nguy hại an ninh
P2P trong khi thiết bị quản lý trong mạng P2P lai cũng có thể trở thành nạn nhân của các cuộc tấn công DDoS nếu biện pháp truy nhập thích hợp không làm việc.
Rõ ràng, cơ chế bảo mật đầy đủ là cần thiết trong việc phân cấp hoàn toàn hệ thống P2P. Castro [132] đã giới thiệu các cách thức an toàn trong việc bảo trì bảng định tuyến, sự phân chia các nodeId, và chuyển tiếp bản tin dành cho bản tin định tuyến trong cấu trúc lớp phủ. Bằng cách áp đặt các hạn chế mạnh mẽ trên bảng định tuyến, liên kết nodeId với node khác bằng địa chỉ IP, bản tin xác thực, và một số cơ chế khác để cải thiện tính bảo mật trong bản tin định tuyến trong cấu trúc lớp phủ.
Các nghiên cứu về các cuộc tấn công DDoS P2P cho thấy mô hình phát hiện và cơ chế lọc cao cấp có thể hữu ích trong việc phát hiện tấn công DDoS, sự bùng nổ của các loại mới của các cuộc tấn công DDoS khiến các biện pháp bảo vệ trở lên khó khăn hơn [133, 134]. Trong [133], Mirkovic cho thấy phải triển khai những giao thức toàn diện, kết hợp cơ chế bảo mật hệ thống và nguồn tài nguyên phong phú để nâng cao khả năng phục hồi hệ thống khi bị tấn công DDoS.