Việt Nam đã phê chuẩn TFA từ tháng 11/2015. Đối với Việt Nam, những nội dung trong TFA hoàn toàn phù hợp với các mục tiêu cải cách hành chính trong lĩnh vực thuế, hải quan mà Chính phủ đang thúc đẩy mạnh mẽ trong thời gian gần đây. Hơn thế nữa, TFA còn đặt ra các tiêu chuẩn thuận lợi hóa thương mại rõ ràng, thống nhất, kèm theo các hỗ trợ kỹ thuật cần thiết để thực thi. Vì vậy, TFA có thể là động lực cộng hưởng có ý nghĩa và là thước đo khách quan cho quá trình cải cách tự thân này của Việt Nam.
Với ý nghĩa đặc biệt quan trọng đó, các doanh nghiệp Việt Nam sẽ là những đối tượng được hưởng lợi nhiều nhất từ TFA, bởi hiện tại thủ tục hải quan đang là một trong những vấn đề gây nhiều cản trở nhất cho các doanh nghiệp trong quá trình xuất - nhập khẩu. Theo nghiên cứu của Cơ quan Phát triển Quốc tế Hoa Kỳ, Việt Nam hiện đang đứng thứ 65/189 nước về thủ tục hải quan, chỉ cần giảm 1 ngày trong thủ tục hải quan có thể tiết kiệm cho các doanh nghiệp tới 1,6 tỷ USD.
Tuy nhiên, tham gia TFA cũng đặt ra những thách thức không nhỏ trong việc vừa đảm bảo thực hiện cam kết tạo thuận lợi hóa thương mại, vừa phải đảm bảo kiểm soát hoạt động xuất - nhập khẩu chặt chẽ, chống buôn lậu, gian lận thương mại, hàng hóa không đảm bảo chất lượng, gây tổn thất đến hoạt động sản xuất của doanh nghiệp trong nước.
Do đó, để việc thực thi TFA thật sự đem lại hiệu quả, thì doanh nghiệp và Nhà nước phải cùng góp sức. Nhà nước có chức năng sửa đổi các quy trình, quy định pháp luật trong nước cho phù hợp với TFA. Còn doanh nghiệp có nhiệm vụ cùng với Nhà nước rà soát và khuyến nghị sửa đổi các quy định đó phù hợp với các quyền và lợi ích của mình. Doanh nghiệp cũng có vai trò giám sát Nhà nước trong việc thực thi TFA đúng và đầy đủ.
Cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin của hải quan còn một số hạn chế như: cơ sở hạ tầng chưa đồng bộ, đường truyền chậm, hệ thống mạng thường bị kẹt, bị lỗi, chậm cập nhật tình hình nộp thuế của doanh nghiệp, các phần mềm quản lý chuyên ngành chưa tốt, chưa xây dựng và khai thác cơ sở dữ liệu chuyên hành. Hạ tầng CNTT phục vụ ứng dụng CNTT chưa đảm bảo.
Bản chất của ngành hải quan là nhiều quy định, thông tin, thủ tục khác nhau, do đó thông tin trên Internet đôi khi còn bị động, chưa giải quyết được các vấn đề cụ thể của doanh nghiệp. Ngoài ra, thông tin chưa được tối ưu, dàn trải gây khó khăn trong việc tìm kiếm cũng như xác thực độ chính xác.
Do cơ sở hạ tầng còn yếu kém, chưa đồng bộ và hiện đại, việc chuẩn hóa và thu thập thông tin từ các Bộ, Ngành,... và các cơ quan liên quan vẫn chưa thực sự có hiệu quả, gây khó khăn cho việc thu thập, thống kê và xử lí thông tin.
Các doanh nghiệp còn cho rằng ngành hải quan ban hành nhiều văn bản quá dài, nhiều quy định và từ ngữ không rõ ràng, dễ dẫn đến cách hiểu và cách giải thích các áp dụng khác nhau. Thủ tục hải quan áp dụng còn chưa thống nhất giữa các đơn vị và giữa các công chức trong ngành này. Một số quy định về thủ tục hải quan chưa rõ ràng và hợp lý như: thủ tục hủy tờ khai, sửa tờ khai, thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ.
Về phía doanh nghiệp, hiện nay, cac doanh nghiệp xuất nhập khẩu Việt Nam vẫn áp dụng các phương thức giấy tờ thủ tục truyền thống thay vì các cổng thông tin điện tử Hải quan, một phần do thông tin khai báo trên Internet vẫn chưa hoàn thiện, tối ưu, còn nhiều sự cố, chưa tạo được lòng tin với doanh nghiệp.