Khi ph-ơng pháp này đ-ợc áp dụng cần chú ý tới các vấn đề sau:
1. Lựa chọn các loài phù hợp với điều kiện khí hậu địa ph-ơng, loại đất, chất ô nhiễm và cách định xử lý sinh khối.
2. Đánh giá ô nhiễm kim loại nặng trong đất, đặc biệt là chú ý tới các trạng thái vật lý và hoá học của các chất ô nhiễm trong đất. Các chú ý đặc biệt tới khả năng dễ tiêu sinh học, xác định phần kim loại có thể đ-ợc thực vật tích tụ.
3. Các ph-ơng pháp thích hợp để giảm rủi ro liên quan tới sự mở rộng ra của sinh khối ô nhiễm vào trong môi tr-ờng và do đó đe doạ đời sống của các sinh vật hoang dã và các sản phẩm nông nghiệp.
4. Các kỹ thuật sử dụng để tách kim loại nặng từ các sinh khối ô nhiễm phục thuộc vào mức độ của các kim loại độc trong cơ thể thực vật thì việc sử dụng sinh khối cho mục đích nông nghiệp cần đ-ợc loại bỏ. Các kỹ thuật xử lý th-ờng đ-ợc áp dụng:
1. Các ph-ơng pháp nhiệt hoá hoặc lý - hoá học nh- làm khô, thiêu huỷ, hoá khí, nhiệt, sử dụng các axit vô cơ để chiết tách.
2. Các ph-ơng pháp sinh học nh-: việc dùng tiêu hoá kỵ khí của chất còn lại đ-ợc sử dụng nh- là sự xử lý tr-ớc.
3. Việc tách các kim loại nặng trong sinh khối để thu đ-ợc các sản phẩm có ích nh- chất diệp lục, tinh dầu, sợi, ...
Cần thấy rõ rằng các sinh khối ô nhiễm thì dễ xử lý hơn các loại đất ô nhiễm. Đó là lý do tại sao trong các điều kiện nhất định có thể đ-a ra một số các giải pháp trong một chừng mực nào đó để loại bỏ hoặc sử dụng lại các sinh khối. Điều này có thể áp dụng cho các hợp chất bị nhiễm độc cao nh- các kim loại phóng xạ, khi mà các nhân tố tích tụ đủ lớn.