Theo Thanh tra Bộ Tài chính, có khoảng 57/63 cục Thuế được thanh tra, kiểm tra, kiểm toán trong năm 2013.
Thực hiện chỉ đạo của Lãnh đạo Bộ Tài chính, Thanh tra Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan những tháng đầu năm đã tiến hành thanh tra, kiểm tra việc chấp hành các quy định của pháp luật về thuế GTGT tại Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan, 15 cục Thuế và 5 cục Hải quan.
Ngoài ra, Thanh tra Bộ Tài chính đã có kế hoạch thanh tra ngân sách và thanh tra tại các cục Thuế tại 5 tỉnh Lào Cai, Long An, Sóc Trăng, Thừa Thiên- Huế, Điện Biên.
Được biết, trong năm 2013, Kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm toán ngân sách tại 34 tỉnh, thành phố, trong đó có kiểm toán tại các cục Thuế.
Như vậy, sẽ có khoảng 57/63 cục Thuế được thanh tra, kiểm tra, kiểm toán trong năm 2013 (Kiểm toán Nhà nước kiểm toán 34 cục Thuế, Thanh tra Bộ Tài chính thanh tra 7 cục Thuế, Tổng cục Thuế kiểm tra 15 cục Thuế).
Ngay từ đầu năm, thực hiện ý kiến kết luận của Thứ trưởng Thường trực Nguyễn Công Nghiệp, Bộ Tài chính đã giao Thanh tra Bộ phối hợp với Tổng cục Thuế và các đơn vị có liên quan báo cáo Lãnh đạo Bộ điều chỉnh kế hoạch thanh tra để bổ sung thêm nội dung thanh tra việc hoàn thuế GTGT nhằm hạn chế tiêu cực trong lĩnh vực này.
6 tháng đầu năm, Thanh tra Bộ và Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan đã tiến hành nhiều cuộc thanh tra, kiểm tra việc chấp hành các quy định của pháp luật về thuế, trong đó có nội dung hoàn thuế GTGT tại 7 cục Thuế: Hà Nội, TP. Hồ Chí Minh, Hải Phòng, Bình Dương, Đồng Nai, Bà Rịa- Vũng Tàu và Bắc Ninh.
Trong tháng 7-2013, Tổng cục Thuế kiểm tra việc hoàn thuế GTGT tại 2 cục Thuế An Giang và Long An.
Để ngăn chặn tình trạng gian lận trong hoàn thuế GTGT, Thanh tra Bộ Tài chính đề nghị Tổng cục Thuế chỉ đạo các cục Thuế tăng cường thanh tra, kiểm tra việc hoàn thuế GTGT tập trung chủ yếu vào các trường hợp xuất khẩu (các đơn vị có xuất khẩu hàng hóa tiểu ngạch qua biên giới), các trường hợp 3 tháng liên tục trở lên có số hoàn thuế đầu vào chưa khấu trừ hết.
Đối với Tổng cục Hải quan, Thanh tra Bộ đề nghị Tổng cục Hải quan chỉ đạo Cục Hải quan các tỉnh, thành phố tăng cường phối hợp với Cục Điều tra chống buôn lậu truy tìm đối với các tờ khai tạm nhập tái xuất hết thời hạn tái xuất nhưng DN chưa tái xuất, chưa khai báo kê khai nộp thuế với cơ quan hải quan, chưa rõ hàng hóa DN ở đâu, phối hợp với cơ quan công an để xử lý đối với các DN vi phạm với số lượng hàng và số thuế phải nộp ngân sách lớn.
Những tháng cuối năm, Thanh tra Bộ Tài chính kiến nghị đưa nội dung thanh tra về thuế GTGT là một nội dung trọng tâm khi tiến hành thanh tra tài chính doanh nghiệp, thanh tra công tác quản lý ngân sách trên địa bàn một số tỉnh, thành phố theo kế hoạch.
