NHNTVN–CNCT được thành lập theo quyết định số 16/NH-QĐ ngày 25/01/1989 trên cơ sở Phòng Ngoại Hối trực thuộc Chi nhánh NHNN Tỉnh Cần Thơ. Chi nhánh chính thức đi vào hoạt động vào ngày 01/10/1989, và là chi nhánh thứ 11 trực thuộc NHNTVN.
Từ khi mới thành lập, bộ máy hoạt động của Chi nhánh chỉ gồm có 04 phòng ban (Kế Toán, Kế hoạch – Tín dụng, Phi mậu dịch, Ngân quỹ - hành chính nhân sự) với 18 cán bộ. Tuy nhiên, đến thời điểm hiện nay, chi nhánh đã thành lập được 13 phòng nghiệp vụ và phòng giao dịch (Phòng Quan hệ khách hàng, Phòng Quản lý rủi ro, Phòng Quản lý nợ, Phòng Kế toán, Phòng Thanh toán quốc tế, Phòng Kinh doanh dịch vụ, Phòng Ngân quỹ, Phòng Vốn, Phòng Hành chính nhân sự, Phòng Kiểm tra nội bộ, Phòng Vi tính, và hai phòng giao dịch) với số lượng cán bộ, nhân viên gần 200 người.
Với đội ngũ cán bộ khá khiêm tốn buổi ban đầu và từng bước được bổ sung, trình độ chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ, nhân viên chi nhánh hiện nay đã có bước trưởng thành, đã phần nào đáp ứng được yêu cầu đòi hỏi của tình hình nhiệm vụ mới. Chi nhánh Ngân hàng Ngoại Thương Cần Thơ có được như ngày nay, trước hết là nhờ sự quan tâm của lãnh đạo các cấp, sự chỉ đạo, hướng dẫn về nghiệp vụ chuyên môn của NHNTVN, NHNN CN Cần Thơ và sự nhiệt tình giúp đỡ của các cơ quan ban ngành, đặc biệt là tinh thần quyết tâm cao của toàn thể cán bộ, nhân viên chi nhánh đã đưa Chi nhánh Ngân hàng Ngoại Thương Cần Thơ vượt qua khó khăn, thử thách và trưởng thành về nhiều mặt, thực hiện tốt chức năng, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ kinh doanh tiền tệ, tín dụng, nhanh chóng trở thành một trong những trung tâm thanh toán quốc tế ở các tỉnh phía Nam, phục vụ nhiệm vụ mở rộng và phát triển kinh tế đối ngoại, chi phối các hoạt động tín dụng, thương mại và dịch vụ ngoại hối trong khu vực.
Hoạt động của NHNTVN-CNCT trong thời gian qua có tác dụng và ảnh hưởng không nhỏ đối với nền kinh tế sản xuất hàng hóa, quan hệ thị trường trong và ngoài nước của TP.Cần Thơ và các tỉnh trong khu vực, tích cực góp phần thúc đẩy kinh tế, xã hội phát triển với tốc độ ngày càng cao. Đặc biệt trong gần 20 năm, NHNTVN-CNCT luôn hoàn thành vượt mức các nhiệm vụ được giao và lập được nhiều thành tích xuất sắc, đóng góp vào thành tích và thắng lợi của hệ thống NHNTVN nói chung và NHNTVN-CNCT nói riêng.