Bên cạnh những thành quả đã đạt được, hiệu quả đầu tư ở khu vực kinh tế ngoài nhà nước vẫn chưa thực sự cao do rất nhiều nguyên nhân:
Thứ nhất, doanh nghiệp phải chịu mức thuế và phí rất cao. Theo Ngân hàng Thế giới (WB), hiện nay, ở Việt Nam, tỷ lệ thuế và phí chiếm tới 40,8% lợi nhuận của doanh nghiệp và con số này vẫn đang tiếp tục gia tăng khi thuế môn bài, thuế môi trường vừa được đề xuất tăng gấp 3 lần. Bên cạnh đó, việc tiếp cận nguồn vốn tín dụng của các doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp nhỏ còn gặp rất nhiều khó khăn. Phần lớn các doanh nghiệp vừa và nhỏ phải tìm nguồn tín dụng phi chính thức mà không tìm đến các ngân hàng do những ràng buộc về tài sản đảm bảo. Theo thống kê của Ngân hàng phát triển châu Á (ADB) năm 2014, bình quân mỗi doanh nghiệp vừa và nhỏ ở Việt Nam thiếu 42.000 USD vốn tín dụng.
Thứ hai, tình trạng tham nhũng, sách nhiễu gây khó khăn cho doanh nghiệp còn diễn ra rất phổ biến. Các khảo sát của CIEM (Viện nghiên cứu Quản lý kinh tế Trung ương) về thực hiện Nghị quyết 19 (số: 19/2016/NQ-CP) của Chính phủ về cải thiện môi trường kinh doanh đều cho thấy, "chi phí bôi trơn" của doanh nghiệp đang ngày càng tăng lên. Theo số liệu mới đây của World Bank: Doanh nghiệp Việt cứ làm ra một đồng lợi nhuận thì mất 0.72 đồng thậm chí 1.02 đồng để "bôi trơn".
Thứ ba, các doanh nghiệp chưa áp dụng khoa học công nghệ kỹ thuật, hiện đại trong quá trình sản xuất. Việc không áp dụng, không cải tiến công nghệ, kỹ thuật và dây chuyền khiến chất lượng sản phẩm chưa cao, năng suất lao động thấp dẫn đến hiệu quả hoạt động thấp.
Từ một số nguyên nhân kể trên, giải pháp đưa ra đó là:
Thứ nhất, cần xây dựng các chính sách, hoàn thiện các văn bản pháp luật để hỗ trợ các doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp vừa và nhỏ: đơn giản hóa thủ tục hành chính, tiếp tục hoàn thiện và đi vào thực hiện Luật doanh nghiệp vừa và nhỏ; giải quyết triệt để tình trạng tham nhũng, sách nhiễu, “bôi trơn” gây khó khăn cho doanh nghiệp…
Thứ hai, cần có những chính sách hỗ trợ nguồn vốn tín dụng cho các doanh nghiệp. Phần lớn các doanh nghiệp vừa và nhỏ rất khó tiếp cận được nguồn vốn của các ngân hàng, chưa kể đến, các doanh nghiệp này chưa đủ đáp ứng điều kiện để huy động nguồn vốn trên thị trường chứng khoán. Việc hỗ trợ, tạo điều kiện cho các doanh nghiệp vừa và nhỏ nói riêng và các doanh nghiệp nói chung sẽ giúp họ mở rộng quy mô hoạt động, áp dụng công nghệ, kĩ thuật hiện đại hơn, từ đó nâng cao hiệu quả sử dụng vốn đầu tư.
Tuy nhiên, để nhận được sự hỗ trợ từ phía Nhà nước, các doanh nghiệp cũng cần chủ động trong việc hoạch định các chiến lược phát triển công ty trong ngắn hạn và dài hạn, xây dựng cơ cấu vốn hợp lý và đưa ra kế hoạch sử dụng vốn khả quan.
Thứ ba, nâng cao hiệu suất, hiệu quả của các dự án đầu tư bằng cách thực hiện nghiêm túc, chính xác các hoạt động chuẩn bị cho đầu tư, quá trình thực hiện đầu tư và cả trong giai đoạn vận hành. Chẳng hạn, tiến hành nghiên cứu thị trường, thẩm định dự án để xét tính khả thi của dự án…Và đặc biệt, một trong những giải pháp quan trọng là đặt trách nhiệm cá nhân tức một người chịu trách nhiệm cho một khâu hoạt động để tránh và hạn chế hiện tượng tham nhũng, quan liêu.
Thứ tư, trang bị khoa học công nghệ, kỹ thuật hiện đại để nâng cao hiệu quả sản xuất kinh doanh.
Tại Việt Nam, số lượng các doanh nghiệp bỏ lượng vốn đầu tư cho khoa học công nghệ còn chưa nhiều song có thể thấy được, những doanh nghiệp áp dụng dây chuyền kỹ thuật hiện đại, khoa học công nghệ cao thường có kết quả hoạt động tốt hơn. Điển hình là công ty cổ phần sữa Việt Nam (Vinamilk), doanh thu trong giai đoạn năm 2005-2015 đạt tăng trưởng kép 22%; lợi nhuân trước thuế giai đoạn 2005-2015 đạt tăng trưởng kép 32% (số liệu trích từ báo cáo thường niên năm 2015 của Vinamilk)...; Để đạt được kết quả như vậy, một trong những yếu tố quan trọng phải đề cập đó là Vinamilk đã đầu tư một lượng vốn lớn cho dây chuyền, công nghệ sản xuất, thiết lập hệ thống các trang trại bò sữa công nghệ cao theo quy mô công nghiệp…