Trong những năm cuối thập kỷ 80 đầu thập kỷ 90 là thời kỳ sôi động ở TP.HCM cũng như trong cả nước trong việc khiển khai thực hiện Nghị quyết Đại hội Đảng lần VI (1986) và lần VII (1991) về đổi mới nền kinh tế đất nước. Chuyển đổi nền kinh tế từ cơ chế kế hoạch hoá tập trung sang xây dựng và phát triển nền kinh tế hàng hóa nhiều thành phần, vận hành theo cơ chế thị trường có sự quản lý của Nhà nước theo định hướng xã hội chủ nghĩa.
Vào thời điểm đó, hoạt động tiền tệ – ngân hàng được xác định có vai trò là mũi nhọn, động lực góp phần thúc đẩy tiến trình đổi mới. Nghị quyết TW 3 (khóa VI), Quyết định 218/HĐBT (1987) và Nghị định 53/HĐBT ngày 26/03/1988 của Hội đồng Bộ trưởng đã chỉ đạo chủ trương chuyển hoạt động ngân hàng từ cơ chế bao cấp sang cơ chế hạch toán kinh doanh XHCN. Thực hiện chủ trương đó, hệ thống NHNN được tách ra và thành lập các ngân hàng chuyên doanh, từng bước vừa nghiên cứu vừa làm, đi từ thí điểm, thực nghiệm để xây dựng mô hình tổ chức và xây dựng cơ chế hoạt động hạch toán kinh doanh đối với ngân hàng là nhiệm vụ mới mẻ và gặp không ít khó khăn.
Mở đầu từ TP.HCM cùng với việc xây dựng các ngân hàng chuyên doanh thì Nhà nước đã thí điểm xây dựng NHTMCP, đầu tiên là NHTMCP Sài Gòn Công Thương (1987) và kế tiếp là NHTMCP Xuất nhập khẩu (1988). Đó bước khởi đầu đổi mới tổ chức và hoạt động của hệ thống ngân hàng trên địa bàn TP.HCM. Hình thành mạng lưới ngân hàng thực hiện cơ chế hạch toán kinh doanh, tách khỏi hệ thống NHNN (một cấp) tiếp cận dần với nền kinh tế thị trường có nhiều thành phần.
Cũng trong thời kỳ này đã có sự bộc phát hình thành một hệ thống các hợp tác xã (HTX) tín dụng và các tổ chức doanh nghiệp huy động vốn kinh doanh khác, cùng hoạt động, kinh doanh tiền tệ rộng khắp trên địa bàn TP.HCM với gần 200 cơ sở. Trong lúc tiền Đồng VN đang ở thời kỳ lạm phát cao, trình độ quản lý kinh doanh yếu kém, chưa có hành lang pháp lý và sự hoạt động của các tổ chức này đã vượt quá tầm kiểm soát của Nhà nước. Chính vì vậy mà hệ thống này chỉ tồn tại trong một thời gian ngắn, đến cuối năm 1989 và đầu năm 1990 đã bị đổ vỡ, tan rã để lại hậu quả rất
xấu về kinh tế xã hội, phải mất rất nhiều công sức, của cải vật chất để khắc phục hậu quả này.
Đến tháng 05/1990, Pháp lệnh Ngân hàng, HTX tín dụng và Công ty tài chính ra đời đã tạo hành lang pháp lý đầu tiên cho hoạt động kinh doanh ngân hàng, đánh dấu một bước ngoặt mới trong tiến trình đổi mới tổ chức và hoạt động của hệ thống ngân hàng VN. Từ đó từng bước hình thành hệ thống ngân hàng 2 cấp, phân định rõ chức năng quản lý của NHNN và chức năng kinh doanh tiền tệ của NHTM.
Trên cơ sở đó, ở địa bàn TP.HCM đã tích cực tổ chức triển khai thực hiện việc điều chỉnh hoạt động của các NHTMNN và các NHTMCP. Thành lập các NHTMCP trên cơ sở hợp nhất các HTX tín dụng và thành lập thêm một số NHTMCP mới. Trong một thời gian ngắn tổ chức và sắp xếp lại hệ thống ngân hàng, các NHTMCP hình thành và hoạt động cùng với các NHTMNN tạo điều kiện phát huy tính cạnh tranh giữa các ngân hàng trong nền kinh tế thị trường; qua đó góp phần thực hiện nhiệm vụ phát triển kinh tế xã hội.
Tính đến 1/1/2007 hệ thống NHTM VN gồm 32 NHTMCP, 5 NHTMNN, 5 NHLD, 35 chi nhánh NHNNg.
Năm 2006 là năm đánh dấu bước tiến bộ vượt bậc của ngành ngân hàng trong việc kiểm soát lạm phát, ổn định tỷ giá hối đoái, tăng nhanh dự trữ ngoại tệ (thêm 2,5 tỷ USD), tích cực cải cách thể chế và hiện đại hoá công nghệ phù hợp hơn với chuẩn mực quốc tế. Đặc biệt, hệ thống các NHTM, nhất là NHTMCP đã có những bước tiến lớn về quy mô hoạt động, mạng lưới và năng lực cạnh tranh....
Tổng tài sản của các NHTM VN đã đạt xấp xỉ gần 1.200 nghìn tỷ đồng, tăng 33% so cuối năm 2005 và lần đầu tiên vượt mức GDP (gần bằng 120% GDP). Vốn tự có đạt 83.000 tỷ đồng, tăng 36% so cuối năm 2005 và về cơ bản đã chuyển toàn bộ các NHTMCP nông thôn thành NHTMCP đô thị, ngân hàng có vốn điều lệ thấp nhất cũng đạt đến 250 tỷ đồng. Nhờ đó đã nâng tỷ lệ an toàn vốn bình quân toàn ngành đạt xấp xỉ tiêu chuẩn quốc tế tối thiểu (8%).
Chất lượng tài sản đã được cải thiện đáng kể, tỷ lệ nợ tồn đọng tính trên cùng một chuẩn mực kế toán đã giảm từ khoảng 5% cuối năm 2005 xuống còn 3,5% cuối năm 2006. Hàng loạt sản phẩm ngân hàng mới dựa trên nền tảng công nghệ thông tin đã được áp dụng và hoạt động kinh doanh bán lẻ, dịch vụ ngân hàng điện tử, thanh toán và chuyển tiền... Năm 2006 là năm các NHTM đạt mức sinh lời rất cao: tỷ lệ lãi ròng trên vốn tự có bình quân 17%- 18%. Một số NHTMCP đạt trên mức 30%.
Tuy nhiên, hoạt động của mỗi NHTMCP cũng có những kết quả rất khác nhau, có ngân hàng đã và đang hoạt động rất tốt với hiệu quả kinh doanh và uy tín cao nên có khả năng cạnh tranh cao với các loại hình sở hữu ngân hàng khác, tuy nhiên cũng có NHTMCP hoạt động rất yếu kém, không đủ sức cạnh tranh trong kinh doanh và đang trong tình trạng được “kiểm soát đặc biệt”, xử lý để vực dậy hoặc phải thu hồi giấy phép hoạt động để thanh lý giải thể hoặc phá sản theo đề án củng cố, sắp xếp NHTMCP đã được chính phủ phê duyệt.