Nhiều cơ quan thuế của nhiều tỉnh thành phố đã có những đổi mới hiệu quả trong công tác thanh tra, kiểm tra thuế.
Từ năm 2009 đến nay, Hà Nội đã đổi mới toàn diện công tác thanh tra, kiểm tra và quản lý nợ theo hướng hiện đại, chuyên sâu, nhằm nâng cao hiệu quả quản lý và hiệu lực bộ máy. Trong lĩnh vực kiểm tra thuế, bằng việc chuyển hướng từ kiểm tra toàn diện sang
kiểm tra theo dấu hiệu rủi ro; xây dựng sổ tay nghiệp vụ để thống nhất quy chuẩn các bước thực hiện quy trình kiểm tra; đẩy mạnh ứng dụng CNTT để hỗ trợ công tác kiểm tra. Trong 3 năm (2009-2011), toàn ngành thuế Hà Nội đã kiểm tra tại bàn 398.836 lượt hồ sơ khai thuế, tiến hành kiểm tra tại 8.567 DN, qua đó đã điều chỉnh tăng 99,8 tỷ đồng, giảm 6,1 tỷ đồng và truy thu 975,6 tỷ đồng tiền thuế.
Nhờ đó giai đoạn 2009-2011, mặc dù hạn chế về nguồn nhân lực, Cục Thuế Hà Nội vẫn tiến hành được 2.012 cuộc thanh tra, với tổng số thuế truy thu, phạt và truy hoàn qua thanh tra đạt 1.454 tỷ đồng. Riêng năm 2011, việc cải cách mạnh mẽ cách thức tiến hành thanh tra đã giảm lỗ 1.295 tỷ đồng, giảm thuế GTGT còn được khấu trừ 83,8 tỷ đồng. Ngoài việc đảm bảo kế hoạch thanh, kiểm tra chung, nỗ lực chống thất thu của ngành thuế Thủ đô còn được ghi nhận qua kết quả các cuộc thanh, kiểm tra theo chuyên đề và việc phối hợp với các ngành chức năng để phòng, chống các hành vi gian lận, trốn thuế. Cụ thể trong 3 năm 2009-2011, với chuyên đề thanh, kiểm tra hoàn thuế, Cục Thuế đã loại trừ 417 tỷ đồng thuế GTGT không đủ điều kiện hoàn, xử lý truy hoàn và phạt 97,6 tỷ đồng; với chuyên đề thanh, kiểm tra chống chuyển giá, đã điều chỉnh giảm lỗ 309 tỷ đồng, giảm khấu trừ 281 triệu đồng, xử lý truy thu, truy hoàn và phạt 62 tỷ đồng; với chuyên đề thanh tra DN hưởng ưu đãi thuế đã tăng số thuế phải nộp 26,6 tỷ đồng; với chuyên đề thanh tra các DN ĐTNN, DN lỗ, đã giảm lỗ 943 tỷ đồng, truy thu và phạt 133 tỷ đồng; với chuyên đề thanh tra DN xây dựng và kinh doanh bất động sản đã giảm lỗ và giảm khấu trừ 118 tỷ đồng, truy thu và phạt 251 tỷ đồng.
2.4.thành công và hạn chế của việc thu thuế GTGT a.Thành công:
-- Đối với lưu thông hàng hóa: Thuế GTGT góp phần ổn định giá cả, mở rộng lưu thông hàng hóa, góp phần thúc đẩy sản xuất và đẩy mạnh xuất khẩu;
- Về thuế suất: Với thuế GTGT, theo Luật thuế GTGT năm 1997, có bốn mức thuế suất được quy định là 0%, 5%, 10% và 20% nhưng đến năm 2008 đã rút gọn lại còn ba mức thuế suất là 0%, 5% và 10%. Việc quy định ít mức thuế suất giúp cho việc quản lý của Nhà nước nói chung và ngành Thuế nói riêng đạt được hiệu quả tốt hơn, giảm bớt được các hiện tượng gian lận về thuế.