Ngoài những chỉ số đầu vào và đầu ra của lượng nước sư dụng trong canh tác lúa, có một sự chênh lệch giữa tổng lượng nước đầu vào và đầu ra, đó được xem là lượng nước mất đi do chảy tràn và một phần nhỏ ta không thể xác định.
Ở vụ Hè Thu, do yếu tố mưa nhiều, làm cho lượng nước mất đi do chảy tràn tăng cao ở tất cả các nghiệm thức. Tại một số giai đoạn, cây lúa không cần mực nước cao nhưng do mưa nhiều nên nông dân phải rút nước ra để tranh cây lúa bị ngập úng, sau đó lại bơm nước vào khi đến giai đoạn bón phân và không có mưa. Đặc biệt, ở nghiệm thức đối chứng, tổng lượng nước chảy tràn và không xác định ở vụ Hè Thu lên đến 4.609 m3/ha, ở nghiệm thức lan tỏa và mô hình lần lượt là 3.627 m3/ha và 3.420 m3/ha.
Bên cạnh đó, tại vụ Đông Xuân, lượng nước chảy tràn hầu như không có ở cả 3 nghiệm thức, chỉ dao động vào khoảng 210 đến 256 m3/ha nước chảy tràn.
Điều này cho thấy được, lượng nước chảy tràn và không xác định chịu ảnh hưởng chủ yếu từ lượng mưa xuất hiện vào những giai đoạn không cần thiết: lúc cây lúa còn nhỏ và trước khi thi hoạch. Do nông dân không thể kiểm soát được nguồn nước này làm cho lượng nước mất đi do chảy tràn và một phần không xác định tăng cao.
Ghi chú: Trong cùng một giai đoạn, sự khác biệt giá trị của các cột ở mức ý nghĩa 5% được biểu diễn qua sự khác biệt các chữ cái (a,b,c) đại diện cho mỗi cột.
Hình 4.8: Lượng nước chảy tràn và không xác định (m3/ha) ở vụ Hè Thu năm 2013 và vụ Đông Xuân năm 2013 – 2014.