Nhằm hoàn thiện cơ sở pháp lý cho việc quản lý tổng hợp LVS, trong thời gian qua nhiều văn bản quy phạm pháp luật có liên quan được ban hành đã góp phần luật hoá công tác quản lý môi trường và bảo vệ nguồn nước các LVS. Trong đó có thể kể ra các văn bản quy phạm pháp luật quan trọng như: Luật Bảo vệ môi trường (2005), Luật Tài nguyên nước (1998), Luật Đất đai (2003), hệ thống Tiêu chuẩn Việt Nam - Các tiêu chuẩn chất lượng nước sông, hồ (ban hành năm 1995, sửa đổi năm 2001 và 2005) và hàng loạt các văn bản dưới luật khác.
Việc quản lý LVS đã được quy định tại Luật Tài nguyên nước, ban hành năm 1998. Tuy nhiên, Luật cũng chưa quy định cụ thể về quản lý LVS, chưa quy định nguyên tắc, nội dung quản lý tổng hợp LVS… Vì vậy, việc triển khai thực hiện công tác quản lý tổng hợp LVS trên thực tế còn nhiều khó khăn, vướng mắc. Dự thảo Luật sửa đổi Luật Tài nguyên Nước (TNN) năm 1998 đang được xây dựng, nhằm bảo vệ TNN hiệu quả; sử dụng nước hợp lý, tiết kiệm; phòng, chống, khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra tốt hơn; tăng cường hiệu lực quản lý Nhà nước về TNN trong tình hình mới.
Quản lý LVS không chỉ quản lý về mặt số lượng mà còn quản lý về mặt chất lượng nước. Tình trạng ô nhiễm nguồn nước đang gia tăng ở nước ta đòi hỏi phải có sự phối hợp giữa các địa phương vùng thượng lưu với các địa phương vùng hạ lưu. Thực tế, việc xây dựng các đề án quản lý môi trường LVS Cầu, sông Nhuệ - Đáy và sông Đồng Nai cho thấy, không thể tách rời quản lý TNN với bảo vệ môi trường có liên quan đến TNN. Để khắc phục những nhược điểm về thể chế trong việc quản lý LVS, ngày 01/12/2008 Chính phủ đã ban hành Nghị định số 120/2008/NĐ-CP về Quản lý lưu vực sông.
Tuy đã có hàng loạt các văn bản pháp luật đã được ban hành, song hiệu quả quản lý tại các LVS chưa cao do hệ thống chính sách, văn bản pháp quy liên quan đến bảo vệ chất lượng nước ở lưu vực sông còn thiếu và chưa đồng bộ.
2.3.3. Tổ chức quản lý môi trường lưu vực sông
2.3.3.1. Cấp quốc gia
Tháng 8/2002, Quốc hội đã quyết định thành lập Bộ Tài nguyên và Môi trường (TN&MT). Việc giao chức năng quản lý TNN từ Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn sang Bộ TN&MT đã tách quản lý Nhà nước về TNN ra khỏi quản lý theo mục đích sử dụng. Như vậy, Bộ TN&MT là cơ quan Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước trên các LVS trong phạm vi cả nước.
Các Bộ liên quan có trách nhiệm trong quản lý chất lượng nước trong các LVS gồm Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Bộ Xây dựng, Bộ Công thương, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Thương mại, Bộ Tài chính…
Thành lập ba Ủy ban Bảo vệ môi trường của ba LVS: Cầu, Nhuệ - Đáy và Đồng Nai. Đây là những tổ chức chỉ đạo và phối hợp liên ngành, liên tỉnh thực hiện ba phê chuẩn các dự án về bảo vệ môi trường LVS.
2.3.3.2. Cấp liên vùng và địa phương
Ở các địa phương, từ năm 2003 (sau khi thành lập Bộ TN&MT), các cơ quan TN&MT đã được thành lập. Các Sở TN&MT đều có Phòng quản lý môi trường (TP. Hồ Chí Minh có Chi Cục BVMT). Một số tỉnh cũng đã thành lập các Trung tâm Quan trắc tập trung vào giám sát chất lượng nước sông và hồ. Công tác quản lý nhà nước về TNN ở các địa phương bước đầu được quan tâm.
