- Thị trường giao nhận hàng hóa còn thu hẹp, chủ yếu là khu vực phía Bắc. Điều này gây ra sự hạn chế của công ty khi thực hiện giao nhận hàng hóa chuyển tải hay có cảng xếp, dỡ không thuộc khu vực phía Bắc. Điều này cho thấy mức độ phủ sóng tên tuổi của công ty trong lĩnh vực giao nhận hàng hóa chưa rộng.
- Chậm thu phí. Công ty chủ yếu áp dụng phương thức thanh toán hợp đồng là chuyển tiền nên có sự chậm trễ trong việc thu phí dịch vụ,gây khó khăn trong việc thu phí và luân chuyển đồng tiền.
- Mặc dù đã có hệ thống trang thiết bị, cơ sở hạ tầng nhất định, tuy nhiên trang thiết bị của công ty vẫn còn thiếu, chưa đáp ứng đầy đủ trong việc giao nhận, vận chuyển với số lượng lớn, công ty vẫn còn phải thuê nhiều từ bên ngoài.
- Quảng bá công ty thông qua mạng vẫn chưa được chú trọng.Hệ thống trang Web của công ty còn khá sơ sài, thiếu thông tin,sự cách tân đổi mới, những bài viết về lĩnh vực liên quan ,chưa gây được thiện cảm với người đọc, khách hàng cần tìm hiểu thông tin về công ty thông qua mạng.Trong khi đó xu hướng tìm đối tác, khách hàng qua mạng đang ngày càng phổ biến, được nhiều công ty áp dụng.
- Hoạt động giao nhận mang tính thời vụ không chỉ là đặc thù của dịch vụ giao nhận vận tải hàng không mà còn được coi là một tồn tại cầng khắc phục. Tính thời vụ thể hiện vào mùa hàng không, lượng hàng giao nhận quá lớn, làm không hết việc. Nhiều khi số chỗ đã đặt trước của các hãng hàng không hết, công ty buộc phải từ chối hàng. Song đến mùa hàng xuống, khối lượng giảm, công việc vì thế mà cũng ít đi. Khoảng thời gian hàng nhiều thường là những tháng giữa năm như tháng
6 đén tháng 8 và những tháng cuối năm (dịp Lễ Giáng Sinh và Tết Dương Lịch). Tính thời vụ này khiến cho hoạt động của công ty không ổn đinh, kết quả kinh doanh theo tháng không đồng đều. Điều này ảnh hưởng trực tiếp đến việc làm và thu nhập của người lao động. Hơn nữa, trong những khoảng thời gian mùa hàng xuống, công ty vẫn phải trả lương cho nhân viên, khiến lợi nhuận bị giảm sút.
Tồn tại này mang tính khách quan, nằm ngoài sự trù liệu của doanh nghiệp nên để khắc phục không đơn giản, nó cần sự vận động của bản thân doanh nghiệp, hơn thế nữa là sự tin tưởng, ủng hộ của khách hàng.