Từ năm 1945 đến trước năm 1975, đã có những ý kiến đánh giá phê phán nhà Nguyễn rất gay gắt ở miền Bắc. Ngay từ năm 1961, ngay trước khi cho ấn hành tập đầu tiên của bộ Đại Nam thực lục, Viện Sử học miền Bắc đã viết nhận định:[128] .
"Những sự kiện lịch sử xảy ra trong khoảng thời gian từ Nguyễn Hoàng đến Đồng Khánh [1558-1888], những công việc mà các vua [chúa] nhà Nguyễn đã làm trong khoảng thời gian 330 năm ấy, ... tự chúng tố cáo tội ác của nhà Nguyễn trước lịch sử của dân tộc chúng ta".
"Theo lệnh của các vua nhà Nguyễn, bọn sử thần của nhà Nguyễn làm công việc biên soạn Đại Nam thực lục đã cố gắng rất nhiều để tô son vẽ phấn cho triều đại nhà Nguyễn ..." và "Nhưng bọn sử thần ấy vẫn không che giấu nổi các sự thật của lịch sử. Dưới ngòi bút của họ, sự thật của lịch sử ... vẫn phơi bày cho mọi người biết tội ác của bọn vua chúa phản động, không những chúng đã cõng rắn cắn gà nhà, mà chúng còn cố tâm kìm hãm, đày đọa nhân dân Việt Nam trong một đời sống tối tăm đầy áp bức".
Sách Lịch sử Việt Nam do Viện Khoa học Xã hội của Việt Nam Dân chủ Cộng hoà, bản năm 1971 cũng cho rằng
"triều Nguyễn phải chịu trách nhiệm hoàn toàn về tội ác trời không dung, đất không tha, để cho tên tuổi đất nước một lần nữa, sau hàng ngàn năm độc lập, bị quân cướp nước xóa khỏi bản đồ Thế giới"[129] .
"Triều Nguyễn là vương triều phong kiến cuối cùng dựng lên bằng một cuộc chiến tranhphản cách mạng nhờ thế lực xâm lược của người nước ngoài. Gia Long lên làm vua lập ra triều Nguyễn sau khi đàn áp cuộc chiến tranh cách mạng của nông dân ... Triều Nguyễn là vương triều tối phản động ... Bản chất cực kỳ phản động của chế độ nhà Nguyễn bộc lộ rõ ngay từ đầu qua những hành động khủng bố, trả thù vô cùng đê hèn của Nguyễn Ánh đối với các lãnh tụ nông dân và những người thuộc phái Tây Sơn kể cả phụ nữ và trẻ em ..." "Chính quyền nhà Nguyễn hoàn toàn đối lập với nhân dân và dân tộc. Nó chỉ đại diện cho quyền lợi của những thế lực phong kiếnphản động, tàn tạ, nó không có cơ sở xã hội nào khác ngoài giai cấp địa chủ. Vì vậy, các vua nhà Nguyễn từ Gia Long (1802-1819) đến Minh Mệnh (1820-1840), Thiệu Trị (1841-1847), Tự Đức (1847-1883) đều rất sợ nhân dân và lo lắng đề phòng các hành động lật đổ. Chính vì kiếp nhược trước phong trào nhân dân mà nhà Nguyễn không dám đóng đô ở Thăng Long, phải dời vào Huế".
Ngoài ra còn các nhận định trong các tiểu mục khác như "Tăng cường bộ máy đàn áp", "Bộ máy quan lại hủ lậu mục nát", "Chế độ áp bức bóc lột nặng nề", "Chính sách kinh tế lạc hậu và phản động", "Chính sách đối ngoại mù quáng", v.v... và trong tập II của bộ Lịch sử Việt Nam xuất bản vào năm 1985, các tác giả thuộc Uỷ ban Khoa học Xã hội còn dùng những từ ngữ như: "triều đình nhà Nguyễn thối nát và hèn mạt", "Vương triều Nguyễn tàn ác và ngu xuẩn", "cực kỳ ngu xuẩn", "tên chúa phong kiến bán nước số 1 là Nguyễn Ánh... Nguyễn Ánh cầu cứu các thế lực ngoại bang giúp hắn thỏa mãn sự phục thù giai cấp", v.v...
Theo nhà nghiên cứu Phan Thuận An thì "Đọc “Lời giới thiệu” trong bản dịch bộ “Đại Nam thực lục” và học các chương mục lịch sử chính thống với những lời lẽ như vừa nêu, độc giả và học sinh sinh viên trong cả nước chắc hẳn đều phải phẫn nộ và căm thù các vua chúa nhà Nguyễn đến tận xương tủy! Có một điều ghi rõ trong “Lời nhà xuất bản” ở tập II của bộ “Lịch sử Việt Nam” là sách này đã được “viết theo đề cương” và “tư tưởng chỉ đạo” từ trên xuống. Nghĩa là các tác giả đã viết theo quan điểm lập trường của lãnh đạo chứ không phải viết theo tư duy sử học của cá nhân..."[128] .
