Mặt trái của hoạt động đầu tư nước ngoài là do nhiều nguyên nhân, trong đó có cả nguyên nhân khách quan và nguyên nhân chủ quan.
a. Nguyên nhân khách quan
Do môi trường đầu tư
Phần lớn các dự án đầu tư nước ngoài vào Việt Nam đến từ các quốc gia trong khu vực, cuộc khủng hoảng tài chính tiền tệ trong khu vực và thế giới đã gây nhiều khó khăn cho việc thu xếp tài chính để triển khai thực hiện dự án tại Việt Nam. Gần đây một số dự án FDI đến từ các nền kinh tế lớn trên thế giới như: Mỹ, Anh,
Đức...nhưng bản thân họ cũng đang nằm trong tình trạng khủng hoảng về tài chính nói chung nên số vốn đăng kí và vốn thực hiện vẫn còn là khoảng cách khá xa.
Cạnh tranh giữa các quốc gia trong thu hút đầu tư nước ngoài ngày càng cao, đặc biệt từ phía Trung Quốc và một số nước ASEAN.
Làn sóng sáp nhập và mua lại trên quy mô toàn thế giới đã ảnh hưởng đến các công ty con đang hoạt động tại Việt Nam. Sự phát triển chững lại của các nền kinh tế lớn, sự yếu kém của thị trường tài chính quốc tế và sự đi xuống của thị trường công nghệ thông tin toàn cầu đã và đang tác động mạnh đến đầu tư và thương mại quốc tế ở nước ta.
Do các nhà đầu tư nước ngoài
Một số nhà ĐTNN thiếu năng lực tài chính để triển khai thực hiện dự án FDI. Phần lớn các dự án đầu tư bị đổ bể do thiếu vốn, không có khả năng đổi mới công nghệ, mở rộng quy mô sản xuất tối ưu...
Xuất hiện tình trạng một số nhà ĐTNN lợi dụng xin giấy phép để “giữ chỗ”, sau đó mới tìm nguồn vốn, thậm chí là chuyển giao cho đối tác khác để thu lợi nhuận. Khi không thu xếp được vốn, hoặc không chuyển giao giấy phép đầu tư cho đối tác khác thì dự án không thể triển khai thực hiện được.
Do một số đối tác đầu tư thiếu thiện chí và không chấp hành nghiêm chỉnh luật pháp của Việt Nam, hoặc lợi dụng Việt Nam mới mở cửa, thiếu kinh nghiệm, như dự án xây dựng khu nghỉ mát Rusalka tại Nha Trang.
b. Nguyên nhân chủ quan
Do nhận thức về đầu tư nước ngoài chưa thống nhất
Chưa có nhận thức thống nhất ở các cấp, ngành về quan điểm thu hút đầu tư nước ngoài, độ mở với đầu tư nước ngoài, lựa chọn và cho phép các hình thức đầu tư, phát triển các khu công nghiệp, kinh tế...điều đó dẫn đến lúng túng trong hoạch định chính sách, lập và tổ chức thực hiện quy hoạch, trong điều hành, tác động tiêu cực đến môi trường đầu tư
Công tác quy hoạch chậm, chất lượng chưa cao, thiếu cụ thể
Các dự án đầu tư nói chung và đầu tư nước ngoài nói riêng về nguyên tắc thì được xem xét, quyết định khi phù hợp với quy hoạch đã phê duyệt. Nếu quy hoạch
chưa có hoặc có mà không đủ rõ thì việc bố trí các dự án đầu tư sẽ gặp khó khăn, nguy cơ rủi ro lớn cho cả nhà đâu tư và nền kinh tế.
Tuy vị trí của công tác quy hoạch quan trọng như vậy và đã được các cơ quan chức năng quan tâm từ nhiều năm nay, nhưng đến ngày 7/9/2006 Chính phủ mới ban hành được Nghị định 92 về lập, phê duyệt và quản lý quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội. Nghị định này là cơ sở pháp lý giúp cho việc quản lý các dự án đầu tư nước ngoài có hiệu quả hơn trong thời gian tới.
Hiện nay vẫn chưa có văn bản quy phạm pháp luật riêng có như Nghị định 92 quy định cụ thể về quy hoạch sử dụng đất và quy hoạch xây dựng. Điều này gây phức tạp cho các dự án đầu tư cần phải thống nhất về 3 loại quy hoạch: quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội, quy hoạch sử dụng đất, quy hoạch xây dựng, trước hết là những dự án lớn cấp quốc gia như các khu công nghiệp, các công trình kết cấu hạ tầng
Chất lượng các dự án quy hoạch phát triển kinh tế-xã hội còn hạn chế, các dự án quy hoạch chưa có tầm nhìn dài hạn, chưa có đủ căn cứ vững chắc, các thông tin về dự báo, nhất là dự báo tác động của yếu tố bên ngoài như thị trường thế giới, tiến bộ khoa học công nghệ, sự cạnh tranh giữa các quốc gia, doanh nghiệp...
