M: Marker 1kb, Fermentas, Mỹ (-): Đối chứng âm
3.4.4.Kết quả xác định trình tự và phân tích gen SEB của chủng vi khuẩn Staphylococcus aureus
khuẩn Staphylococcus aureus
Đoạn gen seb của 4 chủng S. aureus nghiên cứu đã được xác định trình tự nucleotide trên máy đọc tự động ABI PRISMR 3100 Avant Genetic Analyzer. Sau khi có trình tự, chúng tôi đã tiến hành so sánh mức độ tương đồng của 4 chủng vi khuẩn S. aureus nghiên cứu với những kết quả đã công bố trên ngân hàng gen thế giới [36],[37] Hình 3.8. Hình ảnh điện di sản phẩm DNA- PCR tinh sạch M: Macker 1 kb, Fermentas, Mỹ _ .
Giếng số 1 - 4: Sản phẩm tinh sạch DNA tương ứng
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn39
. Kết quả được trình bày như sau:
Chủng M5:
caggttgtgg atatgaagtt ttgtatgatg ataatcatgt atcagcaata aacgttaaat ctatagatca atttctatac tttgacttaa tatattctat taaggacact aagttaggga attatgataa tgttcgagtc gaatttaaaa acaaagattt agctgataaa tacaaagata aatacgtaga tgtgtttgga gctaattatt attatcaatg ttatttttct aaaaaaacga atgatattaa ttcgcatcaa actgacaaac gaaaaacttg tatgtatggt ggtgtaactg agcataattg aaaaa
Hình 3.9. Trình tự Nucleotid của gen SEB của chủng M5
Bảng 3.7. Độ tương đồng của gen SEB của chủng M5 với một số chủng vi khuẩn trên ngân hàng gen thế giới (NCBI)
TT Tên trình tự gen tƣơng đồng với gen SEB
Mã số trên NCBI
Tỉ lệ tƣơng đồng (%)
1 Staphylococcus aureus subsp. aureus
M013, complete genome CP003166.1 96%
2 Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: PM36
AB479118.1 96%
3 Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: OS7 AB479116.1 96%
4
Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: NN43
AB462487.1 96%
5
Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: PM1 AB479117.1 96%
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn40
6 26075 enterotoxin B gene, partial cds AY856382.1 96%
7
Staphylococcus aureus enterotoxin B
(seb) gene, partial cd AY852244.1 96% (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
8
Staphylococcus aureus subsp. aureus
COL, complete genome CP000046.1 96%
9
Staphylococcus aureus pathogenicity
island 3, complete sequence AF410775.1 96%
10
S. aureus enterotoxin B gene, complete
cds M11118.1 96%
Từ kết quả bảng 3.7 và hình 3.9 chúng tôi nhận thấy:
Mức độ tương đồng gen SEB của chủng M5 với một số chủng đã được công bố trên ngân hàng gen thế giới (NCBI) là 96% [36], [37]. Như vậy, nghiên cứu của chúng tôi hoàn toàn tương tự với công bố ngoài nước.
Chủng M38:
Ctggatttga tggaaatata gaaagttttg tatgatgata atcatgtatc
agcaataaac gttaaatcta tagatcaatt tctatacttt gacttaatat
attctattaa ggacactaag ttagggaatt atgataatgt tcgagtcgaa
tttaaaaaca aagatttagc tgataaatac aaagataaat acgtagatgt
gtttggagct aattattact atcaatgtta tttttctaaa aaaacgaatg
atattaattc acatcaaact gacaaacgaa aaacttgtat gtatggtggt
gtaactgagc ataattgaaa gaa
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn41
Bảng 3.8. Độ tương đồng của gen SEB của chủng M38 với một số chủng vi khuẩn trên ngân hàng gen thế giới (NCBI)
TT Tên trình tự gen tƣơng đồng với gen SEB Mã số trên NCBI Tỉ lệ tƣơng đồng (%) 1
Staphylococcus aureus strain F155
enterotoxin B precursor (seb) gene, complete cds
DQ997831.1 99%
2
Staphylococcus aureus strain F136
enterotoxin B precursor (seb) gene, partial cds
DQ997830.1 99%
3 (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
Staphylococcus aureus strain F126
enterotoxin B precursor (seb) gene, partial cds
DQ997828.1 99%
4
Staphylococcus aureus strain 339E
enterotoxin seb variant gene, partial cds AY196689.1 99%
5
Staphylococcus aureus partial seb gene
for staphylococcal enterotoxin B precursor (SEB)
AM158256.1 99%
6
Staphylococcus aureus strain F127
enterotoxin B precursor (seb) gene, partial cds
DQ997829.1 99%
7
Staphylococcus aureus subsp. aureus
M013, complete genome CP003166.1 99%
8
Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: PM36 AB479118.1 99%
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn42
9 enterotoxin B, complete cds, strain: OS7 AB479116.1 99%
10
Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: NN43 AB462487.1 99%
Từ bảng 3.8 và hình 3.10 chúng tôi nhận thấy:
Gen SEB của chủng M38 có mức tương đồng với các chủng đã công bố trên ngân hàng gen (NBCI) là 99% chứng tỏ trình tự gen chủng M38 được nghiên cứu tương tự với các công bố khác [36], [37]
Chủng M62:
atgtggtatg gaagggaact ggagagtttt gtatggtgat aatcatgtat cagcaataaa cgttaaatct atagatcaat ttctatactt tgacttaata tattctatta aggacactaa gttagggaat tatgataatg ttcgagtcga atttaaaaac aaagatttag ctgataaata caaagataaa tacgtacatg tgtttggagc taattattat tatcaatgtt atttttctaa aaaaacgaat gaattttatt cgcatccaac tgactaacga aaaacttgta tgtatgggag gggttccgta ctaaaagaaa aaaaaaggtg gtgtaactga gcataattga aggt
Hình 3.11. Trình tự Nucleotid của gen SEB của chủng M62 (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
Bảng 3.9. Độ tương đồng của gen SEB của chủng M62 với một số chủng vi khuẩn trên ngân hàng gen thế giới (NCBI)
TT Tên trình tự gen tƣơng đồng với gen SEB Mã số trên NCBI Tỉ lệ tƣơng đồng (%) 1
Staphylococcus aureus subsp. aureus
M013, complete genome CP003166.1 98%
2
Staphylococcus aureus seb gene for
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn43
3
Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: OS7 AB479116.1 98%
4 Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: NN43 AB462487.1 98%
5
Staphylococcus aureus strain CMCC
26075 enterotoxin B gene, partial cds AY856382.1 98%
6
Staphylococcus aureus enterotoxin B
(seb) gene, partial cds AY852244.1 98%
7
Staphylococcus aureus subsp. aureus
COL, complete genome CP000046.1 98%
8
Staphylococcus aureus pathogenicity
island 3, complete sequence AF410775.1 98%
9
S.aureus enterotoxin B gene, complete
cds M11118.1 98%
10
Staphylococcus aureus strain F127
enterotoxin B precursor (seb) gene, partial cds (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
DQ997829.1 98%
Từ bảng 3.9 và hình 3.11 chúng tôi nhận thấy:
Gen SEB của chủng M62 có mức tương đồng với các chủng đã công bố trên ngân hàng gen (NBCI) là 98% chứng tỏ trình tự gen SEB của chủng M62 được nghiên cứu là chính xác [36], [37].