Tuy nhiên, sự phối hợp giữa các cơ quan Bộ, ngành và địa phương để giải quyết các vấn đề về LVS còn yếu. Giữa các địa phương trong cùng lưu vực chưa tìm được tiếng nói chung, chưa thống nhất và hợp tác chặt chẽ trong công tác quản lý môi trường lưu vực.
2.3.4. Thực hiện quy hoạch lưu vực sông
Trên phạm vi của các LVS và các vùng lãnh thổ lớn, công tác quy hoạch TNN lưu vực đến nay đã được triển khai. Ngày 13/02/2006, Bộ TN&MT đã có các Quyết định phê duyệt đề cương và tổng dự toán dự án Quy hoạch TNN lưu vực sông Đồng Nai, Vùng cực Nam Trung Bộ và Vùng kinh tế trọng điểm Bắc Bộ.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn đã thành lập và đang quản lý 8 Ban Quản lý quy hoạch LVS, cụ thể Ban Quản lý quy hoạch LVS Hồng - Thái Bình, Cầu, Nhuệ - Đáy, Cả, Vũ Gia - Thu Bồn, Đồng Nai, Serepok và Cửu Long.
Kể từ năm 2002, Chính phủ đã giao chức năng quản lý TNN cho Bộ TN&MT. Bộ này đã tham mưu Chính phủ thành lập 3 Uỷ ban Bảo vệ Môi trường là Uỷ ban BVMT LVS Cầu, Đồng Nai và Nhuệ - Đáy.
Đến năm 2008, Chính phủ đã giao cho Bộ TN&MT thống nhất quản lý TNN và LVS thông qua các tổ chức Uỷ ban Lưu vực sông sẽ được thành lập trong tương lai. Nhiệm vụ này đã được quy định bởi Nghị định 120/2008/NĐ-CP của Chính phủ về Quản lý LVS.
Như vậy có thể thấy cùng trên một LVS song lại có nhiều cơ quan quản lý, với tên gọi khác nhau, nhưng chất lượng các dòng sông thì xấu đi từng ngày. Vì vậy, điểm nổi bật nhất của mô hình quản lý LVS hiện nay hết sức chồng chéo. Đến nay các mô hình này đều được đánh giá là không hiệu quả, chưa khai thác được tiềm năng của các LVS, đồng thời chưa bảo vệ được môi trường các LVS.
2.3.5. Xây dựng nguồn lực
2.3.5.1. Đội ngũ cán bộ
Đội ngũ cán bộ làm công tác quản lý môi trường nói chung và quản lý môi trường LVS nói riêng giữa các tỉnh cũng không đồng đều. Lực lượng cán bộ đang rất thiếu hụt về số lượng và còn nhiều hạn chế về năng lực.
Theo tính toán sơ bộ, trong tổng số khoảng 1.200 cán bộ quản lý môi trường ở Việt Nam thì chỉ có gần 150 cán bộ quản lý môi trường LVS. Chỉ số năng lực ước tính theo số lượng nhân sự cho thấy các chỉ số năng lực về bảo vệ môi trường LVS của Việt Nam rất thấp, chỉ đạt khoảng 1,8 cán bộ/ 1 triệu dân. Các cán bộ hiện tại đang làm việc trong lĩnh vực BVMT sông phần lớn đều không được đào tạo chuyên ngành về môi trường và TNN, lại phải kiêm nhiệm nhiều lĩnh vực nên kiến thức về BVMT LVS thường không sâu.
2.3.5.2. Đầu tư tài chính
Nguồn chi cho quản lý và BVMT LVS từ ngân sách nhà nước không được phân bổ thành mục chi riêng. Tổng kinh phí đầu tư cho BVMT nói chung không ngừng tăng. Tuy nhiên, đầu tư cho hoạt động bảo vệ môi trường LVS còn ít, chưa đáp ứng yêu cầu.
