1. Nội dung chi phí
1.5.2.1. Về đội ngũ cán bộ thực hiện
Mặc dù đã có nhiều cố gắng trong học hỏi, nâng cao trình độ song số lượng đội ngũ cán bộ thẩm định tại Sở vẫn còn thiếu, trình độ và năng lực chưa đủ mạnh để đáp ứng những yêu cầu ngày càng cao trong công việc. Hơn nữa, việc thẩm định dự án sử dụng nguồn vốn ngân sách đôi khi không tránh khỏi thiếu khách quan, thiếu logic, thiếu tính khoa học đặc biệt đối với các dự án lớn, phức tạp, có liên quan đến nhiều ngành, nhiều lĩnh vực và khi đó ảnh hưởng đến chất lượng thẩm định dự án.
1.5.2.2.Về căn cứ và phương tiện thẩm định dự án
Căn cứ thẩm định còn chưa đầy đủ và chuẩn xác. Đối với hồ sơ dự án đưa lên trình thẩm định còn nhiều nội dung không đáp ứng đúng yêu cầu. Các văn bản pháp quy liên quan đến công tác quản lý hoạt động đầu tư xây dựng, công tác thẩm định dự án để ra quyết định đầu tư còn chưa đồng bộ, nhất quán và hay thay đổi. Mặc dù thời gian qua, cơ chế chính sách đã có sự thay đổi theo chiều hướng tích cực, phân cấp thẩm quyền quyết định dầu tư và quản lý hoạt động đầu tư cho Sở, ngành địa phương, các quy định hiện hành chưa nêu rõ yêu cầu và nội dung thẩm định trong từng giai đoạn lựa chọn, đánh giá dự án, lựa chọn cuối cùng chưa có yêu cầu, nội dung đối với từng loại dự án, yêu cầu và nội dung thẩm định đối với cơ quan tổ chức thẩm định theo chức năng. Hiện tại, chúng ta chưa xây dựng đầy đủ những hệ thống định mức, tiêu chuẩn làm cơ sở cho việc so sánh, đánh giá dự án. Những thông tin có liên quan đến dự án và các thông tin khác phục vụ cho công tác thẩm định chưa được cập nhập kịp thời.
1.5.2.3.Đối với thông tin và trang thiết bị phục vụ thẩm định:
Mặc dù, với tiến bộ của khoa học công nghệ, máy tính nối mạng đã giúp đắc lực cho công việc tuy nhiên việc khai thác thông tin phục vụ cho công tác thẩm định dự án còn hạn chế. Các nguồn thông tin bên ngoài như thông tin về quy hoạch phát triển của các ngành, các địa phương, thông tin về các doanh nghiệp xây dựng, thông tin dự báo, phòng ngừa rủi ro còn thiếu, chưa được cập nhật đầy đủ, thường xuyên. Sự phối hợp với các cơ quan chuyên môn để thu thập thêm thông tin, tài liệu phục vụ cho công tác thẩm định còn gặp nhiều khó khăn. Do thiếu thông tin nên việc đánh giá dự án một cách khách quan, toàn diện, đầy đủ gặp nhiều khó khăn.