Cơ chế và phương pháp định giá hiện hành theo quy định hiện nay có 2 cơ chế định giá được phép áp dụng là thành lập hội đồng định giá hoặc thuê công ty tư vấn định giá độc lập. Thành viên của hội đồng định giá là cán bộ đại diện của nhiều cơ quan quản lý nhà nước khác nhau, như sở tài chính, sở khoa học công nghệ,…Chính vì thế định giá theo cơ chế này thường không phản ánh được giá trị thực tế của các doanh nghiệp. Hơn nữa mâu thuẫn về quyền lợi giữa doanh nghiêp TMNN với cơ quan quản lý nhiều khi làm cho việc định giá chậm thống nhất. Việc sử dụng các công ty tư vấn độc lập để định giá là có hiệu quả hơn nhưng vẫn còn hạn chế trong việc xác định giá tài sản vô hình như thương hiệu hay lợi thế kinh doanh. Các công ty tư vấn độc lập ở Việt Nam còn non trẻ, chưa đủ kinh nghiệp và trình độ để định giá những
doanh nghiệp lớn và phức tạp, đây cũng là một vấn đề phải quan tâm sau CPH. Riêng vấn đề tính giá trị sử dụng đất đã thấy khó khăn do thiếu những quy định cụ thể, chưa có thị trường, điều quan trọng là thiếu các tổ chức đánh giá chuyên nghiệp. Mặc dù bộ tài chính đã quy định công thức tính giá trị lợi thế kinh doanh của doanh nghiệp, nhưng để áp dụng hiệu quả công thức này là một điều rất khó. Nhiều quan điểm còn cho rằng phương pháp định giá tốt nhất trong trường hợp này là đấu giá công khai, tuy nhiên điều này khiến cho một số doanh nghiệp lo ngại vì cho rằng đấu giá theo hình thức này sẽ chỉ thu hút các nhà đầu tư cá nhân nhỏ lẻ chứ không giúp cho họ đạt được mục tiêu chính là khi CPH sẽ đem lại những định chế đầu tư chiến lược để đóng góp kinh nghiệm quản lý và chiến lược kinh doanh.