Chủng M99:
ctggatttga tggaatatga aagttttgta tgatgataat tatgtatcag caataaacgt taaatctata gatcaatttc tatactttga cttaatatat tctattaagg acactaagtt
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn44
agggaattat gataatgttc gagtcgaatt taaaaacaaa gatttagctg ataaatacaa agataaatac gtagatgtgt ttggagctaa ttattattat caatgttatt tttctaaaaa aacgaatgat attaattcgt atcaaactga caaacgaaaa acttgtatgt atggtggtgt aactgagcat aattgaa
Hình 3.12. Trình tự Nucleotid của gen SEB của chủng 99
Bảng 3.10. Độ tương đồng của gen SEB của chủng M99 với một số chủng vi khuẩn trên ngân hàng gen thế giới (NCBI)
TT Tên trình tự gen tƣơng đồng với gen SEB Mã số trên NCBI Tỉ lệ tƣơng đồng (%) 1
Staphylococcus aureus subsp. aureus
M013, complete genome CP003166.1 100%
2
Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: PM36 AB479118.1 100%
3
Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: OS7 AB479116.1 100%
4
Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: NN43 AB462487.1 100%
5
Staphylococcus aureus seb gene for
enterotoxin B, complete cds, strain: PM1 AB479117.1 100%
6
Staphylococcus aureus strain CMCC
26075 enterotoxin B gene, partial cds AY856382.1 100%
7
Staphylococcus aureus enterotoxin B (seb)
gene, partial cds AY852244.1 100% (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
8
Staphylococcus aureus subsp. aureus COL,
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn45
9 Staphylococcus aureus pathogenicity
island 3, complete sequence AF410775.1 100%
10 S.aureus enterotoxin B gene, complete cds M11118.1 100%
Từ bảng 3.10 và hình 3.12 chúng tôi nhận thấy:
Chủng vi khuẩn M99 trong nghiên cứu này so với một số chủng đã công bố trên ngân hàng gen thế giới có độ tương đồng tuyệt đối 100% và đây cũng là chủng có độ tương đồng cao nhất trong 4 chủng vi khuẩn chúng tôi nghiên cứu là: M5; M38; M62; M99.
Từ các kết quả trên, chúng tôi có cơ sở vững chắc hơn để khẳng định nghiên cứu của chúng tôi là hoàn toàn chính xác và thống nhất với các công bố của các tác giả trong và ngoài nước.
Tóm lại, qua nghiên cứu 4 chủng vi khuẩn mang gen seb chúng tôi nhận thấy rằng mỗi chủng có mức độ tương đồng với một số chủng vi khuẩn đã được nghiên cứu và công bố trên ngân hàng gen thế giới (NCBI) với tỉ lệ khác nhau. Trong đó, tỉ lệ tương đồng của chủng M5 là 96%, tiếp đến là chủng M62 là 98% và chủng M38 có tỉ lệ tương đồng với một số chủng trên ngân hàng gen (NCBI) là 99%, đặc biệt, chủng vi khuẩn M99 có mức độ tương đồng cao nhất tỉ lệ là 100%. Các kết qủa này của chúng tôi là thống nhất với nghiên cứu của các tác giả khác trên thế giới. Đồng thời các kết quả đó cũng chỉ ra rằng việc ứng dụng sinh học phân tử nghiên cứu cấu trúc gen SEB của vi khuẩn gây ngộ độc, bước đầu đã thành công và hoàn toàn có thể ứng dụng giải trình tự gen này để phát hiện vi khuẩn S. aureus có độc tố nhóm B ở Việt Nam. Chẩn đoán vi khuẩn gây ngộ độc bằng phương pháp giải trình tự gen sẽ rút ngắn thời gian xuống còn khoảng 4 - 7 ngày thay vì thời gian kéo dài từ 1 - 2 tháng như phương pháp kinh điển trước đây. Vấn đề này có ý nghĩa rất lớn
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn46
trong công tác điều trị và kiểm soát ngộ độc ở một nước có mức độ bệnh nhân bị ngộ độc do S. aureus ngày càng cao như nước ta.