1. Nguyên nhân của những thành quả :
Đạt được những thành quả nêu trên có nhiều nguyên nhân, trong đó bao trùm là đường lối đổi mới đúng đắn, hợp lòng dân về công nghiệp hoá, hiện đại hoá do Đại hội VIII và Đại Hội IX của Đảng và các chính sách kinh tế - xã hội của Nhà nước đề ra được cụ thể hoá trong các Nghị quyết của Đại hội Đại biểu Đảng bộ lần thứ XI, XII và XIII của tỉnh Nghệ An, cùng với cơ chế chính sách phù hợp là sự đầu tư hổ trợ của TW về vốn, khoa học, công nghệ, môi trường xuất khẩu … Trong điều kiện một tỉnh còn nghèo nếu không có sự hổ trợ tích cực của TW một cách toàn diện thì Nghệ An khó có thể đạt được những thành tựu như đã nêu trên. Tuy nhiên nguyên nhân trực tiếp là Đảng bộ và quân dân trong tỉnh biết sử dụng có hiệu quả sự hổ trợ của TW, đồng thời khai thác tiềm năng và lợi thế các nguồn lực tại chổ về tài nguyên rừng, biển, đất đai, lao động, vốn và kinh nghiệm để phát triển ngành thuỷ sản, mà chủ yếu là nuôi
trồng thuỷ sản, cùng với việc mở rộng các hoạt động dịch vụ gắn liền với sự phát triển của ngành thuỷ sản phù hợp với điều kiện của địa phương.
2. Những hạn chế và vấn đề đặt ra:
Sản xuất thuỷ sản là ngành kinh tế chủ lực của tỉnh, trong những năm qua tuy có bước phát triển mới cả về qui mô, tốc độ và phạm vi, song cũng tồn tại nhiều vấn đề cần quan tâm, đó là:
Tốc độ tăng sản lượng và giá trị sản xuất thuỷ sản tăng nhanh ,nhưng tính bền vững chưa cao. Điều này thể hiện rõ nhất trong sản lượng thủy sản nuôi trông từ 2001 - 2007: năm 2002-2003 tăng nhanh sản lượng. Nhưng những năm sau đó có xu hướng tăng chậm dần. Nuôi tôm vẫn còn là nuôi quảng canh, phụ thuộc nhiều vào thiên nhiên, năng suất thấp và không ổn định; quy hoạch nuôi trồng thủy sản chưa thật sự dựa trên cơ sở các vùng sinh thái khác nhau mà chủ yếu là hợp thức sự tự phát của người dân, việc ứng dụng khoa học, công nghệ vào sản xuất chưa nhiều, quá trình sản xuất phần lớn còn lạc hậu, chủ yếu dựa vào kinh nghiệm, đầu tư thủy sản còn thấp, chưa tương xứng với tiềm năng, nhất là hệ thống thuỷ lợi phục vụ thủy sản chưa đồng bộ, chưa có tiểu vùng thuỷ lợi nào được khép kín theo quy hoạch, dẫn đến chất lượng nguồn nước cho thủy sản chưa đảm bảo; tình trạng tôm bị bệnh chết hàng loạt ở nhiều hộ, nhiều vùng trong tỉnh trong những năm gần đây do thời tiết nắng nóng, nước bốc hơi nhiều độ mặn tăng, môi trường bị ô nhiễm đã làm cho nhiều người nuôi trồng gặp nhiều khó khăn; việc sản xuất còn giống chủ yếu là con tôm chưa đủ về số lượng, chất lượng, nguồn giống các loài nuôi khác chủ yếu dựa vào nguồn giống tự nhiên. Cơ cấu nuôi trông trong ngành thủy sản chưa đa dạng, vẫn chủ yếu là con tôm sú nên độ rủi ro cao; nuôi thuỷ sản mặt nước, bãi triều ven biển và trên biển đảo chưa phát triển
Việc quản lý và bảo vệ môi trường trong ngành thủy sản chưa chặt chẽ, hệ thống cơ chế chính sách tài chính, ngân hàng, bảo hiểm đối với hoạt động trong ngành thủy sản chưa hoàn chỉnh.
Ngành thủy sản vẩn chưa gắn với việc bảo vệ môi trường sinh thái, hàng nghìn ha đất rừng, trong đó có cả rừng phòng hộ đã chuyển sang nuôi trồng (chủ yếu là tôm) không chỉ làm giảm diện tích rừng mà còn gây ô nhiễm môi trường đất, nguồn nước, ảnh hưởng xấu đến thảm thực vật, nhiều loại động vật trong rừng tràm, rừng đước. Từ năm 1999 đến năm 2006 diện tích rừng của tỉnh giảm 2.962 ha.
Dịch vụ thủy sản tuy có phát triển nhưng chưa đáp ứng được yêu cầu tăng trưởng củahoạt động thủy sản (kể cả nuôi trồng và khai thác). Đến năm 2006, toàn tỉnh có 15 đơn vị dịch vụ hậu cần nghề cá nhưng quy mô còn nhỏ, tổ chức chưa đồng bộ, phạm vị hoạt động chưa bao quát hết mọi yêu cầu của người dân làm nghề thủy sản. Dịch vụ sản xuất và cung ứng con giống nhất là tôm giống, đến năm 2005 có 916 cơ sở kinh doanh tôm giống trong đó, có 111 cơ sở sản xuất tôm giống, khả năng cung cấp 6 tỷ con giống/năm nhưng cũng mới đáp ứng khoảng 55% nhu cầu tôm giống cho người nuôi tôm, 45% còn lại phụ thuộc vào thị trường ngoài tỉnh nên rất biến động.
Ngành nuôi trồng và khai thác thủy sản ở Nghệ An chưa thật ổn định và bền vững, tiềm ẩn nhiều rủi ro. Đa số hộ nuôi trồng và khai thác thủy sảne chỉ sau vài vụ đạt kết quả thì lâm vào cảnh mất mùa, hiệu quả kinh tế thấp, lâm vào cảnh nợ nần. Nguyên nhân do vốn đầu tư lớn, người nuôi thì chỉ tận dụng ao đầm còn màu mỡ trong thời gian đầu thả giống liên tục, không theo mùa vụ nên ao đầm không phục hồi kịp về mặt sinh học, cân bằng sinh thái tự nhiên, nguồn nước lại ô nhiễm hoặc bị ảnh hưởng từ diễn biến bất thường của thời tiết, gây tác động bất lợi đến nuôi tôm. Còn người khai thác thì không đầu tư lớn vào mua sắm trang thiết bị, tàu thuyền. Hầu hết hộ nuôi tôm
công nghiệp thiếu kỹ thuật, kinh nghiệm nhưng chưa mạnh dạn thuê mướn kỹ sư, kỹ thuật viên chuyên ngành và tự ý sử dụng bừa bãi các hóa chất, kháng sinh, chế phẩm sinh học trong cải tạo ao đầm, xử lý nước, phòng trị bệnh cho tôm vừa tốn kém, phản tác dụng, vừa gây ra những bất lợi cho tôm và môi trường. Các điều kiện, yếu tố cần thiết như: thủy lợi, tôm giống, thức ăn, thú y thủy sản, chế phẩm sinh học, … chưa đáp ứng nhu cầu, chưa kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ làm phát sinh nhiều nguy cơ trong phát triển nuôi tôm công nghiệp.
Môi trường nước phục vụ cho nuôi thủy sản ngày một xấu đi do bị ô nhiễm bởi nhiều nguồn, tạo điều kiện cho mầm bệnh và dịch bệnh phát triển, ảnh hưởng đến ngành thủy sản.