Quá trình trao đổi chất để tới ưu hĩa tiếp xúc giữa tế bào vi sinh vật và chất ơ nhiễm hữu cơ. Hợp chất hữu cơ buộc phải tiếp cận được với vi sinh vật cĩ hoạt tính phân huỷ.
Ví dụ, Các hydrocarbon béo cĩ mạch càng dài càng kém tan trong nước, 2 cơ chế tiếp nhận các hợp chất béo: vi sinh vật bám vào hạt dầu và tạo các chất hoạt động bề mặt sinh học (biosurfactant).
Biosurfactant:
là những hợp chất cĩ cấu trúc gồm 2 phần là ưa nước và kị nước
Bước tấn cơng đầu tiên vào chất ơ nhiễm hữu cơ xảy ra bên trong tế bào là quá trình oxy hố bởi các enzyme chìa khố là oxygenase và peroxidase.
Con đường phân huỷ diễn ra từng bước một chuyển chất ơ nhiễm hữu cơ thành những hợp chất trung gian tiến tới vịng trao đổi chất trung tâm (vịng tricarboxylic axit).
Sinh khới tế bào được tổng hợp từ chính những nền tảng là chất chuyển hố trung gian, giả sử như CoA, suscinate, pyruvate... Chất đường cần thiết cho nhiều quá trình sinh tổng hợp và sinh trưởng được tổng hợp qua quá trình đường phân (gluconeogenesis).
Các hợp chất hữu cơ khĩ bị phân hủy sinh học (alkan mạch vịng), một vài vi sinh vât sử dụng làm nguồn carbon chính (cyclohexan) và phân hủy theo cơ chế đồng chuyển hĩa (cometabolism).
Cometabolism:
- là dạng chuyển hĩa một chất khơng cĩ giá trị dinh dưỡng khi cĩ mặt cơ chất sinh trưởng là dạng khá phổ biến trong vi sinh vật.
Một vi sinh vật sinh trưởng trong một nguồn cơ chất nào đĩ cĩ khả năng oxi hĩa một cơ chất thứ hai (co- substrate). Cơ chất thứ hai này khơng bị đồng hĩa nhưng sản phẩm của nĩ cĩ thể là cơ chất cho loài vi sinh vật khác cĩ trong hỗn hợp vi sinh.
Phân hủy trichloroethylen (TCE) theo cơ chế đồng chuyển hĩa trong vi