Quốc hội chưa ban hành Luật công vụ trong đó xác định cụ thể phạm vi trách nhiệm của từng vị trí công tác, chưa có quy định về khái niệm người đứng đầu. Chẳng hạn khi có hành vi vi phạm pháp luật xảy ra ở một Sở, ngành thì người đứng đầu được xác định là trưởng phòng, giám đốc Sở hay là Chủ tịch UBND tỉnh. Tương tự như vậy người đứng đầu ở trung ương cũng chưa được làm rõ khi xác định trách nhiệm và truy cứu trách nhiệm. Thủ trưởng cơ quan QLNN càng tăng cường công tác kiểm tra, thanh tra để phát hiện được càng nhiều hành vi tiêu cực, tham nhũng trong nội bộ cơ quan, tổ chức mình thì người đó lại càng phải chịu trách nhiệm về việc để xảy ra sai phạm. Do đó, khó tránh khỏi che dấu, bao che sai phạm.
Công tác công khai dân chủ trên một số mặt liên quan đến hoạt động của các doanh nghiệp còn hạn chế như hoạt động khai thác khoáng sản, đầu tư dự án, quản lý vốn, tài sản nhà nước, tổ chức cán bộ, tín dụng, ngân hàng,... vẫn còn tình trạng lạm dụng các quy định về bí mật nhà nước để không thực hiện việc công khai minh bạch. Đặc biệt chủ trương về công khai minh bạch về tài sản và thu nhập do mới thực hiện nên vẫn chậm, gặp khó khăn vướng mắc và phần nào còn hình thức. Chưa có xác minh để bảo đảm tính trung thực của việc kê khai. Kết quả kê khai chưa thực hiện tốt công tác công khai, chưa kiểm soát được tài sản, thu nhập, tiêu dùng của người có chức vụ quyền hạn.
Thể chế chính sách về QLNN đối với doanh nghiệp nói riêng, KT-XH nói chung trên nhiều lĩnh vực vẫn còn sơ hở, bất cập, chưa minh bạch, chưa xoá bỏ
được “cơ chế xin cho” là điều kiện dung dưỡng cho những sai phạm trong lĩnh vực QLNN đối với doanh nghiệp. Việc xử lý những vi phạm của doanh nghiệp còn chưa nghiêm, chưa kịp thời, các hành vi vi phạm pháp luật của doanh nghiệp ngày càng tinh vi, phức tạp, vì vậy phát hiện sai phạm và xử lý sai phạm của doanh nghiệp gặp nhiều khó khăn. Luật doanh nghiệp đã được ban hành cơ chế chính sách đối với các doanh nghiệp đã tương đối đầy đủ và đồng bộ nhưng vẫn còn thiếu và bất hợp lý. Cơ chế xét duyệt phương án đầu tư còn phức tạp không rõ trách nhiệm không gắn với hoạt động của doanh nghiệp và khai thác sử dụng tài sản. Đây là nguyên nhân quan trọng nhất làm cho hiệu quả kinh doanh của các doanh nghiệp có vốn nhà nước đạt hiệu quả thấp. Chế độ trách nhiệm quản lý điều hành của HĐQT, Chủ tịch hội đồng thành viên chưa rõ, chưa tương xứng với quyền đã giao cho họ, quyền lợi của người lao động cổ đông nhỏ tuy đã được quy định trong điều lệ tổ chức hoạt động của doanh nghiệp nhưng chỉ là hình thức không có ý nghĩa thực tiễn trong hoạt động của doanh nghiệp thậm chí họ không quan tâm ngay cả khi doanh nghiệp tiến hành đại hội cổ đông, nơi mà họ thể hiện được quyền cao nhất của mình. Cơ chế kiểm tra, giám sát của các cơ quan chức năng nhà nước không rõ ràng dẫn đến tình trạng buông lỏng, trùng chéo gây phiền hà, ảnh hưởng đến hoạt động thường xuyên của doanh nghiệp. Việc điều hành kinh tế vĩ mô, tạo môi trường kinh doanh thuận lợi cho doanh nghiệp còn nhiều hạn chế.
Tiến hành tổ chức lại, chuyển đổi sắp xếp DNNN trong một thời gian ngắn trong điều kiện nền kinh tế trong giai đoạn đổi mới chuyển từ nền kinh tế kế hoạch hoá tập trung bao cấp sang nền kinh tế thị trường có sự quản lý của nhà nước theo định hướng xã hội chủ nghĩa. Kinh nghiệm thực tế còn hạn chế, môi trường pháp lý chưa hoàn chỉnh đồng bộ. Ngân sách nhà nước còn hạn hẹp phải trang trải cho nhiều nhu cầu bức xúc của nền kinh tế quốc dân. Do vậy, hạn chế đến khả năng hỗ trợ cho sự phát triển của doanh nghiệp sau khi đã được sắp xếp, chuyển đổi theo phương án đã được phê duyệt,... đội ngũ cán bộ QLNN, quản lý doanh nghiệp phần lớn được đào tạo trong thời kỳ bao cấp phải đảm đương những công việc mới trong khi việc tự nâng cao kiến thức đào tạo lại còn hạn chế.
