Hoàn thiện cơ chế và phương thức quản lý KCN theo hướng tăng cường cơ chế “một cửa, tại chỗ” nhằm tạo điều kiện thuận lợi hơn nữa cho hoạt động của các doanh nghiệp trong KCN. Xây dựng mối quan hệ chặt chẽ giữa cơ quan quản lý nhà nước trên địa bàn với cơ quan nhà nước ở Trung ương nhằm tăng cường thống nhất giữa quản lý KCN theo quy hoạch, cơ chế, chính sách chung cho KCN. Tiếp tục đổi mới các mặt công tác quản lý Nhà nước về KCN, KCX đặc biệt là công tác quản lý và hỗ trợ triển khai dự án sau cấp phép kết hợp với việc hoàn thiện các văn bản pháp quy liên quan đến KCN, KCX để tạo điều kiện thuận lợi về mọi mặt cho các doanh nghiệp đầu tư vào trong KCN. Các biện pháp cụ thể được đề xuất :
Một là các Ban quản lý KCN, KKT triển khai áp dụng các quy định của Luật Đầu tư, Luật Doanh nghiệp và Nghị định hướng dẫn theo các Thông tư, Quyết định và hướng dẫn của Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các bộ, ngành có liên quan. Các Ban quản lý cần xác định rõ ràng chức năng, nhiệm vụ mới của mình trong quản lý nhà nước về đầu tư, chủ động thực hiện công tác thẩm tra, đăng ký cấp, điều chỉnh Giấy chứng nhận đầu tư đối với các dự án đầu tư vào KCN, KKT và xây dựng và kinh doanh cơ sở hạ tầng KCN trên cơ sở phối hợp với các Bộ, ngành liên quan khi cần thiết.
Hai là các cơ quan trung ương bên cạnh việc hướng dẫn các Ban quản lý KCN, KKT triển khai công tác, cần phải nhanh chóng triển khai nghiên cứu, rà soát, điều chỉnh các văn bản pháp quy hiện hành trên các lĩnh vực lao động, thương mại, tài chính, môi trường, xây dựng... phù hợp với xu hướng phân cấp quản lý theo Luật Đầu tư mới; cần sớm ban hành văn bản quy phạm pháp luật quy định chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của các Ban quản lý KCN, KKT.
Ba là hoàn thiện các văn bản pháp quy về công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát hoạt động của KCN, KKT đồng thời triển khai xây dựng bộ máy thanh tra KCN, KKT ở trung ương và địa phương để đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát trong thời gian tới, đặc biệt là thanh tra trong lĩnh vực quy hoạch, môi trường, lao động.
Bốn là tăng cường các chế tài và thống nhất các quy định về lĩnh vực môi trường, nhằm thực hiện mục tiêu đến năm 2010 tất cả các KCN có nhà máy xử lý nước thải tập trung theo Nghị quyết tại Đại hội Đảng X.
Năm là triển khai quy hoạch KCN, KKT một cách chặt chẽ theo quy hoạch KCN, KKT được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt; nghiên cứu, rà soát các cơ chế, chính sách đối với KKT nhằm áp dụng thống nhất các quy định về KKT.
Sáu là sớm nghiên cứu, điều chỉnh quy định về hỗ trợ vốn đầu tư xây dựng hạ tầng trong và ngoài hàng rào KCN, KKT; cơ chế huy động vốn và khuyến khích xây dựng nhà ở cho công nhân, bảo vệ môi trường trong KCN, KKT.