Kê khai thuế là khâu rất quan trọng trong quá trình quyết toán thuế TNCN. Nhờ đó mà cơ quan quản lý thuế mới có thể thu thập được thông tin, kiểm soát thu nhập của các đối tượng nộp thuế theo những khoảng thời gian nhất định, có thể là một tháng, một năm, một quý. Tùy thuộc vào mỗi một đối tượng khác nhau, thì cũng có những yêu cầu kê khai thuế thu nhập khác nhau, tất cả nhằm thực hiện cho quá trình quản lý việc thu nộp thuế được dễ dàng hơn. Trình tự thủ tục của việc kê khai thuế tháng và khai hồ sơ quyết toán thuế được quy định chi tiết tại các mẫu biểu kèm theo thông tư 156/2013/TT-BTC. Kê khai thuế tuân thủ theo nguyên tắc tại Điều 26 Thông tư 111/2013/TT-BTC.
Bên cạnh đó, để tiến tới công cuộc cải cách hành chính, Tổng cục thuế cũng đã ban hành phần mềm tin học HTKK để hỗ trợ NNT khai thuế qua mạng, và các mẫu tờ khai thuế TNCN được đăng tải trên website tncnconline.com.vn, nên NNT có thể dễ dàng thực hiện các thao tác để tự kê khai về thu nhập của mình, qua đó tiết kiệm được rất nhiều các thủ tục hành chính khác (so với hình thức kê khai trên giấy và tự mang đến cơ quan thuế nộp).
Để có thể kê khai thuế TNCN từ 5/1/2015 kế toán doanh nghiệp sẽ sử dụng phần mềm hỗ trợ kê khai HTKK 3.3.5. Hồ sơ khai thuế TNCN (đối với doanh nghiệp chi trả) như sau:
49
Thông thường kế toán doanh nghiệp sẽ thực hiện khai thuế TNCN cho các cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công.
- Nếu khai thuế TNCN theo quý, kế toán dùng mẫu tờ khai: 02/KK- TNCN theo quý,
- Nếu khai theo tháng dùng mẫu: 02/KK-TNCN theo tháng.
(Hai mẫu trên dùng cho cá nhân có ký hợp đồng lao động (là nhân viên của công ty) và cá nhân không ký hợp đồng lao động (là lao động thời vụ, vãng lai).
Trường hợp khấu trừ thuế đối với thu nhập từ đầu tư vốn, chuyển nhượng chứng khoán, bản quyền, nhượng quyền thương mại, trúng thưởng thì khai và nộp tờ khai theo mẫu số 03/KK-TNCN theo tháng hoặc theo quý.
Doanh nghiệp tự xác định kỳ kê khai thuế TNCN theo tháng hoặc theo quý, trường hợp trong tháng hoặc quý, công ty không phát sinh khấu trừ thuế TNCN (tức là không có số thuế phải nộp thì không phải kê khai thuế.
Việc xác định kê khai theo tháng hay theo quý được xác định như sau:
- Tổ chức, cá nhân trả thu nhập phát sinh số thuế khấu trừ trong tháng của ít nhất một loại tờ khai thuế TNCN từ 50 triệu đồng trở lên thì thực hiện khai thuế theo tháng trừ trường hợp tổ chức, cá nhân trả thu nhập thuộc diện khai thuế GGTGT theo quý.
- Tổ chức cá nhân thu nhập không thuộc diện khai thuế theo tháng theo hướng dẫn nêu trên thì thực hiện khai thuế theo quý.
(Doanh nghiệp kê khai thuế GTGT theo quý thì kê khai thuế TNCN theo quý) [48].
Ngày 15/5/2015 Tổng cục thuế ra quyết định số 879/QĐ-TCT về việc ban hành quy trình quản lý kê khai, nộp thuế và kế toán thuế.Trong đó quy định rõ nội dung quy trình kê khai, việc tiếp nhận, xử lý và kiểm tra hồ sơ kê khai, thể hiện được trách nhiệm quản lý của cơ quan thuế, đảm bảo hoàn thành các thủ tục kê khai nhanh và hiệu quả [40].