Một rủi ro nữa là sự biến động giá cả của thị trường. Giá lúa thay đổi theo từng vụ. Vì thế, chủ trang trại phải bán heo giá thị trường mà không kiểm soát được. Đồng thời, giá thành cũng có ảnh hưởng đến thu nhập của trang trại. Giá phân và thuốc bảo vệ thực vật ngày càng tăng. Để hạn chế tình trạng này, chủ trang trại áp dụng biện pháp canh tác 3 giảm, 3 tăng và đồng thời mua phân thuốc tích trữ . Đây có thể xem là biện pháp tối ưu.
Bên cạnh đó, trang trại cũng gặp không ít khó khăn do thị trường đầu ra không ổn định. Việc mua bán không có hợp đồng, chỉ dựa vào uy tín và quan hệ. Hợp đồng là một thỏa thuận pháp lý giữa người mua và người bán và có thể được sử dụng để làm giảm rủi ro đầu vào và đầu ra (Sarah A. Drollette, 2009). Do đó để khắc phục rủi ro này chủ trang trại cần thực hiện việc kí kết hợp đồng khi mua bán. Ngoài ra việc kinh doanh của trang trại cũng gặp phải việc canh tranh của các trang trại sản xuất lúa giống trong vùng. Vấn đề này cũng góp phần ảnh hưởng đến giá cả và lợi nhuận của trang trại. Để hạn chế vấn đề này trang trại chú trọng nâng cao chất lượng sản phẩm.
Đặc biệt theo ông Ngô Khuê thì việc sử dụng nguồn giống chất lượng chưa tốt là yếu tố rủi ro đầu vào quan trọng nhất. Nếu sử dụng nguồn giống chất lượng chưa tốt thì
sẽ chỉ bán với giá lúa lương thực. Vì thế, chủ trang trại đã tìm đến nguồn giống đảm bảo chất lượng. Việc sản xuất lúa giống không phù hợp với thị trường, thị hiếu người tiêu dùng là yếu tố rủi ro đầu ra quan trọng nhất đối với trang trại. Yếu tố rủi ro đầu ra sẽ làm giảm thu nhập của trang trại một cách đáng kể vì sẽ bán lúa giống với giá lúa lương thực. Để hạn chế rủi ro này, chủ trang trại đã chú trọng nắm bắt thông tin thị trường để chủ động trong khi cung cầu thay đổi, sản xuất những giống mà nông dân cần. Để thưc hiện được thì người chủ trang trại cần có khả năng để dự đoán được một vài sự biến đổi của thị hiếu người tiêu dùng.