Phần lớn vi khuẩn hình que gram âm được nhận thấy trên rau tươi như: Enterobacter
spp., Klebsiella spp., Serratia spp., Flavobacterium spp., …Vi khuẩn hình que gram âm chiếm ưu thế hơn trong sự phân lập từ nhiều loại rau như bông cải, bắp cải, rau diếp, carrot.
Môi trường nuôi cấy được dùng khác nhau đối với những nhóm vi khuẩn chính hiện diện trên rau. Môi trường nuôi cấy cho vi khuẩn trong ruột có thể ngăn chặn sự phát triển của các giống vi sinh vật khác. Vi sinh vật phân hủy pectin đôi khi được xác định để ước lượng mật số vi sinh vật gây hư hỏng bởi vì enzym phá vỡ chuỗi pectic trong thành tế bào
thực vật là nguyên nhân chính gây ra sự mềm nhũn và thối rửa rau quả (Nguyen-the C và Carlin F, 1994). Vi khuẩn phân hủy pectin được tìm ra như là Cytophaga spp.,
Flavobacterium spp., Xanthomanas spp. và Erwinia spp. Trong số các vi khuẩn lactic thì
Leuconostoc mesenteroides là những loài phong phú được phát hiện trên rau.
Nấm men hiện diện trên rau tươi được phát hiện ra như là Cryptococcus, Candida,
Rhodotorla và Sporobolomyces.
Các loại nấm mốc thường gặp trên rau tươi như: Cladosporium, Aureobasidium,
Aspergillus, Penicillium, Phoma, Botrytis, Fusarium, Epicoccum và Geotrichum. Vi sinh vật gây bệnh
Thông tin về vi khuẩn chỉ thị cho sự nhiễm phân trên rau tươi thì rất nhiều nhưng hầu hết các tài liệu đều quan tâm đến Coliform phân được nuôi cấy ở 44oC. Số lượng vi sinh vật chỉ thị trên phân thì ít bởi vì có nhiều loài vi khuẩn hiện diện trên bề mặt rau và có thể xác định mật số Coliform phân trên môi trường nuôi cấy ở 44oC. Ví dụ, khi phân lập
Coliform phân trên carrot chỉ có 2% Escherichia coli trong khi số lượng lớn của sự phân lập là Enterobacter aerogenes, E.amnigenus, E. sakazakii và Klebsiella pneumoniae, còn trên nhiều loại rau và đậu thì Coliform chiếm ưu thế hơn Klebsiella spp. Escherichia coli
được xem như là vi sinh vật chỉ thị tốt hơn của sự ô nhiễm phân
Hầu hết rau ở các cửa hàng bán lẻ được lấy mẫu và sự nhiễm vi sinh vật gây bệnh có thể xuất hiện sau thu hoạch. Aeromonas hydrophila, bào tử Bacillus cereus và Clostridium perfringens được tìm thấy với một phần ba hoặc nhiều hơn trên các mẫu rau tươi
Các loại rau cũng có thể ẩn náo những vi sinh vật có thể gây bệnh cho người như
Pseudomonas aeruginosa