Việc áp dụng hệ thống xếp hạng tín dụng nội bộ tại các NHTM ở Việt Nam hiện nay còn khá mới mẻ. PGBANK là một trong những NH đầu tiên ở Việt nam chính thức triển khái hệ thống xếp hạng tín dụng nội bộ trong công tác cho vay, do đó chưa có nhiều kinh nghiệm trong việc triển khai. Mặc dù có sự tư vấn của công ty Kiểm toán Deloitte nhưng hầu hết các nhà tư vấn đều dựa trên kinh nghiệm của một số hệ thống xếp hạng tín dụng quốc tế, do vậy một số chỉ tiêu đưa ra còn chưa phù hợp với thực tế, gây khó khăn cho quá trình phân tích.
Thời gian triển khai hệ thống mới là 3 năm, cũng chưa phải là một khoảng thời gian dài, do đó sẽ không thể tránh được những thiếu sót. Hơn nữa, theo quyết định 493, các NHTM phải xây dựng hệ thống xếp hạng tín
dụng nội bộ của mình trước tháng 5/2008 nhưng lại không có hướng dẫn cụ thể nào cho vấn đề này vì thế không có một tiêu chuẩn chính thức nào để đánh giá hiệu quả của hệ thống xếp hạng tín dụng nội bộ. Hầu hét việc hoàn thiện chỉ dựa trên kinh nghiệm trong quá trình thực hiện do đó không tránh khỏi những hạn chế nhất định
Một nguyên nhân nữa là hạn chế trong hoạt động của Trung tâm thông tin tín dụng CIC. Theo quy định được ghi rõ tại Quyết định số 57/2002/ QĐ của NHNN, nhiệm vụ chính của CIC là thí điểm phân tích xếp hạng tín dụng doanh nghiệp và lưu trữ nguồn cơ sở dữ liệu về DN cho các tổ chức tín dụng thành viên cùng khai thác nhằm nâng cao chất lượng tín dụng. Tuy nhiên, hiện nay nguồn thông tin từ CIC vẫn chưa phục vụ nhiều cho công tác xếp hạng tín dụng. Theo quy đinh, các tổ chức tín dụng có trách nhiệm cung cấp thông tin lên CIC bao gồm các thông tin về hồ sơ pháp lý của khách hàng; thông tin tài chính của khách hàng…, nhưng nhiều TCTD thành viên vẫn chưa cung cấp đầy đủ thông tin hoặc cung cấp những thông tin sai lệch do lo ngại việc mất khách hàng hoặc ảnh hưởng tới uy tín của NH.Điều này càng làm hạn chế nhiệm vụ quan trọng của CIC và gây khó khăn cho các NH khi muốn tìm hiểu thông tin về các khách hàng đi vay
Bên cạnh đó, các quy định về thực hiện chế độ kế toán của Việt Nam còn nhiều hạn chế. Hiện nay, chuẩn mực kế toán của Việt nam vẫn còn chưa phù hợp với thông lệ quốc tế, thông tin tài chính trong báo cáo chưa được thuyết minh rõ rang, gây khó khăn cho việc phân tích tín dụng. Về chế độ kiểm toán, chỉ có các báo cáo tài chính năm mới cần kiểm toán còn các báo cáo quý thì không cần, trong khi việc chấm điểm và xếp hạng tín dụng được tiến hành theo quý, do vậy độ tin cậy và chính xác của các báo cáo này là khó kiểm định được.