Tuy nhiên, bên cạnh các thành tựu đạt đợc không thể không kể đến các bất cập, các khó khăn đang gây ảnh hởng đến quá trình tìm chỗ đứng cho sản phẩm gỗ Cụng ty Sơn Anh còn non trẻ và cha có nhiều kinh nghiệm trên thị trờng EU. Chất lợng sản phẩm kém luôn là một điểm yếu của hàng hóa xuất khẩu Cụng ty Sơn Anh từ lâu tuy nhiên Cụng ty Sơn Anh vẫn cha thấy đợc tầm quan trọng của vấn đề. Thị trờng EU là một thị trờng khó tính với nhiều đòi hỏi cao về mẫu mã, chất lợng sản phẩm. Trong khi sản phẩm gỗ của Cụng
ty Sơn Anh đa phần là các sản phẩm mới chỉ ở dạng sản phẩm thô, các chi tiết sản phẩm. Về lâu dài đây sẽ là một bất lợi cho Cụng ty Sơn Anh khi cạnh tranh với sản phẩm của các nớc khác. Ngoài điểm yếu về chất lợng, nguồn gỗ
Cụng ty Sơn Anh còn quá phụ thuộc vào nguồn nguyên liệu nhập khẩu mà chủ yếu là từ Malaysia, Lào, Campuchia. Hơn 80% nguyên liệu gỗ của Cụng
ty Sơn Anh là nhập khẩu từ các nớc này. Việc quá phụ thuộc vào nguồn nguyên liệu nhập khẩu gây khó khăn cho công ty để chế biến và xuất khẩu gỗ khi không thể tự chủ động đợc nguồn nguyên liệu, giá cả phải phụ thuộc vào giá nhập khẩu nguyên liệu. Bên cạnh đó, sản phẩm gỗ Cụng ty Sơn Anh hiện nay cha có nhiều thơng hiệu lớn có khả năng cạnh tranh, có vị thế lớn trên thị trờng, do vậy, trong quá trình đàm phán ký hợp đồng thờng bị gây khó dễ và thờng phải chấp nhận ký hợp đồng với mức giá không cao. Ngoài các bất lợi trên còn một số bất lợi khác nh tranh giành thị trờng, các khó khăn về thủ tục hành chính khi xuất khẩu hàng hóa, các khó khăn trong khâu tiếp thị, quảng cáo, phân phối sản phẩm, các rào cản kỹ thuật của các nớc EU đối với sản phẩm gỗ Cụng ty Sơn Anh...cũng gây khó khăn cho Cụng ty Sơn Anh khi thâm nhập vào thị trờng nhiều tiềm năng nhng cũng rất khó tính này.
Mặc dù còn gặp nhiều khó khăn trong kinh doanh nh: thiếu vốn, sự cạnh tranh gay gắt, giá cả biến động, ảnh hởng của cuộc khủng hoảng tài chính
châu á, tỷ giá biến động bất thờng, Nhà nớc có những thay đổi trong chính sách thuế ảnh hởng tới việc tính toán dự báo thị trờng, gây khó khăn trong việc kinh doanh xuất nhập khẩu song với tinh thần quyết tâm , dám nghĩ dám làm, trong mấy năm qua Công ty đã phấn đấu đạt đợc những kết quả đáng khích lệ trên cả lĩnh vực kinh doanh xuất nhập khẩu cũng nh đối với hiệu quả xã hội, tạo việc làm và thu nhập ổn định cho CBCNV, đợc cấp trên đánh giá là một đơn vị hoạt động có hiệu quả, tốc độ tăng trởng năm sau cao hơn năm tr- ớc. Điều đó đợc thể hiện rất rõ trong việc thực hiện nghĩa vụ ngân sách và thuế cho Nhà nớc của Công ty hàng năm.