Tuy nhiên ta cũng có thể thấy những thách thức riêng cho hoạt động marketing trực tuyến tại Việt Nam như:
Lãnh đạo các doanh nghiệp chưa nhận thức đúng đắn giá trị quan trọng của marketing trực tuyến trong khi xúc tiến thương mại, vì vậy chi phí dành cho marketing trực tuyến chiếm một phần rất nhỏ, thậm chí còn không có trong chi phí marketing của doanh nghiệp.
Đội ngũ làm marketing trực tuyến đôi khi chưa hiểu biết về các kỹ năng công nghệ thông tin. Điều này rất quan trọng ví dụ khi khách hàng mua hàng tại một website thì người làm marketing trực tuyến phải biết cách xây dựng các giải pháp tiếp nhận và tự động xử lý đơn hàng, cũng như tự động theo dõi quá trình bán hàng.
Chưa có các website đặc thù để tiến hành các hoạt động marketing trực tuyến, đa số vẫn sử dụng thông qua các trang báo điện tử hay các báo tin tức có số lượng người sử dụng
lớn như Tuổi Trẻ, Vnexpress,…việc này trong thời điểm hiện tại còn phát huy tác dụng khi khách hàng sử dụng internet còn mới mẻ. Trong tương lai, khi thương mại điện tử phát triển mạnh sự cần thiết phải có các trang web đặc thù về marketing là quan trọng.
Các doanh nghiệp chuyên về marketing trực tuyến chưa thể hiện được sự chuyên nghiệp của mình như: có quá nhiều logo, biểu tượng xuất hiện trong một thời gian ngắn trong quảng cáo trực tuyến gây phản cảm. Có quá ít thông tin về các khách hàng, điều này gây ra sự khó khăn trong việc tiếp xúc với khách hàng.
Khi marketing trực tuyến, các doanh nghiệp chưa xác định được thị trường mục tiêu, khách hàng mục tiêu của doanh nghiệp rõ ràng.
Hệ thống thương mại điện tử còn yếu kém vì thế ảnh hưởng rất lớn đến doanh thu của việc bán hàng qua mạng, các vấn đề sẽ nảy sinh ra trong quá trình mua bán hàng hóa, thanh toán...
Các công cụ pháp luật hỗ trợ việc giải quyết tranh chấp khi có cạnh tranh xảy ra trong thương mại điện tử còn mới mẻ, chưa đi kịp với sự phát triển của thị trường