Dù vậy, cố Thủ tướng Phạm Văn Đồng, vào ngay thời điểm đang chỉ đạo việc biên soạn bộ sách lịch sử do Ủy ban Khoa học Xã hội chủ trì đả phá quyết liệt các chúa Nguyễn và triều Nguyễn cũng nhắc nhở những người tham gia
biên soạn bộ sử ấy rằng, rồi “đến lúc nào đó” phải đánh giá lại chính những quan điểm của bộ sử này về các chúa Nguyễn và triều Nguyễn [130] .
GS Phan Huy Lê, Chủ tịch Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam nhận định, thời kỳ các chúa Nguyễn và vương triều Nguyễn từ thế kỷ XVI cho đến thế kỷ XIX là một thời kỳ lịch sử đã trải qua những cách nhìn nhận và đánh giá hết sức khác nhau, có những lúc gần như đảo ngược lại. Triều Nguyễn được đặt trong “khung” lý thuyết hình thái Kinh tế xã hội là triều đại suy vong, lâm vào khủng hoảng nặng nề, và chịu nhiều phán xét không công bằng.
Theo ông Nguyễn Đắc Xuân (Hội sử học Thừa Thiên – Huế), nhận định sai về nhà Nguyễn còn có 4 xu hướng: con cháu nhà Lê – Trịnh viết về nhà Nguyễn có những điểm sai; thực dân Pháp, Thiên chúa giáo và những người nghiên cứu nhà Tây Sơn, thích Tây Sơn đều có những đánh giá sai về nhà Nguyễn[110] .
Quan điểm phê phán nhà Nguyễn chi phối xã hội miền Bắc (từ năm 1954) và miền Nam (từ sau năm 1975) trong một thời gian dài nên nhiều di tích có liên quan bị hủy hoại, xoá bỏ các hình thức ghi nhận như tên đường phố, trường học, các công trình công cộng tại các đô thị, thậm chí ngay cả với những “ông vua chống Pháp” như Duy Tân cũng bị bãi bỏ. Một thời gian dài quần thể di tích cố đô Huế bị bỏ mặc để trở thành phế tích sau những đổ nát của chiến tranh và lụt lội...[130] . Cũng theo ông Phan Thuận An, chỉ trong hai thập niên gần đây (1987-2008), nhiều cuộc hội thảo khoa học và nhiều công trình nghiên cứu đã dần dần đem lại một cái nhìn dễ chịu hơn chứ không còn gay gắt như trước đối với vương triều này [128] .
Tuy nhiên, trong quyển Đại cương Lịch sử Việt Nam tập II do Đinh Xuân Lâm biên soạn ngày nay (bản năm 2007) cũng vẫn cho rằng "triều Nguyễn thành lập là sự thắng thế của tập đoàn phong kiến tối phản động trong nước có tư bản nước ngoài ủng hộ"[131] . Ông Lâm cũng cho rằng nhà Nguyễn "là 1 nhà nước quân chủ chuyên chế tuyệt đối, tập trung cao độ với 1 chế độ chính trị lạc hậu, phản động"[131] . "Mọi chính sách chính trị, kinh tế, văn hoá, xã hội triều Nguyễn ban hành đều nhằm mục đích duy nhất là bảo vệ đặc quyền đặc lợi cho tập đoàn phong kiến nhà Nguyễn"...[131] và các biện pháp khai hoang hay mộ dân lập ấp đều "xuất phát từ lợi ích của giai cấp thống trị".[132]
"Để duy trì chế độ xã hội thối nát nhằm bảo vệ đặc quyền đặc lợi, phong kiến nhà Nguyễn ra sức củng cố trật tự bằng mọi cách." "Đối nội, chúng ra sức đàn áp khủng bố các phong trào của quần chúng" và "Đối ngoại, chúng ra sức đẩy mạnh thủ đoạn xâm lược đối với các nước láng giềng như Cao Miên, Lào làm cho quân lực bị tổn thất, tài chính quốc gia và tài lực nhân dân bị khánh kiệt. Còn đối với các nước tư bản phương Tây thì chúng thi hành ngày một thêm gắt gao chính sách bế quan toả cảng và cấm đạo, giết đạo..."
"Với những chính sách phản động nói trên, nước Việt Nam đã suy yếu về mọi mặt và trở thành miếng mồi ngon đối với các nước tư bản phương Tây"[133] .
Lý giải về thái độ đánh giá trên, giáo sư Phan Huy Lê, Chủ tịch Hội Khoa học Lịch sử Việt Nam cho rằng: "nguyên do sâu xa của vấn đề này là do bối cảnh chính trị của đất nước (Việt Nam) thời bấy giờ và cách vận dụng phương pháp luận sử học của các nhà nghiên cứu"... "Khuynh hướng này phát triển ở miền Bắc (Việt Nam Dân chủ Cộng hòa) trong thời gian từ 1954 phản ánh trên một số luận văn trên tạp chí Văn sử địa, Đại học sư phạm, Nghiên cứu lịch sử và biểu thị tập trong những bộ lịch sử, lịch sử văn học, lịch sử tư tưởng Việt Nam..."[134] .
