Ở đây chúng ta nghiên cứu, xem xét việc tổ chức quản lý cấp nước của các cơ quan quản lý nhà nước và các công ty cấp nước đô thị. Các cơ quan quản lý nhà nước về cấp nước đô thị được đề cập ở đây là các Bộ, ngành trung ương và địa phương.
Thực tế cho thấy việc đầu tư vào cơ sở hạ tầng cấp nước đô thị cũng như đầu tư vào các lĩnh vực đầu tư khác thường phải thông qua những cơ quan hành chính rắc rối và phức tạp, chồng chéo bao gồm : các văn phòng chính phủ, các hội đồng nhân dân, ủy ban nhân dân, sở kế hoạch và đầu tư của thành phố, bộ xây dựng…ở các cơ quan khác nhau, quy chế cũng như việc tạo các điều kiện cho đầu tư tư nhân tham gia vận hành là khác nhau, do vậy các nhà đầu tư thường mất rất nhiều thời gian trong khâu. Để tạo cho các nhà đầu tư yên tâm hơn cho quyết định đầu tư của mình, việc đổi mới cơ chế quản lý là hết sức quan trọng.
` Thứ nhất, trách nhiệm và quyền hạn của các cơ quan nhà nước và của địa phương đối với việc quản lý về cơ sở hạ tầng cấp nước đô thị cần phải
được xác định rõ ràng, cụ thể. Việc xác định rõ cơ quan nào có quyền hạn và trách nhiệm cũng như trách nhiệm và quyền hạn của các cơ quan quản lý nhà nước này tới đâu là hết sức cần thiết và quan trọng.
Hiện nay Bộ Xây Dựng đang phối hợp với các Bộ , ngành liên quan nghiên cứu Dự thảo Nghị định của Chính Phủ về sản xuất, cung cấp và tiêu thụ nước sạch trình Thủ tướng Chính Phủ. Nội dung bản Dự thảo có đề cập trách nhiệm và quyền hạn của các cơ quan quản lý nhà nước về cơ sở hạ tầng cấp nước đô thị.
Đối với quản lý nhà nước về cơ sở hạ tầng cấp nước đô thị thì trách nhiệm quản lý nhà nước về cơ sở hạ tầng cấp nước được quy định theo hướng Chính Phủ thống nhất quản lý nhà nước về hoạt động cấp nước trong phạm vi cả nước. Bộ Xây dựng chịu trách nhiệm trước Chính phủ về hoạt động cấp nước tại các đô thị, khu công nghiệp và khu kinh tế. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm trước Chính phủ về hoạt động cấp nước tại các khu vực nông thôn. Các Bộ, cơ quan ngang Bộ trong phạm vi nhiệm vụ quyền hạn của mình có trách nhiệm phối hợp với Bộ Xây Dựng, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trong việc thực hiện quản lý nhà nước về hoạt động cấp nước. Uỷ ban nhân dân các cấp trong phạm vi quyền hạn của mình có trách nhiệm trong việc thực hiện quản lý nhà nước về hoạt động cấp nước.
Quản lý các dịch vụ trong việc cấp nước: Các công ty cấp nước có trách nhiệm phát triển và cung ứng các dịch vụ cấp nước trong vùng phục vụ của mình theo nhu cầu phát triển dựa trên quyết định phê duyệt của cấp có thẩm quyền về vùng phục vụ và kế hoạch cấp nước. Uỷ ban Nhân Dân các cấp phải tổ chức giám sát việc thực hiện các dịch vụ cấp nước của các đơn vị cấp nước trên cơ sở vùng phục vụ, kế hoạch phát triển cấp nước đã được phê duyệt và thoả thuận thực hiện các dịch vụ cấp nước đã ký giữa Uỷ ban Nhân dân hoặc cơ quan được uỷ quyền và đơn vị cấp nước đó.
Thứ hai, công tác tổ chức quản lý trong các doanh nghiệp cấp nước: Mặc dù hiện nay các Công ty cấp nước là các doanh nghiệp kinh doanh nhưng việc tổ chức quản lý và điều hành của các Công ty cấp nước hiện nay còn mang nhiều thụ động, không phát huy được vai trò chủ động trong sản xuất kinh doanh dẫn đến doanh nghiệp chưa có khả năng tự chủ về tài chính để chi trả và phát triển. Trong thời gian tới các Công ty cấp nước cần chủ động hơn trong hoạt động kinh doanh lấy hiệu qủa kinh doanh làm mục tiêu chủ yếu. Tiến tới cần phải tính đến các khả năng cung cấp dịch vụ theo phạm vi vùng, theo hệ thống không quản lý manh mún theo lãnh thổ như hiện nay. Muốn vậy, các doanh nghiệp phải có đủ năng lực, đa dạng hoá và xã hội hoá hoạt động nhằm nâng cao hiệu quả kinh doanh.
Tiếp tục khuyến khích các thành phần kinh tế khác đầu tư tham gia phát triển cấp nước, thành lập các loại hình công ty như Công ty cổ phần, Công ty trách nhiệm hữu hạn...
Bên cạnh đó, mô hình hệ thống cấp nước vùng liên tỉnh cần được nghiên cứu xem xét áp dụng cho vùng Hà Nội. Thông thường các tỉnh đầu tư hệ thống cấp nước phục vụ cho nhu cầu cấp nước của tỉnh đó. Ở đây muốn nói đến mô hình cấp nước chung phục vụ cho một vài tỉnh hay một vùng nhất định không bị phân chia bời giới hạn hành chính.