Các kiểu hệ sinh thái ở Việt Nam rất đa dạng. Theo báo cáo môi trường quốc gia năm 2010, Việt Nam có 95 kiểu hệ sinh thái thuộc 7 dạng hệ sinh thái chính ở trên cạn; 39 kiểu hệ sinh thái đất ngập nước gồm 28 kiểu đất ngập nước tự nhiên và 11 kiểu đất ngập nước nhân tạo; 20 kiểu hệ sinh thái biển khác nhau.
Các hệ sinh thái ở Việt Nam phần lớn có tính mềm dẻo cao, có khả năng thích ứng và phục hồi nhanh trước biến động của môi trường. Do đó chúng có tính ổn định không cao, thế cân bằng sinh thái dễ bị phá vỡ khi có tác động bên ngoài hay nội tại.
1.13.1. Hệ sinh thái trên cạn: độ che phủ của rừng tăng nhưng chất lượng rừng giảm
Trong các kiểu HST trên cạn thì HST rừng chiếm 40% đất tự nhiên và có chức năng quan trọng nhất, và cũng là nơi tập trung chủ yếu đa dạng sinh học.
Những năm gần đây tổng diện tích rừng tăng lên nhưng chủ yếu là rừng trồng trong khi diện tích rừng nguyên sinh giảm, tính đa dạng sinh học giảm. Diện tích rừng cây công nghiệp (cao su, điều, cà phê) tăng nhanh, làm độ che phủ của rừng liên tục tăng, từ 27,8% năm 1990 đến 39,1% năm 2009 (biểu đồ 5.1)
Biểu đồ 5.1.1: Diễn biến diện tích và độ che phủ rừng từ 1990 đến 2009
(nguồn Cục Kiểm lâm, 2010)
Bên cạnh việc diện tích rừng tự nhiên giảm, hiện nay chỉ còn 0,57 triệu ha phân bố rải rác (chiếm 8% tổng diện tích rừng), rừng tự nhiên còn bị suy giảm về chất lượng. Phần lớn diện tích rừng tự nhiên hiện nay có trữ lượng gỗ dưới 100m3/ha, tính đa dạng sinh học thấp. Thêm vào đó là nạn cháy rừng, phá rừng trái phép.