Nổi lo con giống:
-Nỗi lo hàng đầu trong NTTS ở phía Nam hiện nay, vẫn là vấn đề con giống, nhất là khâu chất lƣợng. Một ví dụ điển hình là về sản xuất và nuôi cá tra ở ĐBSCL,thì theo Cục Nuôi trồng thuỷ sản, hiện nay, về cơ bản, việc sản xuất giống cá tra ở ĐBSCL đã đáp ứng đủ nhu cầu nuôi của toàn vùng (1,3-1,5 tỷ con/năm). Tuy nhiên, chất lƣợng cá giống nhìn chung khá thấp do đàn bố mẹ đƣợc tuyển chọn từ cá thịt và điều kiện ƣơng dƣỡng giống không đảm bảo yêu cầu kỹ thuật. Hoạt động ƣơng dƣỡng cá giống hiện đang bị thả nổi, khi chỉ có 1/4 trong khoảng 4.000 hộ ƣơng nuôi con giống là có đăng ký kinh doanh và sản xuất thƣờng xuyên với quy mô lớn. Còn phần lớn các hộ ƣơng nuôi không đăng ký kinh doanh, sản xuất nhỏ và không thƣờng xuyên, không áp dụng đúng các yếu tố kỹ thuật cần thiết, khiến cho chất lƣợng cá bột thấp, tỷ lệ hao hụt lớn, tỷ lệ sống chỉ đạt 15-20%, thậm chí có đợt chỉ đạt 2-3%…
- Nông dân nuôi tôm sú ở tỉnh Long An cũng gặp tình trạng tƣơng tự,do giống
tôm phụ thuộc tới 95% nguồn giống ở các tỉnh miền Trung. Vì thế, vào đầu vụ nuôi tôm 2009, ngành nông nghiệp Long An đã tổ chức đoàn ra tận các tỉnh sản xuất giống tôm sú ở Duyên hải miền Trung để cùng phối hợp trong việc kiểm soát chất lƣợng con giống đƣa về Long An. Thế nhƣng, trên thực tế, vẫn chỉ có 25-30% lƣợng tôm sú giống đƣợc thả nuôi ở Long An là đã qua kiểm dịch.Về vấn đề này, ông Nguyễn Khắc Lâm, Chi cục trƣởng Chi cục NTTS tỉnh Ninh Thuận cho biết, tỉnh này có khoảng 500 cơ sở sản xuất tôm giống (tôm sú và tôm thẻ), với tổng sản lƣợng từ 12-15 tỷ con giống/năm. Trong đó, các cơ quan chức năng chỉ tiến hành kiểm dịch đƣợc 60% tôm sú giống và 40% tôm thẻ chân trắng giống. Riêng nguồn tôm sú giống bố mẹ thì đến giờ vẫn chƣa kiểm soát đƣợc. Lý giải về sự yếu kém này, ông Lâm cho rằng hiện
nay chúng ta đang quan tâm đầu tƣ cho khâu nuôi thƣơng phẩm mà chƣa quan tâm tới khâu sản xuất giống, nhất là ở công nghệ. Vì thế, mới có tình trạng ở Ninh Thuận có 500 cơ sở sản xuất giống tôm thì cũng có… chừng ấy “công nghệ” sản xuất tôm giống khác nhau. Mà những “công nghệ” đều do mỗi hộ làm giống tự nghĩ ra qua quá trình làm giống của mình.
-Chất lƣợng giống tôm càng xanh cũng đang là vấn đề khiến các nhà quản lý phải “đau đầu”. Theo Cục NTTS, hiện nay, ở ĐBSCL có khoảng 80 trại nuôi tôm càng xanh, tổng sản lƣợng trên 150 triệu tôm giống, chỉ đáp ứng đƣợc 30% nhu cầu nuôi của toàn vùng. Chính vì vậy, một nguồn không nhỏ tôm ấu trùng đang đƣợc nhập qua Trung Quốc theo đƣờng tiểu ngạch, rồi đƣợc đƣa vào Nam qua đƣờng hàng không. Theo các nhà khoa học thuỷ sản, tôm càng xanh Trung Quốc tuy có cùng nguồn gốc với tôm càng xanh ĐBSCL, nhƣng đƣợc nhập từ Thái Lan đã khá lâu nên đã bị thoái hoá, cỡ nhỏ, tiêu tốn nhiều thức ăn. Đồng thời, con giống vận chuyển đƣờng dài bị sốc môi trƣờng làm sức khỏe suy giảm, dễ bị nhiễm bệnh đục cơ do virus MrNV và XSV gây ra, có thể bị chết hàng loạt hoặc chậm lớn. Chính vì thế, nuôi tôm càng xanh bằng nguồn giống Trung Quốc cho hiệu quả kinh tế thấp. Thế nhƣng, đáng lo ngại là nhiều ngƣời ƣơng giống đang cố tình trộn lẫn giống tôm Trung Quốc với giống tôm địa phƣơng để tăng lợi nhuận, khiến cho ngƣời nuôi bị thiệt hại không nhỏ.
Nguồn nhân lực dồi dào nhƣng chất lƣợng thấp, chƣa đáp ứng đƣợc nhu cầu xã hội:
- Theo TS Võ Hùng Dũng, Giám đốc Phòng Thƣơng mại và Công nghiệp Việt Nam - Chi nhánh Cần Thơ (VCCI Cần Thơ), cho rằng: “Hiện nay, hầu nhƣ tỉnh nào ở ĐBSCL cũng có trƣờng ĐH và trƣờng nào cũng đào tạo đa ngành, chƣa chuyên sâu vào một ngành nào để đào tạo đƣợc những chuyên gia, chuyên viên cho vùng và cả nƣớc. Vì lẽ đó, năm nào cũng cho “ra lò” hàng loạt cử nhân với chất lƣợng ngang nhau, gây dƣ thừa trong tổng thể nhƣng lại thiếu phân khúc của một số ngành. Các KCN của vùng cũng vậy, chỗ nào cũng có chế biến thủy sản, dệt may…, không có KCN nào chuyên dụng một loại hàng. Do đó, các KCN kêu gọi đầu tƣ giống nhau, sử dụng một loại lao động, vô hình trung hút loại lao động này nhƣng không đào tạo đƣợc thêm loại lao động của ngành nghề khác, dẫn tới thiếu liên kết, thiếu hợp tác, không tạo đƣợc sự cạnh tranh”.
Chƣa khai thác tốt thị trƣờng nội địa:
- Những năm trƣớc đây do phải nhập dây chuyền đồng bộ từ nƣớc ngoài nên
-Sự mất cân đối giữa khu vực sản xuất nguyên liệu và khu vực chế biến xuất khẩu. Nói rõ hơn, khu vực sản xuất nguyên liệu chƣa đáp ứng đƣợc nhu cầu và chƣa theo kịp đƣợc khu vực chế biến xuất khẩu. Sự mất cân đối này xuất phát từ nhiều yếu tố, nhƣ trình độ tổ chức sản xuất chƣa cao, sản lƣợng và chất lƣợng cũng nhƣ sự phối hợp giữa hai khu vực còn yếu.