Ta xem xét chuỗi truyền điện tử ở Eukaryote theo kiểu so sánh với chuỗi truyền điện tử ở Prokaryote. Chuỗi truyền điện tử ở ty thể gồm các phức hệ I, II, III
và IV. Phản ứng tổng thể có thể tóm tắt là các enzyme dehydrogenase ( phức hệ I và II) và enzyme oxidase ( phức hệ IV) liên kết bằng quinone (phức hệ III).
Figure . Chuỗi truyền điện tử nằm ở màng trong ty thể
NADH dehydrogenase oxi hóa NADH, bị khử trong các con đường dị hóa khác nhau , thành NAD+. Enzyme này chứa FMN như là một nhóm giả và tạo với các protein [Fe-S] một phức gọi là phức hệ I hay NADH-ubiquinone reductase. FMN bị khử với sự oxi hóa NADH và các protein [Fe-S] gián tiếp chuyển điện tử và proton từ FMNH2tới coenzyme Q. Phản ứng này sinh ra đủ năng lượng để tổng hợp ATP, và điện tử chuyển từ NADH tới ubiquinone (coezyme Q) được coi là ở vùng 1 của ETP. Trong ti thể và hầu hết vi khuẩn, các proton được thay đổi vị trí bởi phức này, nhưng ion natri được xuất đi bởi phức hệ I của một số vi khuẩn, như là Vibrio algiolyticus.
Một bước của chu trình TCA, succinate dehydrogenase oxi hóa succinate thành fumarate, khử nhóm giả FAD của nó, trước khi điện tử được chuyển tới coenzyme . Enzyme này cấu tạo nên phức hệ II (còn gọi là phức hệ succinate- ubiquinone reductase) của ETP với [Fe-S] dehydrogenase chứa FAD làm nhóm giả khử coenzyme Q theo cách tương tự.. Nó bao gồm cả glycerol-3-phosphate dehydrogenase và acyl-coA dehydrogenase.
Điện tử từ coenzyme được chuyển tới một chuỗi protein màu nâu đỏ gọi là sắc tố tế bào. Sắc tố tế bào ở trong chuỗi truyền điện tử ty thể là b ,b ,c,c và aa
như trong sơ đồ 15.Hai phức hệ protein riêng biệt làm trung gian chuyển điện tử từ coenzyme Q tới phân cử oxy trong sắc tố tế bào. Đó là các ubiquinol-cytochrome c
reductase (phức hệ III) và cytochrome oxidase (phức hệ IV).
Phức hệ III chuyển điện tử từ coenzyme Q vào sắc tố c. Phức hệ này cấu thành từ [Fe-S] protein, và các sắc tố b562,b566,c1 . Ở bước này, năng lượng là các proton xuất đi lưu trữ (vùng 2). Phức hệ enzyme cytochrome oxidase làm trung gian chuyển điện tử từ các sắc tố c bị bị khử đến phân tử oxi. Năng lượng cũng được dự trữ lại ở bước này (vùng 3). Phức hệ oxidase cuối cùng chứa sắc tố a và sắc tố a3.