Cấu trỳc bậc 1 là trỡnh tự cỏc acid amin. Cấu trỳc bậc 2 là sự sắp xếp khụng gian của cỏc gốc acid amin, gốc nọ kề gốc kia trong trỡnh tự thẳng. Xoắn α và dõy β là cỏc thành viờn của cấu trỳc bậc 2. Cấu trỳc bậc 3 là sự sắp xếp khụng gian của cỏc gốc acid amin ở xa nhau và mụ hỡnh của liờn kết disulfide và cỏc liờn kết phụ. Tuy nhiờn việc chọn ra cấu trỳc bậc 2 hay bậc 3 chỉ là cảm giỏc.
Cấu trỳc bậc 4 là sự sắp xếp khụng gian của cỏc đơn vị (Subunid) và bản chất tiếp xỳc của nú. Vớ dụ như Hemoglobine, cú chứa 2 chuỗi α và 2 chuỗi β. Cỏc đơn vị này giao diện với nhau trong một Tetramer để tham gia vào vận chuyển thụng tin giữa cỏc vị trớ gắn xa đối với O2, CO2 và H.
Những nghiờn cứu về cấu trỳc chức năng và sự tiến hoỏ của protein đó vạch rừ tầm quan trọng của 2 mức khỏc nữa của tổ chức. Cấu trỳc siờu bậc 2 (Supersecondary Structure) chỉ cụm những cấu trỳc bậc 2, chẳng hạn như một dõy β tỏch biệt với một dóy β khỏc bởi một xoắn αđó thấy ở nhiều protein. Hoạ tiết này được gọi là đơn vịβαβ (Hỡnh 1.21).
Một số chuỗi polypeptide cuộn lại trong 2 hoặc nhiều hơn cỏc vựng chắc đặc (compact) cú thể nối với nhau bởi những đoạn co rón của chuỗi polypeptide cũng giống như cỏc quả lờ trờn một cành. Những đơn vị hỡnh cầu chắc đặc này gọi là domain, cú kớch thước từ khoảng 100 đến 400 gốc acid amin. Chẳng hạn như, chuỗi L25 - Kd của một khỏng thể cuộn lại trong 2 domain (Hỡnh 1.21). Những đơn vị hỡnh cầu này gắn cỏi nọ với cỏi kia, điều đú khiến người ta cho rằng chỳng được xuất hiện do sự nhõn đụi của một gen nguyờn thuỷ. Một nguyờn tắc quan trọng đó được phỏt hiện từ sự phõn tớch gen và protein ở Eucaryote bậc cao hơn là Cỏc domain protein thường được mó hoỏ bởi cỏc phần tỏch biệt của gen gọi là exon.
Những protein cú nhiều chuỗi polypeptide thỡ cú thờm mức tổ chức cấu trỳc. Mỗi chuỗi polypeptide trong những protein như thế gọi là dưới đơn vị ( Subunid ).
Hỡnh 1.21. Siờu cấu trỳc bậc 2 của protein