Tám năm qua, bên cạnh những kết quả đã đạt được. Quản lý thuế GTGT
đối với khu vực kinh tế tư nhân nói chung và các doanh nghiệp ngoài quốc
doanh nói riêng vẫn còn những điều bất cập, bức xúc cần phải được giải quyết
trong thời gian tới đó là:
- Về tốc độ thu, so sánh giữa năm sau với năm trước thì tăng nhưng so
với mức tăng trưởng GDP thì kết quả còn thấp, chưa đạt được mục tiêu đề ra là 19%đến 20% GDP.
- Luật thuế GTGT còn nhiều bất cập trong việc quy định đối tượng chịu
thuế, không chịu thuế và sự phân biệt chưa rõ ràng giữa mức thuế suất áp
dụng cho từng đối tượng chịu thuế, cùng một loại hàng hoá nhưng lại chịu 2
mức thuế suất khác nhau, việc tính thuế theo 2 cách là khấu trừ và trực tiếp
dẫn đến tình trạng cùng một mặt hàng kinh doanh nhưng số thuế nộp không
bằng nhau, gây ra sự bất bình đẳng giữa các đối tượng nộp thuế.
- Chưa xoá bỏ được triệt để chế độ chuyên quản về thuế. Mặc dù quy trình quản lý thuế mới quy định cá nhân cán bộ thuế không được quan hệ trực
tiếp với ĐTNT, nhưng các quy định khác ( như chế độ báo cáo thông tin về
doanh nghiệp ) vẫn chưa xoá bỏ việc cán bộ thuế phải trực tiếp tới doanh
nghiệp để lấy thông tin về tình hình sản xuất kinh doanh
- Thủ tục kê khai và nộp thuế còn phức tạp, việc này vừa gây khó khăn cho ĐTNT trong việc kê khai, nộp thuế, vừa làm cho hệ thống quản lý thuế
- Việc tuyên truyền chính sách thuế và các dịch vụ cho ĐTNT còn hạn
chế làm cho ĐTNT phải dành chi phí cho việc tuân thủ các quy định về thuế.
Trường hợp doanh nghiệp hoạt động liên tỉnh phải kê khai đăng ký và nộp
thuế riêng biệt tại từng tỉnh, nhưng quy trình thu thuế chưa quy định rõ ràng
về việc phối hợp giữa các cơ quan thuế các tỉnh đã gây khó khăn cho ĐTNT,
tạo sơ hở cho việc trốn thuế, đôi khi còn gây sự cạnh tranh giữa các cơ quan
thuế để thu thuế các đối tượng này.
- Rất nhiều công sức đã được tập trung cho công tác thanh tra, kiểm tra
thuế, tuy nhiên vẫn chưa có quy trình phân loại kiểm tra một cách có hệ
thống, khoa học để nhằm phát hiện đối tượng có khả nămg trốn thuế, lậu thuế
để tiến hành thanh tra.