Việc xử lý liên ngành, liên vùng và việc xử lý các phương án, các điền kiện thực hiện quy hoạch chưa được ghi rõ, quy hoạch về tổ chức lãnh thổ ở nhiều nơi còn tình trạng chồng chéo, không ăn khớp, gây lãng phí. Quy hoạch phát triển khu dân cư làm phát sinh nhiều vấn đề xã hội phức tạp, điển hình là các khu công nghiệp ở vùng kinh tế trọng điểm.
Việc lập, phê duyệt, thực hiện quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất còn bất cập. Trong cả nước, còn 64% số quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh và 65% xã phường, thị trấn chưa hoàn thành việc lập quy hoạch sử dụng đất. Chất lượng quy hoạch ở nhiều địa phương còn thiếu tính dân chủ, chưa mang tính khả thi. Tình trạng quy hoạch “treo”, “giấu quy hoạch” để vụ lợi còn diễn ra trên diện rộng.
Luật đầu tư và Luật doanh nghiệp thống nhất được Quốc hội thông qua năm 2005 ghi nhận các doanh nghiệp hoạt động đầu tư kinh doanh tại Việt Nam, không phân biệt trong hay ngoài nước đều có quyền bình đẳng trong gia nhập, hoạt động và rút khỏi thị trường, thế nhưng việc xây dựng pháp luật kinh tế thị trường còn
chưa đồng bộ. Thị trường bất động sản, thị trường khoa học và công nghệ phát triển chậm chưa đáp ững được nhu cầu phát triển và hoạt động đầu tư nước ngoài. Trong cam kết gia nhập WTO, chúng ta chấp nhận bị coi là nền kinh tế phi thị trường trong 12 năm, chứng tỏ việc hình thành nền kinh tế thị trường còn nhiều khó khăn, cần có thời gian mới thực hiện được.
Tuy đã có cố gắng song hệ thống pháp luật của ta khó mà dự đoán được. Ví dụ Luật đầu tư năm 2005 và Nghị định 108 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật này đề cập đến lĩnh vực đầu tư có điều kiện, nhưng cả 2 văn bản này đều dừng lại ở danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện mà chưa công bố các điều kiện cụ thể của từng lĩnh vực. Điều này không chỉ gây khó khăn cho nhà đầu tư mà cho cả cơ quan quản lý nhà nước.
Năng lực quản lý nhà nước chưa theo kịp yêu cầu phát triển
Bộ máy quản lý hành chính còn nhiều tầng, nấc là hoạt động đầu tư nước ngoài chưa thật nhanh nhạy, hiệu quả. Tính quan liêu, hách dịch, nhũng nhiễu ở một bộ phận công chức nhà nước chưa được khắc phục, đây là kẽ hở cho nhiều nhà đầu tư nước ngoài phạm pháp, thao túng.
Thực hiện tổng thể chương trình cải cách hành chính nhà nước và Nghị quyết tháng 8/2004 của Cính phủ, việc quản lý hoạt động đầu tư nước ngoài đã được phân cấp rộng rãi hơn cho các ủy ban nhân dân cấp tỉnh và các ban quản lý khu công nghiệp cấp tỉnh (gồm cả khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế). Tuy nhiên việc phân cấp chưa đảm bảo quản lý thống nhất, còn biểu hiện phân tán, cục bộ; chưa chú trọng trong việc hướng dẫn, thanh tra, kiểm tra những khâu trong công việc được phân cấp. Hậu quả là trong những năm qua đã có 42 tỉnh, thành phố ban hành quy định ưu đãi đầu tư không phù hợp với các quy định hiện hành gây thiếu lành mạnh trong cạnh tranh giữa các địa phương trong việc thu hút vốn đầu tư nước ngoài đồng thời gây khó khăn cho công tác quản lý nhà nước.
Việc quản lý được phân công cho từng cơ quan tùy theo chức năng và nhiệm vụ nhưng lại chưa làm rõ trách nhiệm chính của từng cơ quan trong mỗi công đoạn dẫn đến việc nhà đầu tư phải chạy lòng vòng mới giải quyết được công việc và khi có sai phạm xảy ra thì không có cơ quan nào đứng ra nhận trách nhiệm