Nhà nghiên cứu Nguyễn Đình Đầu cũng có ý kiến tương tự, cho rằng do chiến tranh Đông Dương và chiến tranh Việt Nam mà các nhà biên soạn sách đã có thái độ khắt khe với nhà Nguyễn.[135] . Theo Nguyễn Đình Đầu, việc dùng những khái niệm như đấu tranh giai cấp, giai cấp địa chủ, giai cấp nông dân, giai cấp phong kiến, tập đoàn thống trị, chiến tranh Cách mạng, tước đoạt tư liệu sản xuất, bóc lột sức lao động... lên xã hội nông nghiệp phương Đông trong sách Lịch sử Việt Nam do Viện Khoa học Xã hội của Việt Nam Dân chủ Cộng hoà biên soạn là gượng ép.[135] Nhà sử học Dương Trung Quốc thì tin là bởi "Bối cảnh chính trị của cuộc cách mạng “phản đế- phản phong” cùng lập trường đấu tranh giai cấp và cải tạo xã hội chủ nghĩa đã kéo dài sự đánh giá một sắc màu tiêu cực về nhà Nguyễn...". Ông cũng cho rằng "Sử học là một khoa học, nhưng nó cũng không thể không mang màu sắc chính trị."
và "Trong nhận thức ấy, xin đừng trách nền sử học một thời đã từng lên án nhà Nguyễn với những đánh giá mà ngày nay ta thấy thiếu sự công bằng."[130]
Giáo sư Trần Quốc Vượng là người sớm nhất đưa ra một đánh giá sáng sủa hơn trên tờ “Sông Hương” (Huế) vào năm 1987 "Tôi không thích nhà làm sử cứ theo ý chủ quan của mình, và từ chỗ đứng của thời đại mình mà chửi tràn chửi lấp toàn bộ nhà Nguyễn cho sướng miệng và ra vẻ có lập trường. Có thời nhà Nguyễn chúng ta mới có một Việt Nam hoàn chỉnh như ngày nay".[130]
Hiện nay, theo giáo sư Phan Huy Lê, "cần thiết phải khẳng định công lao của các chúa Nguyễn và vương triều Nguyễn trong việc mở mang bờ cõi, thống nhất đất nước, phát triển giáo dục, văn hóa. Những gì được coi là “tội” của các vua chúa Nguyễn cũng phải được xem xét lại cho thật công bằng"[136] .
Và giáo sư Phan Huy Lê cũng đặt câu hỏi "việc Nguyễn Ánh “diệt” Nguyễn Lữ, Nguyễn Nhạc, Quang Toản có phải là phản tiến bộ hay không, khi mà những chính quyền này đã suy yếu và mất lòng dân?"[136] Giáo sư cũng cho rằng
"sau Cách mạng tháng Tám-1945 cho đến 1975, trong thời kỳ chiến tranh, công việc nghiên cứu nói chung có bị hạn chế, số lượng công trình nghiên cứu không nhiều. Và cơ bản nhất là đã xuất hiện một khuynh hướng phê phán gay gắt các chúa Nguyễn, đặc biệt là vương triều Nguyễn: chia cắt đất nước, cầu viện ngoại bang, đầu hàng thực dân xâm lược... Thời kỳ nhà Nguyễn bị đánh giá là thời kỳ chuyên chế phản động nhất trong lịch sử phong kiến Việt Nam. Khuynh hướng đó gần như trở thành quan điểm chính thống trong biên soạn sách giáo khoa đại học và phổ thông." và giai đoạn này "là thời kỳ mà nền sử họcMácxít đang hình thành nên sự ấu trĩ, giáo điều, công thức buổi đầu là không tránh khỏi. Không chỉ nhà Nguyễn mà nhà Mạc, nhà Hồ cũng chịu cái nhìn thiếu khách quan, công bằng tương tự..."[137]
Nhà thơ Nguyễn Duy đã có ý kiến:"Cho đến bây giờ, nhiều người biết rằng nhà Nguyễn có công lớn đối với nước nhà, nhưng không hiểu tại sao và từ lúc nào, lại bị biến dạng, bị hạ thấp một cách oan sai về thang bậc giá trị lịch sử và văn hoá."[138]
Cũng theo Giáo sư Phan Huy Lê thì các nhà sử học tham gia hội thảo quốc gia về "Chúa Nguyễn và vương triều Nguyễn trong lịch sử Việt Nam từ thế kỷ XVI đến thế kỷ XIX" năm 2008 đều nhận thấy "sự phê phán, lên án đến mức độ gần như phủ định mọi thành tựu của thời kỳ các chúa Nguyễn và triều Nguyễn trước đây là quá bất công, thiếu khách quan, nhất là khi đưa vào nội dung sách giáo khoa phổ thông để phổ cập trong lớp trẻ và xã hội... các nhà sử học dĩ nhiên có trách nhiệm của mình trong vận dụng phương pháp luận sử học chưa được khách quan, trung thực."[139]