Như đã đề cập ở trên, trong quản lý TCNN có thể sử dụng nhiều phương pháp quản lý khác nhau (tổ chức, hành chính, kinh tế) và nhiều công cụ quản lý khác nhau (pháp luật, các đòn bảy kinh tế, thanh tra - kiểm tra, đánh giá…). Mỗi phương pháp, công cụ có đặc điểm riêng, có cách thức tác động riêng và có các ưu, nhược điểm riêng.
Nếu như phương pháp tổ chức, hành chính có ưu điểm là đảm bảo được tính tập trung, thống nhất dựa trên nguyên tắc chỉ huy, quyền lực thì lại có nhược điểm là hạn chế tính kích thích, tính chủ động của các cơ quan tổ chức hoạt động TCNN. Ngược lại, các phương pháp kinh tế, các đòn bảy kinh tế có ưu điểm là phát huy được tính chủ động, sáng tạo nhưng lại có nhược điểm là hạn chế tính tập trung, thống nhất trong việc tổ chức các hoạt động TCNN theo cùng một hướng đích.
Do đó, trong quản lý TCNN, tuỳ theo đặc điểm của đối tượng quản lý cụ thể mà có thể lựa chọn phương pháp này hay phương pháp khác làm phương pháp nổi bật trên nguyên tắc chung là phải sử dụng đồng bộ và kết hợp chặt chẽ các phương pháp và công cụ quản lý.
Tuy nhiên, do đặc điểm của hoạt động TCNN là luôn gắn liền với quyền lực của nhà nước, nên trong quản lý TCNN phải đặc biệt chú trọng tới các phương pháp, công cụ mang tính quyền uy, mệnh lệnh để đảm bảo tính tập trung, thống nhất. Đó là các phương pháp tổ chức, hành chính, các công cụ pháp luật, thanh tra, kiểm tra. Đây cũng là một đặc điểm quan trọng của quản lý TCNN.