Trong thuật toán SOM cơ sở mối quan hệ giữa các topo và số nơron đƣợc bố trí ngay từ đầu. Số lƣợng các nơron thƣờng đƣợc lựa chọn là lớn nhất với kích thƣớc lân cận điều chỉnh độ mịn và tính khái quát của bản đồ. Bản đồ không bị ảnh hƣởng nhiều khi số lƣợng nơron vƣợt quá số lƣợng vector đầu vào nếu kích thƣớc lân cận đƣợc lựa chọn thích hợp. Khi kích thƣớc của bản đồ tăng số lƣợng nơron các giai đoạn huấn luyện trở nên nặng nề và khó khăn. Trƣớc khi huấn luyện phải khởi tạo giá trị ban đầu cho vector trọng số. Có ba phƣơng pháp khởi tạo đƣợc sử dụng [10]: khởi tạo ngẫu nhiên, khởi tạo sử dụng hàm mẫu ban đầu, khởi tạo tuyến tính.
- Khởi tạo ngẫu nhiên: các giá trị ngẫu nhiên đƣợc gán cho vector bảng mã đây là trƣờng hợp đƣợc sử dụng khi dữ liệu đầu vào tại thời gian khởi tạo không có gì hoặc ít đƣợc biết đến.
- Khởi tạo sử dụng mẫu ban đầu: sử dụng các mẫu ban đầu đƣợc thực hiện bởi các mẫu ban đầu của bộ dữ liệu đầu vào và có thể đƣợc sử dụng cho khởi tạo vector bảng mã. Điều này có lợi thế mà các điểm tự động đặt trong cùng một phần tử không gian đầu vào với dữ liệu.
- Khởi tạo tuyến tính: phƣơng pháp khởi tạo sử dụng phân tích các thành phần chính của dữ liệu đầu vào. Vector bảng mã đƣợc khởi tạo nằm trong cùng một không gian đầu vào đƣợc kéo dài bởi 2 vector đặc trƣng tƣơng ứng với những giá trị riêng lớn nhất của dữ liệu đầu vào. Điều này có tác dụng kéo SOM cùng hƣớng dữ liệu có năng lƣợng quan trọng nhất. Phƣơng pháp khởi tạo tuyến tính đƣợc sử dụng thành công. Tuyến tính là phƣơng pháp tốt cho khởi tạo bản đồ đa chiều.