Rủi ro phát hiện được đánh giá dựa trên cơ sở rủi ro kiểm toán mong muốn và rủi ro có sai sót trọng yếu. Tuy nhiên trong thực tế do chưa chú trọng và thực hiện đúng quy trình đánh giá rủi ro có sai sót trọng yếu (đặc biệt là rủi ro kiểm soát) nên hầu hết trong các cuộc kiểm toán các công ty kiểm toán độc lập Việt Nam xác định rủi ro phát hiện ở mức trung bình mang tính chủ quan của KTV. Từ đó, việc thiết kế các thử nghiệm kiểm toán tập trung vào các thử nghiệm cơ bản
Bên cạnh đó, những tồn tại trong đánh giá rủi ro phát hiện liên quan đến chi phí kiểm toán hiện nay là vấn đề đáng chú ý. Hiện nay, số lượng các công ty kiểm toán tại Việt Nam ngày càng gia tăng làm cho áp lực cạnh tranh của các công ty kiểm toán cũng gia tăng. Theo Vân Hà, “Cạnh tranh bằng giá phí dễ kéo lùi chất lượng kiểm
toán”, báo Đầu tư chứng khoán số ra ngày 13/5/2016: “Trong nhóm công ty kiểm toán
trong nước, áp lực cạnh tranh ngày càng gay gắt khi mà riêng 4 công ty kiểm toán lớn nhất thị trường (Big 4) đã đóng góp trên 50% tổng doanh thu, 136 công ty chia 50% doanh thu còn lại và dù một số công ty kiểm toán trong nước có số lượng KTV tương đương, thậm chí lớn hơn, song doanh thu của các công ty chỉ bằng ¼ doanh thu của các công ty trong nhóm Big 4”. Trước thực trạng đó, giá phí kiểm toán được xem là
một trong những hướng cạnh tranh hiệu quả nhất và các công ty kiểm toán để đảm bảo tính cạnh tranh cao đều cố gắng cân nhắc để đưa ra mức phí kiểm toán. Từ sự giới hạn về chi phí, khi thực hiện kiểm toán, các KTV để tiết kiệm chi phí đã không tiến hành các thủ tục kiểm toán chi tiết đủ để đạt được mức rủi ro phát hiện như đã xác định.
Hiện nay, việc tổ chức đào tạo bồi dưỡng nhân lực kiểm toán cũng như tạo điều kiện cho nhân viên tham gia đào tạo nâng cao năng lực chuyên môn, tham gia dự thi các chứng chỉ hành nghề còn nhiều hạn chế tại nhiều công ty kiểm toán nhỏ và vừa. Do đó dẫn đến tình trạng một số KTV chuyên môn chưa cao, kinh nghiệm hạn chế tham gia các cuộc kiểm toán dẫn đến xác định thời gian, phạm vi bản chất của các thử nghiệm cơ bản chưa thực sự phù hợp, không đảm bảo được mức rủi ro phát hiện như đã xác định ban đầu.
Hiện nay, vào mùa kiểm toán để khắc phục tình trạng thiếu nhân sự, các công ty kiểm toán độc lập thường tuyển thực tập sinh vào làm việc song hành với quá trình đào tạo trở thành KTV của công ty mình với những ràng buộc chặt chẽ về quyền cũng như nghĩa vụ. Và để tiết kiệm thời gian cũng như chi phí đào tạo, các công ty kiểm toán thường cho các trợ lý kiểm toán này tham gia ngay vào cuộc kiểm toán với vai trò trợ lý kiểm toán. Đây là một trong những thực trạng làm gia tăng những rủi ro phát hiện.