Quyền tự chủ của các doanh nghiệp trong việc khai thác các nguồn vốn tuy đã được đề cập trong nhiều văn bản của nhà nước, song trên thực tế chưa được phát huy đáng kể vốn sản xuất kinh doanh cho các doanh nghiệp sau khi CPH và sắp xếp lại vẫn là phần vốn nhà nước có tại doanh nghiệp một phần của cổ đông, chưa có những biện pháp hữu hiệu, chưa có môi trường và điều kiện thực tế để khai thác các nguồn vốn khác ngoài nguồn vốn tín dụng của các ngân hàng thương mại trên địa bàn. Bắc Giang là tỉnh miền núi điều kiện kinh tế khó khăn các doanh nghiệp địa phương trên địa bàn sau chuyển đổi chưa có doanh nghiệp tham gia niêm yết trên thị trường chứng khoán (Hà Nội, TPHCM) vì vậy việc huy động vốn các doanh nghiệp còn khó khăn chưa mở rộng được các hình thức huy động vốn mặc dù pháp luật đã cho phép.
Trách nhiệm của tập thể, cá nhân huy động sử dụng vốn, hoàn trả vốn vay chưa được quy định cụ thể, không quy được trách nhiệm trực tiếp với việc vay vốn
không có hiệu quả, sử dụng vốn sai mục đích, không có khả năng thanh toán nợ. Do đó, không buộc người có trách nhiệm phải tính toán kỹ và sử dụng hiệu quả vốn lưu động. Việc giao vốn, giao quyền chủ động trong sản xuất kinh doanh nhằm phát huy tính chủ động sáng tạo của đơn vị cơ sở, khắc phục tình trạng trông chờ, ỷ lại nhưng cũng có những nhận thức lệch lạc, có xu hướng tách rời sự kiểm soát của chủ sở hữu nhà nước, cơ quan QLNN.
Trong thời gian qua trong quản lý doanh nghiệp có nhiều khuyết điểm. Do nước ta chuyển từ cực nọ sang cực kia, trước đây thì nắm hết, kiểm tra tất cả nhưng sau đó cho rằng phải phát huy dân chủ, phân cấp, phân quyền. Phân cấp, phân quyền thì đúng nhưng không phải là buông không quản lý. Từ chỗ ở Trung ương có bộ chủ quản, ở địa phương có sở chủ quản thì nay không còn, giao quyền lớn cho Chủ tịch HĐQT và giám đốc doanh nghiệp, cán bộ lãnh đạo doanh nghiệp thì người quản lý không rõ ràng, nhập Luật DNNN chung vào Luật doanh nghiệp.
Đảng lãnh đạo thì sử dụng bộ máy nhà nước để tham mưu nghe thì rất hợp lý, chỉ sử dụng bộ máy bên cơ quan nhà nước. Nhưng thực tế không hoàn toàn như vậy. Các cơ quan nhà nước rất nhiều công việc, không có ai thẩm định, giám sát thì khó chuẩn xác. Ngoài ra, còn có tâm lý “ăn cây nào rào cây ấy”
Tóm lại:
Hiện nay, chưa có chế tài xử lý đối với những trường hợp không hoàn thành kế hoạch đề ra; các quyền, nghĩa vụ của chủ sở hữu nhà nước được phân công, phân cấp chưa đủ rõ; chức năng quản lý hành chính nhà nước, chức năng quản lý của chủ sở hữu nhà nước đối với các DNNN còn lẫn lộn; việc phân công, phân cấp kiểm tra giám sát đánh giá hiệu quả hoạt động và quản lý, sử dụng vốn, tài sản tại các DNNN còn phân tán, chồng chéo, chưa có đầu mối chịu trách nhiệm chính dẫn đến lúng túng trong thực hiện, trách nhiệm chưa rõ ràng. Công tác quản lý, kiểm tra, giám sát, đánh giá hiệu quả quản lý, điều hành của cán bộ quản lý doanh nghiệp còn yếu kém; chế tài xử lý đối với cán bộ quản lý DNNN có sai phạm chưa cụ thể và chưa đủ nghiêm,...
(trích Đề tài nghiên cứu Khoa học cấp tỉnh, cơ quan Chủ quản Sở Tài chính Bắc Giang “Giải pháp nâng cao hiệu quả QLNN đối với DNNN do địa phương quản lý sau khi sắp xếp, chuyển đổi mới theo Nghị quyết Trung ương 3, Khoá IX”.