Hồ sơ kiểm toán được lập và sử dụng từ trước khi cuộc kiểm toán bắt đầu và được bổ sung hoàn thiện dần từ quá trình lập kế hoạch, thực
hiện kiểm toán cho đến khi kết thúc kiểm toán. Giai đoạn lập kế hoạch kiểm toán
Nội dung chủ yếu của các giấy tờ làm việc được lập và sử dụng trong giai đoạn này gồm: những thông tin thu thập được về khách hàng, những đánh giá, kếtluận của kiểm toán viên về những vấn đề cần xác định và kế hoạch kiểm toán của kiểm toán viên. Đây là những thông tin cơ bản rất quan trọng quyết định sự thànhcông hay thất bại của một cuộc kiểm toán. Trong giai đoạn lập kế hoạch kiểm toán, khi cân nhắc xem nên tiếp tục mộtkhách hàng cũ hay tiếp nhận một khách hàng mới thì kiểm toán viên phải thựchiện một công việc là liên lạc với kiểm toán viên tiền nhiệm hay xem xét hồ sơkiểm toán của kiểm toán viên tiền nhiệm. Xem xét hồ sơ kiểm toán của các kiểmtoán viên trước để có được những thông tin như: tính liêm chính của ban giám đốccông ty khách hàng, những bất đồng của ban giám đốc với kiểm toán viên tiềnnhiệm về các nguyên tắc kế toán, thủ tục kiểm toán,…hoặc các vấn đề quan trọng khác. Các hồ sơ kiểm toán các năm trước thường chứa đựng rất nhiều thông tin về khách hàng: về công việc kinh doanh, cơ cấu tổ chức và các đặc điểm hoạt động khác. Vì vậy qua kiểm tra hồ sơ kiểm toán chung của khách hàng (bao gồm sơ đồ bộ máy, điều lệ công ty, chính sách tài chính, kế toán,…) kiểm toán viên sẽ tìmthấy những thông tin chung hữu ích về hoạt động kinh doanh của khách hàng. Đólà việc xác định xem các quyết định của nhà quản lý có hợp lý hay không, việchiểu được bản chất và sự biến động của các số liệu trên báo cáo tài chính đã được kiểm toán. Kế hoạch chi tiết cho từng lĩnh vực, chương trình kiểm toán được lập và lưu giữ trong hồ sơ kiểm toán. Chương trình kiểm toán đã thiết kế có thể thay đổitrong quá trình thực hiện. Tuy nhiên những thay đổi này phải được ghi rõ trong hồsơ kiểm toán. Những tài liệu này cùng với những tài liệu về lập kế hoạch tổng quátđược lưu giữ trong hồ sơ kiểm toán chung. Đối với những khách hàng quen thuộc,công ty kiểm toán chỉ cần cập nhật những thay đổi chứ không phải tiến hành lập mới các tài liệu như đối với khách hàng mới.
• Giai đoạn thực hiện kiểm toán Thực hiện kiểm toán bao gồm việc thực hiện và đánh giá các thủ nghiệm kiểm soát, thử nghiệm chi tiết số dư, nghiệp vụ và thủ tục phân tích. Dựa vào những tài liệu đã lưu về đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ, kiểm toán viên đưa ra quyết định có
thể dựa vào hệ thống kiểm soát nội bộ của khách hàng hay không.Nếu quyết định là có thì việc thu thập bằng chứng có thể chủ yếu qua các thửnghiệm kiểm soát và một số ít các thử nghiệm cơ bản. Nếu quyết định là không thìkiểm toán viên phải thực hiện các thử nghiệm cơ bản với số lượng lớn. Cần lưu trữ vào hồ sơ kiểm toán các tài liệu chủ yếu như: tính chất, thời gianvà phạm vi của các thử nghiệm kiểm soát và những phát hiện của kiểm toán viên.Những phát hiện này lại được đem ra so sánh với những đánh giá ban đầu trong kếhoạch kiểm toán. Nếu trùng khớp thì các thử nghiệm kiểm toán cơ bản sẽ đượcthực hiện đúng theo kế hoạch. Trong trường hợp ngược lại có thể phải thay đổiđánh giá trong phần lập kế hoạch và mở rộng phạm vi của các thủ tục cơ bản. Việc thực hiện các thử nghiệm cơ bản này được thực hiện trên các bảng tổng hợp, bảng tính toán, bảng phân tích các nghiệp vụ, các giấy tờ xác minh…Khi tiến hành kiểm toán các khoản mục đã được lựa chọn, kiểm toán viên phải đưa ra các kết luận của mình về từng khoản mục kèm theo các bằng chứng cho các kết luậnđó trên giấy tờ làm việc. Các giấy tờ này được tập hợp lại trong hồ sơ kiểm toán phục vụ cho việc ra quyết định của kiểm toán viên. Phần lớn các tài liệu trong hồsơ kiểm toán được lập vào giai đoạn này. Tất cả các bằng chứng có giá trị và những ghi chép của kiểm toán viên phải được lưu lại trên giấy tờ làm việc, đảm bảo cho hồ sơ kiểm toán được lập một cách đầy đủ, hợp lý và hợp lệ
• Giai đoạn kết thúc kiểm toán Các tài liệu trong hồ sơ kiểm toán chính là căn cứ để các kiểm toán viên đưa ra các kết luận của mình. Giai đoạn này bổ sung nốt những tài liệu cuối cùng trong hồ sơ, đó là báo cáo kiểm toán và thư quản lý. Người soát xét lại cuộc kiểm toán tiến hành đánh giá chất lượng cuộc kiểm toán hoàn thành thông qua việc xem xét hồ sơ kiểm toán. Hồ sơ kiểm toán được lưu giữ theo những quy định nghiêm ngặt. Đây sẽ là những tài liệu dùng cho các cuộc kiểm toán sau và là bằng chứng pháp lý để giải quyết các sự kiện phát sinh sau ngày kiểm toán.