Khó khăn lớn đầu tiên đối với hệ thống thuế của Việt Nam là phải xây dựng lộ trình cắt giảm thuế phù hợp với các nguyên tắc của WTO. Phải sử dụng thuế như một công cụ kích thích và điều tiết sự chuyển đổi cơ cấu kinh tế, tăng cường sức cạnh tranh của các DN, góp phần thu hút vốn đầu tư nước ngoài và thúc đẩy tăng trưởng kinh tế. Hệ thống chính sách thuế của Việt Nam mới được hình thành vào cuối những năm 80 cùng với việc chuyển đổi cơ chế của nền kinh tế kế hoạch hóa tập trung sang nền kinh tế thị trường có nhiều thành phần kinh tế.
Mặc dù đã từng bước được cải cách và hoàn thiện vào những năm 1990-2000, nhưng hiện nay chính sách thuế vẫn còn nhiều vướng mắc cần tiếp tục cải cách, sửa đổi cho phù hợp với các nguyên tắc của WTO.
-Về thuế suất thuế nhập khẩu: thuế nhập khẩu hiện nay với chức năng bảo vệ sản xuất trong nước nên thuế xuất thường xuyên được thay đổi cho phù hợp với những mặt hàng trong nước đã sản xuất được, do đó đã góp phần hỗ trợ tích cực cho sản xuất trong thời kỳ đầu phát triển. Nhưng chính điều này cũng tạo ra những lệch lạc trong định hướng đầu tư trong nước, đặc biệt là trong thu hút đầu tư nước ngoài. Trong những năm qua, đầu tư nước ngoài đã được thu hút vào những ngành sản xuất ra các sản phẩm có mức thuế bảo hộ cao, phục vụ cho nhu cầu của thị trường trong nước chứ không nhằm chủ yếu vào xuất khẩu. Do tính chất quản lý, điều hành xuất nhập khẩu còn nhiều yếu kém nên có tình trạng khoảng 50% sản phẩm của các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài không xuất khẩu mà cung ứng vào thị trường nội địa, và đây là việc làm đã gây nhiều khó khăn cho các doanh nghiệp trong nước trong việc tiêu thụ sản phẩm. Điều này đã dẫn đến vốn đầu tư này chưa thực sự góp phần tăng tiềm lực xuất khẩu, tăng khả năng cạnh tranh của nền kinh tế VN và đẩy nhanh được khả năng
thâm nhập thị trường thế giới của hàng VN, gây lãng phí trong sư dụng nguồn vốn này.
-Biểu thuế nhập khẩu nay còn quá nhiều mức: 18 mức làm cho biểu thuế phức tạp, gây khó khăn trong quản lý thuế nhập khẩu, làm cho biểu thuế mất tính trung lập.Do để áp dụng phù hợp với chủ trương bảo hộ sản xuất của một số ngành nên vẫn còn có chi tiết một số mặt hàng chưa phù hợp với cách phân loại của danh mục, chúng ta chưa áp dụng toàn phần của hệ thống. Ngoài ra, còn một số vấn đề như phần dịch thuật chưa chuẩn, một số mặt hàng có thể áp dụng nhiều mã số, gây tranh chấp giữa các đối tượng nộp thuế và cơ quan thu thuế, sẽ là kẽ hơ cho gian lận trốn thuế. - Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hiện hành quy định giá tính thuế là giá FOB đối với hàng xuất khẩu và giá CIF đối với hàng nhập khẩu, đồng thời cũng quy định áp dụng giá tính thuế tối thiểu đối với một số mặt hàng thuộc diện nhà nước quản lý giá (hiện nay gồm 15 nhóm mặt hàng) trong trường hợp nhập khẩu hàng hóa, có giá ghi trên hợp đồng nhỏ hơn giá tối thiểu do nhà nước quy định hoặc trong trường hợp xuất nhập khẩu hàng hóa theo các phương thức không thông qua hợp đồng mua bán (biếu tặng, xuất nhập khẩu phi mậu dịch...).
-Thuế tiêu thụ đặc biệt còn được sử dụng cho chức năng bảo hộ sản xuất trong nước, nên có sự phân biệt đối xử giữa một số mặt hàng nhập khẩu và sản xuất trong nước (như ô tô, thuốc lá…) dẫn đến vi phạm nguyên tắc của WTO. Mặt khác, có một số mặt hàng tiêu dùng có tính chất xa xỉ lại không thuộc diện điều chỉnh của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt, nên trong biểu thuế nhập khẩu đang được áp dụng mức thuế suất cao, tạo sự hiểu lầm của dư luận quốc tế về thuế nhập khẩu không phù hợp thông lệ quốc tế.
-Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hiện hành có quy định xét miễn thuế nhập khẩu cho hàng chuyên dùng phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng, nghiên cứu khoa học, giáo dục. Tuy nhiên thực tế cho thấy rất khó xác định, trừ một số mặt hàng đặc biệt như vũ khí, khí tài quân sự, còn phần lớn các mặt hàng khác có thể dùng cho
đối tượng khác nhau, làm cho thủ tục xét miễn thuế phức tạp nhưng vẫn không đảm bảo được sự chính xác, chặt chẽ, dẫn đến lợi dụng trốn thuế.
- Trong tổ chức thực hiện luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu cũng còn bất cập như việc tính thuế đôi lúc còn tùy tiện ở các cửa khẩu biên giới, công tác quản lý nhiều khi còn buông lỏng cộng với tình trạng đánh thuế quá cao đối với một số mặt hàng nhập khẩu dẫn đến tình trạng nhập lậu gia tăng, hàng ngoại lấn át hàng nội, làm cho hàng hóa sản xuất trong nước không thể cạnh tranh với hàng hóa nước ngoài và gây thiệt hại nhiều cho các doanh nghiệp.
-Hệ thống chính sách thuế hiện nay vẫn còn phức tạp và thiếu tính ổn định, làm cho chi phí quản lý thu thuế lớn, ảnh hưởng tới hiệu quả thu thuế, tạo điều kiện cho việc trốn thuế và bóp méo hệ thống thuế. Đồng thời, nó làm mất định hướng của nhà đầu tư, bóp méo sự lựa chọn của người sản xuất và vi phạm một nguyên tắc chung của thông lệ quốc tế . Việc thường xuyên thay đổi trong chính sách thuế, quy định không rõ ràng về phạm vi của các sắc thuế và trong một sắc thuế có quá nhiều thuế suất, nhiều chế độ ưu đãi, miễn giảm khác nhau đã cản trở quá trình hội nhập quốc tế trên các phương diện: khuyến khích xuất khẩu, nâng cao khả năng cạnh tranh của DN và thu hút vốn đầu tư nước ngoài.
-Hệ thống chính sách thuế được xây dựng để phục vụ nhiều mục tiêu trong từng sắc thuế, làm mất đi tính trung lập – một yếu tố dẫn tới hiệu quả trong phân bổ nguồn lực. Có nhiều mục tiêu trong chính sách thuế không thống nhất với nhau, do đó nếu đạt được mục tiêu này thì lại gây thiệt hại tới mục tiêu khác. Một số mặt hàng nhập khẩu như: phân bón, sắt xây dựng, kính xây dựng, đường… có thuế suất thuế nhập khẩu thấp vì là đầu vào của một số ngành sản xuất, nhưng biện pháp quản lý lại là bảo hộ phi thuế quan (hạn chế số lượng nhập khẩu), rõ ràng là vi phạm quy định của WTO. Một số mặt hàng thuế nhập khẩu quá cao sẽ kính thích sản xuất hàng hóa thay thế hàng nhập khẩu; đồng thời cũng sẽ chiếm mất nguồn vốn, lao động, công nghệ của những hoạt động sản xuất hàng hóa khác có hiệu quả cao hơn Việc kết hợp các mục tiêu của chính sách xã hội trong các sắc thuế xét về khía cạnh xã hội là tốt, tuy
nhiên nó thực sự làm chính sách thuế trở nên phức tạp, tạo ra sự bất bình đẳng trong kinh doanh, ảnh hưởng đến sự minh bạch của hệ thống thuế.
-Còn thiếu sự kết hợp hài hòa giữa các sắc thuế trong hệ thống chính sách thuế, giữa mục tiêu số thu cho ngân sách và mục tiêu kích thích sản xuất phát triển và điều tiết vĩ mô nền kinh tế thông qua từng sắc thuế.
-Sự quá tải của hệ thống quản lý thuế hiện nay không chỉ cho thấy sự gia tăng về quy mô và tính phức tạp của hệ thống thuế mà còn là sự lạc hậu của mô hình quản lý thuế cũ không theo kịp với sự phát triển nhanh chóng của nền kinh tế. Giảm chi phí tuân thủ thuế cũng là một mục tiêu quan trọng. Do hệ thống thuế hiện nay quá phức tạp và rườm rà trong các thủ tục hành chính đã làm tăng các chi phí tuân thủ thuế của người nộp thuế.
