Để giảm thiểu chi phí sản xuất, gồm vận chuyển, giảm thiểu và xử lý thiệt hịa sau thu hoạch đối với sản phẩm tươi. Tập đoàn Nafoods đã phát triển các nhà máy chế biến của mình gần với nguồn cung nguyên liệu. Hai nhà máy chế biến ở Nghệ An và Long An thuận tiện từ mọi hướng của Việt Nam, Campuchia và Lào. Do đó nguyên liệu trái cây thô được chế biến trong thời gian ngắn sau khi được thu hoạch. Hiện tại Nafoods đã có được cho mình một hệ thống nhà máy sản xuất hiện đại tại nhiều địa phương trên cả nước như Nhà máy Naprod Nghệ An, Nhà máy cây giống Quế Phong, Nhà máy Nasoco Long An,...
Về Nghiên cứu và phát triển, với mục đích hướng tới sự khác biệt nâng cao chất lượng sản phẩm hiện tại đồng thời tạo ra những sản phẩm mới có giá trị gia tăng, đáp ứng yêu cầu và tiêu chuẩn của khách hàng, hoạt động nghiên cứu và phát triển luôn được Công ty quan tâm và chú trọng. Và đã có những kết quả đạt được như:
+ Chọn tạo được 3 giống chanh leo mới phù hợp cho chế biến và nhu cầu ăn tươi, năng suất cao hơn và khả năng chống chịu bệnh tốt hơn. Đến năm 2019, Nafoods được Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn chứng nhận và cấp quyền bảo hộ đối với 3 giống chanh leo này gồm giống Nafoods 1, Quế Phong 1 và Bách hương 1.
+ Triển khai thực hiện nghiên cứu và hoàn thiện công nghệ bảo quản quả chanh leo bằng phương pháp điều biến khí (MAP), hiện tại đang chờ Bộ NN&PTNT thẩm định.
+ Nghiên cứu mô hình canh tác chanh leo theo hướng hữu cơ, hiện tại đang trong giai đoạn thử nghiệm các loại phân bón, chế phẩm bảo vệ thực vật phù hợp cho canh tác chanh leo, hiện tại đã tìm được đối tác cung cấp và đang triển khai thử nghiệm các loại phân bón, chế phẩm.