Ngay từ nhỏ, Trần Nhân Tông đã tỏ ra là người xuất chúng. Tam tổ thực lục còn ghi,
Trần Nhân Tông “thánh tính thông minh, tài giỏi hiếu học, đọc hết các sách vở, thông suốt nội điển (kinh Phật) và ngoại điển (sách vở khác)” (thánh tính thông minh, đa năng hiếu học, thiệp lịch quần thư, thông nội ngoại điển); “thông thảo cả các vấn đề về thiên văn, lịch số, binh pháp, y dược, âm luật” (chí ư thiên văn, lịch số, binh pháp, y dược, âm luật, mạc bất giai tạo kỳ khổn áo). Việc tiếp xúc với các hệ tư tưởng khác, đặc biệt là Nho giáo và học thuyết Lão Trang, là một tiền đề quan trọng để sau đó, ông tập đại thành các tư tưởng Thiền học phức tạp thời bấy giờ.
Đã có rất nhiều học giả nghiên cứu và phân tích sâu về những cá nhân (chủ yếu là thiền sư, đặc biệt là Trần Thái Tông và Tuệ Trung Thượng Sỹ) ảnh hưởng trực tiếp đến tư tưởng của Trần Nhân Tông. Tựu trung lại, đa phần các học giả khẳng định, ông chịu ảnh hưởng của các phái thiền vốn có tại Việt Nam trước đó, song từ trường phái nào thì có hai quan điểm khác nhau.
Quan điểm đầu tiên cho rằng, Trần Nhân Tông có một ít ảnh hưởng từ phái Lâm Tế (Thiên Phong thiền sư phái Lâm Tế đã từng được Trần Thái Tông mời sang Việt Nam thuyết giảng Phật học), nhưng chủ yếu là ông chịu ảnh hưởng từ thiền phái Vô Ngôn Thông(1).
Quan điểm thứ hai cho rằng, Trần Nhân Tông, cụ thể là Thiền phái Trúc Lâm, bắt nguồn trực tiếp và chủ yếu từ Thiền phái Thảo Đường. Đồng thời, theo quan điểm này, thiền phái Thảo Đường là do Lý Thánh Tông thành lập chứ không phải được xuất phát từ chính Thảo Đường. Chúng ta hãy xem xét đoạn sau: “Vậy là sau chủ trương và đường lối đoàn kết dân tộc cho sự nghiệp giữ nước, thì tư tưởng Thiền phái Trúc Lâm cho sự nghiệp Nam tiến của dân tộc là một đóng góp khác của vua Trần Nhân Tông cho lịch sử tư tưởng Việt Nam. Như ta đã thấy tư tưởng thiền phái này bắt nguồn từ thiền phái Thảo Đường do vua Lý Thánh Tông thành lập. Nó do thế có thể nói là một nối dài hay đúng hơn là một phát triển cao hơn của thiền phái Thảo
Đường, nếu không nói là một hoá thân của thiền phái này”(2). Tuy nhiên, ngay sau
đó, tác giả cũng trình bày: “Điều đáng tiếc là toàn bộ tư liệu về thiền phái Thảo Đường ngày nay đã hoàn toàn bị tán thất. Ta chỉ còn một bản tên duy nhất ghi lại thế
thứ của dòng thiền này và được chép vào cuối sách Thiền Uyển tập anh. Vì vậy mọi
bàn cãi về hệ tư tưởng của dòng thiền này tốt lắm thì cũng chỉ là những suy đoán, từ
đó dễ đưa đến những nhận định thiếu cơ sở, đôi khi sai lầm”(3).
Trong hai quan điểm trên, chúng tôi nghiêng nhiều về quan điểm thứ nhất. Trong
sách Trúc Lâm Tuệ Trung Thượng Sỹ ngữ lục có một bức đồ tên là Lược dẫn thiền
phái đồ, miêu tả các thế hệ thiền sư từ đời nhà Lý đến Trúc Lâm tam tổ, có đưa ra quan hệ truyền thừa như sau: Thông Thiền Tức Lự Ứng Thuận Tiêu Dao Tuệ Trung Trúc Lâm Pháp Loa Huyền Quang. Trong đó, Thông Thiền, Tức Lự và Ứng Thuận lần lượt là đệ tử đời thứ 13, 14 và 15 của Vô Ngôn
Thông, điều này được thể hiện rõ ràng trong Thiền uyển tập anh. Tuệ Trung Thượng
Sỹ, người ảnh hưởng lớn đến Trần Nhân Tông, là một học trò xuất sắc của Tiêu Dao. Ngoài ra, chúng ta cần nhớ đến một người nữa có ảnh hưởng trực tiếp và sâu sắc tới Trần Nhân Tông là Trần Thái Tông. Vào năm 1236, Trần Thái Tông từng đến núi Yên Tử để tham kiến quốc sư Viên Chứng, Trúc Lâm đại sa môn, mà Viên Chứng lại là đệ tử của Thường Chiếu, truyền nhân đời thứ 12 của Vô Ngôn Thông. Bên cạnh đó, nếu xét về sắc thái tư tưởng thì rõ ràng, Thiền học của Trần Nhân Tông có nhiều điểm tương đồng với phái Vô Ngôn Thông (Vô Ngôn Thông được cho là theo đúng dòng thiền của Huệ Năng), nhất là các quan niệm “tức tâm tức Phật”, “vô niệm”,… Dù sao đi nữa, đến thời đại của Trần Nhân Tông, sau hơn 10 thế kỷ phát triển ở Việt
Nam, Phật giáo đã thấm nhuần vào trong đời sống xã hội cũng như sinh hoạt lý luận đương thời. Tư tưởng thiền học của Trần Nhân Tông không phải xuất phát trực tiếp từ thiền học Trung Quốc, mà từ các dòng thiền được nảy sinh tại Việt Nam và được
nuôi dưỡng bởi các thiền sư Việt Nam. Nói cách khác, Trần Nhân Tông đã tập đại
thành tư tưởng thiền học của một số thiền sư Việt Nam trước đó, sáng tạo nên
Thiền phái Trúc Lâm, đánh dấu một bước hoàn tất quá trình Việt Nam hóa Phật giáo.