Bên cạnh những thành tựu đạt được, không thể không nói đến những khó khăn và hạn chế trong hoạt động huy động vốn nói riêng cũng như trong hoạt động kinh doanh của Công ty Tài chính nói chung.
- Các hoạt động của Công ty Tài chính Công nghiệp Tàu thủy đã được triển khai đều khắp nhưng chưa có tính ổn định, nhiều hoạt động chưa xây dựng quy trình đầy đủ và đang ở trong giai đoạn vừa làm vừa hoàn thiện do đó chưa Công ty chưa mở rộng thu hút được danh tiếng và uy tín trên thị trường tài chính. Do đó, để phát triển các nghiệp vụ đòi hỏi sự cạnh tranh quyết liệt giữa Công ty Tài chính Công nghiệp Tàu thủy và các tổ chức tài chính trong và ngoài nước.
- Các hình thức huy động vốn của Công ty vẫn chưa đa dạng và phong phú. Hiện nay, Công ty Tài chính Công nghiệp Tàu thuỷ mới chỉ triển khai việc nhận tiền gửi, đi vay và nhận vốn uỷ thác. Ngoài ra, còn xin Tổng Công ty cấp thêm vốn để bổ sung vào vốn điều lệ. Trong hoạt động huy động nợ thì hình thức nhận tiền gửi hầu như không đáng kể trong khi đây là một trong những nguồn quan trọng nhất đối với một trung gian tài chính. Hiện nay, Công ty mới chỉ phát hành được một lượng nhỏ giấy tờ có giá đồng thời chỉ bó hẹp trong loại hình trái phiếu. Các tổ chức kinh tế cho Công ty vay chủ yếu là các trung gian tài chính, nguồn vay từ nội bộ chưa tương xứng cho dù đây là nguồn có chi phí thấp. Hoạt động đồng tài trợ do hạn chế bởi quy định của pháp luật cũng chưa được chú trọng và phát triển.
- Cơ cấu vốn cũng có điểm chưa hợp lý. Trong cơ cấu vốn của Công ty Tài chính Công nghiệp Tàu thuỷ thì nợ chiếm tỷ trọng chủ yếu. Trong thành phần của nợ thì vốn uỷ thác và đi vay lại chiếm phần lớn trong khi vốn huy động từ tiền gửi lại thấp. Nguồn huy động chủ yếu là nhận uỷ thác cho vay từ các tổ chức tài chính khác, đây là nguồn không ổn định, dễ bị rút về khi có nhu cầu, điều này khiến cho nguồn vốn kinh doanh của Công ty cũng không ổn định. Đặc điểm của Công ty Tài chính là cung cấp vốn trung và dài hạn nhưng khả năng thu hút vốn trung và dài hạn thấp nên Công ty Tài chính Công nghiệp Tàu thuỷ khó đáp ứng được mục tiêu này. Vốn vay thường là ngắn hạn sẽ làm tăng áp lực thanh khoản đối với Công ty. Bên cạnh đó, vốn chủ sở hữu của Công ty Tài chính Công nghiệp Tàu thuỷ chưa đảm bảo một cơ sở vững chắc cho Công ty hoạt động. Vốn chủ của một trung gian tài chính được coi là một khoản đảm bảo đối với khách hàng và thường được đầu tư vào tài sản cố định. Với số vốn chủ hiện tại, Công ty Tài chính Công nghiệp Tàu thuỷ sẽ gặp khó khăn trong việc huy động thêm nợ, bởi hạn mức tín dụng của Công ty Tài chính tại các tổ chức tín dụng khác hầu như đã hết. Nếu tăng cường sử dụng vốn chủ trong thời gian này còn có thể đem lại lợi nhuận cao hơn cho Công ty Tài chính.
- Vai trò đầu mối về huy động vốn cho Tổng Công ty và các đơn vị thành viên thực hiện không đạt hiệu quả cao do Tổng Công ty và các đơn vị thành viên vẫn trực tíêp huy động vốn từ các tổ chức tín dụng trong và ngoài nước, có trường hợp Công ty Tài chính Công nghiệp Tàu thuỷ và Tổng Công ty cùng tiến hành giao dịch với cùng một Ngân hàng dẫn đến dự bất hợp lý và không hiệu quả. Một số đơn vị thành viên của Tổng Công ty khi được Tổng Công ty chỉ định thu xếp vốn qua Công ty Tài chính Công nghiệp Tàu thuỷ nhưng thực tế lại sự dụng nguồn vốn khác làm ảnh hưởng đến kế hoạch điều hành vốn của Công ty. Bên cạnh đó, các hồ sơ vay vốn của một số đơn vị
chưa đầy đủ và gửi chậm hơn so với tiến độ thực hiện làm chậm thời gian ký kết hợp đồng và giải ngân.
- Cơ chế quản lý của Tổng Công ty với Công ty Tài chính và các đơn vị thành viên trong ngành còn chồng chéo. Tổng Công ty chưa có cơ chế để Công ty Tài chính được quyền chủ động quyết định góp vốn đầu tư, làm ảnh hưởng đến cơ hội đầu tư của Công ty Tài chính Công nghiệp Tàu thuỷ nhất là trong đấu thầu cổ phiếu của các Công ty cổ phần.