Lai ghép dựa trên vị trí thực chất là một loại lai ghép đồng nhất cho mã hoá theo định nghĩa đột biến kết hợp với một thủ tục sửa chữa. Toán tử lai ghép đồng nhất được đề nghị cho mã hoá chuỗi bit bởi (Syswerda)[10]. Trước tiên nó sinh ngẫu nhiên một mặt nạ sau đó trao đổi các gen liên quan giữa các cá thể cha, mẹ dựa vào mặt nạ. Một mặt nạ lai ghép là một chuỗi nhị phân đơn giản có kích thước nhiễm sắc thể như nhau, sự tương đương của mỗi bit trong mặt nạ với mỗi bit của cá thể con, xác định cá thể cha, mẹ nào sẽ cung cấp bit đó. Ý tưởng của phương pháp lai ghép dựa trên vị trí và kết hợp sử dụng mặt nạ (nhị phân) làm tiêu chuẩn lựa chọn gen của bố mẹ. Với mỗi giá trị của mặt nạ, nếu mặt nạ có giá trị là 1 thì cá thể con sẽ nhận gen của cha, ngược lại là gen của mẹ. Các bước thực hiện thuật toán như sau: giả sử nhiễm sắc thể cha, mẹ tương ứng X, Y và mặt nạ M sẽ tạo ra cá thể con X’.
Ví dụ:Cá thể cha: 9 3 1 2 4 7 5 6 8 Cá thể mẹ: 1 7 3 6 4 8 9 2 5 Giả sử ta có mặt nạ M như sau: 101011100
Thực hiện lai ghép tạo ra cá thể con bằng cách, với mỗi giá trị tương ứng của mặt nạ M, nếu m[i]=1, thì cá thể con nhận gen của cha, ngược lại m[i]=0 thì cá thể con nhận gen của mẹ. Trong quá trình thực hiện kết hợp với thuật toán sửa chữa để tránh các xung đột. Trong ví dụ ta thực hiện từng bước như sau:
Giá trị m[1]=1 tức gen đầu tiên của cá thể con X’ nhận gen của cá thể cha, nếu trong cá thể con chưa nhận gen đó: 9 x x x x x x x x.
Giá trị m[2]=0 gen thứ 2 của cá thể con X’ nhận gen của cá thể mẹ, nếu trong cá thể con chưa tồn tại gen đó: 9 7 x x x x x x x
Tương tự với các giá trị m[i], ta nhận cá thể con X’: 9 7 3 6 1 2 4 8 5