Nhằm nâng cao hoạt động BVMT LVS, chương trình mục tiêu quốc gia về khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường đã được Quốc hội thông qua xác định kinh phí 10.100 tỷ đồng dành cho 3 LVS đến năm 2015 là nội dung đặc biệt có ý nghĩa đối với các địa phương trên lưu vực. Trong đó ngân sách Trung ương là 2.500 tỷ, ngân sách địa phương và vốn ODA (viết tắt của cụm từ Official Development Assistance - Hỗ trợ phát triển chính thức) là 7.600 tỷ. Khoản tiền này chưa phải là đủ, nhưng rất quan trọng đối với công tác ngăn ngừa ô nhiễm, cải thiện cho cả 3 LVS.
2.3.5.3. Quan trắc và thông tin môi trường
Từ năm 2005, Chương trình quan trắc tổng thể 3 LVS: Cầu, Nhuệ - Đáy, Đồng Nai đã được Cục Bảo vệ môi trường phê duyệt và hoạt động quan trắc trong các LVS này cũng đã bắt đầu được tiến hành bởi Trung tâm Quan trắc môi trường Quốc gia. Tuy nhiên, do giới hạn về kinh phí, hoạt động quan trắc chưa được tiến hành với đầy đủ số điểm quan trắc và tần suất như thiết kế trong Chương trình.
Ngoài ra, nhiều tỉnh/thành trong các LVS cũng đã thành lập Trung tâm Quan trắc môi trường nhằm theo dõi, giám sát diễn biết chất lượng môi trường nói chung, phục vụ công tác quản lý, BVMT của địa phương. Hoạt động quan trắc môi trường nước LVS của các địa phương ngày càng được tăng cường, số điểm quan trắc, tần suất và thông số quan trắc cũng ngày càng tăng.
Thực trạng tại các LVS chưa có hệ thống dữ liệu thông tin nhằm phục vụ quản lý chất lượng nước khu vực. Trên thực tế, dữ liệu về LVS còn rời rạc, chưa được hệ thống hóa dẫn tới việc tìm kiếm thông tin cần thiết trong núi dữ liệu chậm, khai thác dữ liệu khó khăn, báo cáo môi trường tốn nhiều thời gian. Từ đó công tác theo dõi biến động và dự báo chưa được đầy đủ và khoa học nên việc đánh giá hiệu quả công tác BVMT tại các LVS còn gặp nhiều khó khăn.
Trong những năm gần đây, mặc dù Việt Nam đã có những đề tài, dự án nghiên cứu môi trường LVS, tuy nhiên, chưa thực sự phục vụ đắc lực cho yêu cầu lâu dài của công tác quản lý. Trong khi đó, công tác quản lý môi trường tại các LVS, đòi hỏi phải quản lý một khối lượng lớn các dữ liệu.
Trong năm 2006, Cục Bảo vệ môi trường phối hợp với các tỉnh trong lưu vực tiến hành xây dựng và cập nhật thông tin cho trang thông tin điện tử về môi trường 3 LVS.
Một số địa phương trên các LVS đã tiến hành xây dựng cơ sở dữ liệu môi trường tại địa phương mình. Tuy nhiên, chưa có các cơ sở dữ liệu ở cấp lưu vực hoặc tiểu lưu vực. Việc trao đổi, chia sẻ số liệu, thông tin môi trường giữa các tỉnh trong lưu vực và giữa các lưu vực với nhau cũng còn nhiều hạn chế
Hiện nay, sự phát triển của công nghệ thông tin đã cho ra đời những mô hình quản lý và xử lý dữ liệu không gian mới có nhiều ưu việt hơn chẳng hạn như bản đồ số, cơ sở dữ liệu, hệ thống thông tin địa lý (GIS), mô hình hóa trong công tác quản lý các LVS. Vì vậy, việc ứng dụng hệ thống thông tin môi trường hỗ trợ và phục vụ công tác quản lý chất lượng nước LVS của các cơ quan quản lý nhà nước là một điều hết sức cần thiết.