Về phía các DN, cần có sự hợp tác cung cấp cho các cơ quan quản lý những thông tin, bằng chứng mà các DN cùng ngành nghề, lĩnh vực nhưng cũng là “đối thủ cạnh tranh” đã và đang làm. Đây chính là biện pháp cần thiết và hữu ích để bảo vệ chính mình và cộng đồng DN “nội”. Hơn nữa, DN cũng phải đặt vấn đề đạo đức kinh doanh lên hàng đầu.
a) Từ thực trạng hiện nay, thông tin cung cấp từ giấy chứng nhận đầu tư thường bị hạn chế do chỉ cung cấp được thông tin về các bên liên kết không thể hiện được các giao dịch trong kỳ phát sinh đối với các bên liên kết; Thông tin từ báo cáo tự kê khai thông tin giao dịch liên kết của DN bị hạn chế do phụ thuộc vào tính trung thực khi kê khai của DN ( Đối với báo cáo kiểm toán, các thông tin cung cấp mang tính độc lập, trung thực cao và theo chuẩn mực kiểm toán và kế toán yêu cầu phải trình bày và thể hiện đầy đủ thông tin quan hệ giao dịch liên kết trong phần thuyết minh báo cáo tài chính ). Tuy nhiên, thực tế hiện nay chế độ báo cáo kiểm toán của các DN không mang lại đầy đủ thông tin như yêu cầu, còn nhiều DN né tránh không phản ảnh thông tin giao dịch liên kết. Hiệu quả của việc kiểm toán độc lập còn hạn chế. Các DN có hành vi chuyển giá thường là các DN đa quốc gia, vốn kinh doanh lớn, có đội ngũ chuyên gia tư vấn giỏi có rất nhiều kinh nghiệm trong việc xây dựng kế hoạch tránh thuế thông qua xác định giá chuyển giao, nên để phát hiện là rất khó khăn.
Để tránh những rủi ro đó, trước khi ký hợp đồng, doanh nghiệp nên thẩm định năng lực tài chính, uy tín và cách giải quyết các tranh chấp trước đó của đối tác. Doanh nghiệp cần chuẩn bị trước nội dung đàm phán nhằm chủ động trong quá trình đàm phán. Việc chủ động này cũng giúp doanh nghiệp lường trước những tình huống rủi ro có thể phát sinh khi đàm phán hợp đồng. Doanh nghiệp cũng cần am hiểu luật pháp, quy định chặt chẽ các điều khoản trong hợp đồng. Để làm được điều đó, các doanh nghiệp lớn cần có bộ phận chuyên trách về luật để xử lý các tình huống phát sinh.
b) Áp dụng các biện pháp so sánh giá thị trường được xem là nghĩa vụ bắt buộc của đối tượng nộp thuế TNDN khi thực hiện các giao dịch liên kết. Đối tượng nộp thuế TNDN còn có nghĩa vụ kê khai các giao dịch liên kết đãthực hiện và phương pháp so sánh giá đã áp dụng khi khai báo thuế. Cơ chế nàyđược thực hiện sẽ làm giảm khả năng không kiểm soát được các giao dịch liên kết gây khó khăn cho chủ thể quản lý.
Để xác định giá thị trường phải tuân thủ nguyên tắc dựa trên cơ sở so sánh tính tương đương giữa giao dịch liên kết với giao dịch độc lập, từ đó lựa chọn ra phương pháp xác định giá phù hợp. Theo đó, dù là sử dụng phương pháp nào thì việc so sánh cũng phải đưa giao dịch độc lập làm cơ sở quy chiếu về điều kiện tương đương với giao dịch liên kết. Do đó các giao dịch tương đối dùng để so sánh có thể không hoàn toàn giống giao dịch liên kết nhưng phải đảm bảo là không có các khác biệt trọng yếu. Trường hợp có khác biệt trọng yếu, việc so sánh phải dùng biện pháp phân tích và đánh giá các tiêu thức ảnh hưởng dẫn đến khác biệt nhằm loại trừ sự khác biệt mang lại sự tương đồng. Có 4 tiêu thức được xem là những yếu tố có thể gây ra sự khác biệt, đó là đặc tính của sản phẩm, chức năng hoạt động của cơ sở kinh doanh, điều kiện của hợp đồng giao dịch và điều kiện kinh tế khi diễn ra giao dịch. Quá trình phân tính, đánh giá sẽ chỉ ra phương thức xác định giá thị trường nào là phù hợp nhất trong 5 phương pháp nêu ở trên : Phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập, Phương pháp giá bán lại, Phương pháp giá vốn cộng lãi, Phương pháp so sánh lợi nhuận, Phương pháp tách lợi nhuận.