Có kế hoạch tăng nguồn nước dự trữ và cơ sở hạ tầng liên quan trong lưu vực sông Đồng Nai theo quy định sẽ dẫn đến sự gia tăng nguồn cung cấp nước sạch vào năm 2050. Khả năng lưu trữ nước trong lưu vực sông Đồng Nai dường như không bị ảnh hưởng bởi ngập do triều cường mặc dù các vùng lưu trữ gần với TP HCM hơn có thể bị ảnh hưởng. Các nhà máy xử lý nước và lấy nước phía bắc thành phố dọc theo sông Đồng Nai và Sài Gòn có khả năng bị ảnh hưởng bởi lũ lụt khắc nghiệt nếu không có kiểm soát lũ. Điều này có thể dẫn đến sự gián đoạn tạm thời sự cấp nước sạch trong mùa lũ cho dân cư và gây thiệt hại cơ sở vật chất. Mạng lưới cấp nước máy của thành phố cũng sẽ bị ảnh hưởng bởi những cơn lũ mang tính chất thường xuyên và khắc nghiệt. Cần Giờ không nằm trong kế hoạch đề xuất kiểm soát lũ và có thể bị ngập ở độ sâu lên đến 2-3m. Ngay cả việc mở rộng ống dẫn nước ra bờ biển phía đông nam của huyện, thì vẫn có nhiều khả năng bị ảnh hưởng nghiêm trọng.
Các nhà máy xử lý nước thải sẽ chịu ngập lụt từ những trận lũ thường xuyên và cực độ. Hệ thống thoát nước cũng có khả năng bị ảnh hưởng, dẫn đến làm tràn nước ô nhiễm trong các hệ thống cống thoát nước, cũng như thiệt hại gây ra bởi nước lũ mặn. 12 trong số 14 nhà máy xử lý nước thải dự kiến sẽ rơi vào trong tình trạng ngập úng do các trận lũ thường xuyên và lũ cực đoan cho đến năm 2050. Với những trận lũ cực đoan, các nhà máy xử lý nước thải gần nhánh sông Sài Gòn và Đồng Nai có khả năng bị ảnh hưởng nhiều nhất, mực nước có thể 1-2 m. Hệ thống kiểm soát lũ theo kế hoạch có thể ngăn chặn lũ lụt quanh ba nhà máy xử lý nước thải phía nam.
Tác động của biến đổi khí hậu có khả năng gây suy giảm chất lượng nước mặt và nước ngầm do tăng độ mặn và việc phát tán trầm tích bị ô nhiễm nặng trong các trận lũ. Lũ lụt là có khả năng phân tán trầm tích bị ô nhiễm và nước mặt chảy khắp các quận nội thành và có thể thấm sâu làm ô nhiễm đất, gây ra các vấn đề sức khỏe. Đặc biệt là các kênh đào bị ô nhiễm nặng tích lũy hàng chục năm các chất ô nhiễm độc hại.
Chất lượng nước ngầm sẽ bị ảnh hưởng bởi xâm nhập mặn phụ thuộc và cấp độ và thời gian duy trì của trận lũ.