Nên tiến hành các cài đặt trên buồng gia tốc chính trong khi nguồn ion đang được khởi động. Các bước vận hành buồng gia tốc chính như sau:
1) Chuẩn bị gia tốc chùm tia. a) Điều chỉnh shorting rod
b) Kiểu tra áp suất khí SF6 và các chỉ số chân không c) Bật hệ thống nước làm lạnh
d) Đặt cao thế chuẩn của buồng chiếu về mức cài đặt mong muốn e) Bật nguồn điện cung cấp cho bộ nạp, đặt ở thế ~1kV
f) Đặt chế độ Voltage/Charging Controller là manual 2) Bật Blower và Rotating shaft
3) Bật cả hai xích tải điện
4) Tăng chậm điện thế nạp cho đến khi đạt được mức điện thế mong muốn 5) Đặt mốc điện thế đỉnh về giá trị mong muốn
6) Chuyển chế độ của Voltage/Charging Controller về Auto
7) Vừa điều chỉnh van định lượng của stripper gas vừa quan sát áp kế ion ở vùng chùm tia năng lượng cao cho đến khi đạt đến áp suất mong muốn. Áp suất này là hàm của thế đỉnh và họ ion. Chân không có thể nằm trong khoảng từ 1x10-7 đến 2x10-6 Torr. Thế đỉnh càng cao thì cần càng nhiều stripper gas. Các giá trị tối ưu là các giá trị mà tại đó chùm tia đi qua là nhiều nhất. (Nên lưu các giá trị này đối với những họ ion khác nhau lại)
8) Sẵn sàng gia tốc chùm tia, yêu cầu nguồn ion ổn định và các điều chỉnh thích hợp những thông số của các thiết bị quang. Cài đặt sẵn thấu kính einzel trước khi gia tốc chùm tia. Các cài đặt sẽ khác nhau với các thế đỉnh khác nhau.
9) Chắc chắn rằng nguồn đã ổn định và cường độ chùm tia là tối đa ở lồng Faraday thứ nhất.
10) Đưa lồng Faraday thứ nhất (LE) ra
11) Tinh chỉnh các thiết bị quang khác nhau để dòng chùm tia trên lồng Faraday thứ 2 (HE) là lớn nhất
12) Khi dòng chùm tia trên lồng Faraday thứ 2 là lớn nhất, cấp điện cho nam châm chuyển (switching magnet). Điều chỉnh từ trường của nam châm này phù hợp với trạng thái điện tích của chùm tia đang đập vào lồng Faraday.
13) Điều chỉnh stripper gas để tăng tối đa cường độ chùm tia được tích điện.
14) Điều chỉnh nam châm tứ cực để hội tụ chùm tia đến bia. Một lần nữa hãy thử tinh chỉnh các bộ quang học và lái chùm tia trong toàn hệ thống để đạt cường độ chùm tia tối đa.
15) Buồng gia tốc chính sau đó nên chạy trong vài tiếng, đồng thời với các điều chỉnh nhỏ khác.
16) Để tắt hệ thống gia tốc, đưa lồng Faraday thứ nhất (LE) vào, chuyển chế độ Voltage/Charging Controller về Manual.
17) Đóng van định lượng stripper gas.
18) Tắt Rotating shaft, Blower, các xích tải điện và nguồn nạp điện. 19) Tắt tất cả các thiết bị điện không cần thiết khác
20) Tắt hệ thông nước làm mát.