Phát hiện chống chuyển giá là một vấn đề nan giải của tất cả các nước chứ không riêng gì Việt Nam. So với các nước trong khu vực Việt Nam có thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp khá cao 25%. Vì vậy, việc các công ty đa quốc gia-mà đại diện là các công ty có vốn đầu tư FDI-thực hiện chuyển giá là việc thường xuyên xảy ra.Có một số vấn khó khăn mà cho đến nay Việt Nam vẫn chưa thể xử phạt được các công ty này
Thứ nhất, Việt Nam vẫn còn khá non trẻ trong việc phát hiện và xử phạt các vi phạm kinh tế đặc biệt là đối với các công ty đa quốc gia .Luật pháp Việt Nam chưa thực sự hoàn thiện nên các công ty lớn, công ty đa quốc gia với đội ngũ luật sư giỏi đã tư vấn các kẽ hở của luật để lách luật.Cho đến hiện nay, Việt Nam vẫn chưa có Luật cụ thể về chống chuyển giá chỉ có thông tư 117/2007/TT-BTC và mới nhất là thông tư 66/2010/TT-BTC để giám sát và phát hiện hoạt động
chuyển giá của các công ty có giao dịch liên kết. Tuy nhiên thông tư này vẫn còn chung chung khó thực hiện trên thực tế.
Thứ hai,ở Việt Nam thuế thu nhập doanh nghiệp và kê khai thuế xuất nhập khẩu theo dạng tự kê khai tự nộp và cán bộ thuế chỉ kiểm tra khi phát hiện những sai phạm, yêu cầu c1c doanh nghiệp này giải trình. Nhưng với đội ngũ những nhân viên giỏi có nhiều kinh nhiệm thì việc giải trình đó là hoàn toàn dễ dàng với họ. Hơn nữa,theo thông tư 66/2010/TT-BTC thì để phát hiện chuyển giá cần có bảng giá thị trường của các hàng hóa dịch vụ, cho thuê, chuyển giao...Tuy nhiên mỗi doanh nghiệp đều có chính sách riêng, giá bán cho các công ty giao kết có thể không thay đổi so với công ty độc lập nhưng sẽ khuyến mãi thêm số lượng thì vẫn không thể xác định doanh nghiệp này chuyển giá. Do vậy các doanh nghiệp có sự chủ quan trong việc thực hiện chuyển giá.
Thứ ba, đều cơ bản và quan trọng hơn hết vẫn là con người.Thực tế, Việt Nam hoàn toàn có thể học hỏi kinh nghiệm và hoàn thiện kẽ hở luật pháp nhưng còn tồn tại vấn đề tham nhũng quan liêu và trình độ của cán bộ thuế thì khó mà thực thi hiệu quả. Bởi lẽ, cán bộ thuế cấp cơ sở là người quản lý và giám sát đầu tiên nhưng không hoàn thành nhiệm vụ,che giấu sự việc để hưởng lợi riêng thì sẽ khó mà phát hiện. Mặt khác cần có sự hợp tác giữa hải quan và thuế chặt chẽ hơn.Nếu hải quan kiểm tra rà soát kỹ giá xuất nhập trên tờ khai còn thuế thì làm tốt công việc kiểm tra doanh thu và chi phí thì doanh nghiệp khó có thể thực hiện chuyển giá