Những năm đổi mới vừa qua, nước ta đã có nhiều cố gắng trong việc hoàn thiện chính sách thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Điều đó đã góp phần tích cực thúc đẩy xuất nhập khẩu, điều tiết tiêu dùng. Tuy vậy, thuế xuất khẩu, nhập khẩu hiện hành còn nhiều điều chưa phù hợp với thông lệ quốc tế trong điều kiện hội nhập, tự do hóa thương mại: mức thu còn cao, biểu thuế còn nhiều thuế suất làm phức tạp quá trình thực hiện. Thêm vào đó, những bất cập trong tổ chức thực hiện đang làm giảm hiệu quả hoạt động xuất nhập khẩu. Tất cả những hạn chế đó của chính sách thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hiện hành đang gây trơ ngại cho hoạt động xuất nhập khẩu. Vì vậy cần thiết phải bổ sung, hoàn thiện chính sách thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu ở nước ta.
Trong điều kiện tiềm lực đất nước có hạn, hệ thống pháp luật chưa hoàn thiện, nhất là pháp luật về thuế quan, một số vấn đề về thuế quan cần nghiên cứu thực hiện ngay sau khi Việt Nam trở thành thành viên của WTO:
Một là, Luật Thuế xuất khẩu, Thuế nhập khẩu, mặc dù đã được sửa đổi nhiều lần, nhưng vẫn chưa đồng bộ, nội dung chưa bao quát hết các đối tượng và nguồn thu. Thuế nhập khẩu ở nước ta vừa đánh theo tính chất hàng hóa, vừa đánh theo mục đích
sử dụng dễ tạo ra những sơ hở, bất hợp lý để cho các đối tượng làm ăn bất chính triệt để lợi dụng. So với các nước khác, biểu thuế suất của Việt Nam vẫn còn phức tạp, bao gồm hàng chục nghìn dòng thuế, nhiều nhóm hàng, mặt hàng có nhiều mức thuế suất khác nhau: giữa các mức thuế lại có sự chênh lệch rất lớn vừa không phù hợp với xu thế hội nhập, vừa tạo kẽ hở để đối tượng nộp thuế lợi dụng trốn thuế.
Hai là, cần ban hành ngay các loại thuế như: thuế chống bán phá giá, thuế hạn ngạch, thuế phản kháng, thuế chống trợ cấp... để chống lại "cuộc chiến thương mại" được núp bóng tinh vi trong cái "áo khoác" tự do thương mại và toàn cầu hóa.
Ba là, vấn đề cho nợ thuế kéo dài, cơ chế quản lý hàng tạm nhập tái xuất, hoàn thuế VAT cùng với thủ tục thành lập, giải thể công ty lỏng lẻo... là những sơ hở để các đối tượng xấu triệt để khai thác trốn thuế. Đặc biệt lợi dụng chính sách ân hạn thời gian nộp thuế nhưng không có chế tài ràng buộc đã làm cho danh sách chây ỳ, chiếm đoạt tiền thuế xuất nhập khẩu ngày một dài thêm.
Bốn là, trình độ nhận thức và thái độ chấp hành của người nộp thuế xuất nhập khẩu. Người nộp thuế chính là đối tượng trực tiếp thực hiện chính sách, luật lệ về thuế xuất nhập khẩu. Vì vậy, trình độ nhận thức và thái độ chấp hành nghĩa vụ thuế của họ đóng vai trò quyết định trong việc thu thuế và chống thất thu thuế. Cho dù hệ thống chính sách, pháp luật hoàn thiện, phương pháp, hình thức quản lý đổi mới, cán bộ thuế đáp ứng năng lực trình độ song vẫn không thể ngăn chặn triệt để việc trốn, lậu thuế nếu người nộp thuế thiếu ý thức chấp hành nghĩa vụ nộp thuế.
Năm là, để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ khi Việt Nam đã là thành viên chính thức của WTO, phải nâng cao năng lực của cơ quan thuế nói chung, hải quan nói riêng; sắp xếp lại tổ chức bộ máy cơ quan thuế, đào tạo và đào tạo lại công chức ngành thuế quan theo hướng chuyên môn hóa, chuyên nghiệp; xây dựng hệ thống quản lý đạt chuẩn ISO 9001.