+ Phổ khối lượng phân giải cao (High Ressolution Mass Spectroscopy) cho phép xác định pic ion phân tử hoặc ion mảnh với độ chính xác cao. Kết quả phổ khối lượng phân giải cao cùng với kết quả phân tích nguyên tố sẽ cho phép khẳng định chính xác công thức cộng của hợp chất hữu cơ.
Phân tích phổ khối lượng là quy kết cho mỗi pic trên phổ 1 mảnh phân tử xác định và chỉ ra sự tạo thành ion mảnh đó, từ đó rút ra những kết luận về cấu tạo phân tử.
+ Ngoài ra, hiện nay người ta còn sử dụng kết hợp các phương pháp sắc ký kết hợp với khối phổ. Phương pháp này đặc biệt hiệu quả khi sử dụng thư viện phổ để so sánh nhận dạng các hợp chất. Có thể sử dụng phương pháp sắc ký khí - khối phổ viết tắt là GC-MS (Gass Chromatography Mass Spectrometry) cho các hợp chất dễ bay hơi như tinh dầu trên cơ sở nối ghép máy sắc ký khí với máy phổ khối lượng. Toàn bộ hệ thống GC-MS được nối với máy tính để tự động điều khiển hoạt động của hệ, lưu trữ và xử lí số liệu. Ngoài ra còn sử dụng phương pháp sắc ký lỏng-khối phổ, viết tắt là LC-MS (Liquid Chromatogroply Mass Spectrometry) cho các hợp chất khác. Sắc ký lỏng phân giải cao là một phương pháp hữu hiệu để phân tách các hỗn hợp phức tạp. Đặc biệt là khi nhiều hợp phần trong hỗn hợp đó có độ phân cực lớn (nhất là phân tích thuộc trong ngành dược). Ưu điểm của hệ thống LC-MS cũng giống như hệ thống GC-MS. ở hệ thốngL-MS người ta phải áp dụng những kỹ thuật đặc biệt để loại những dung môi phân cực dùng cho sắc ký lỏng trước khi chuyển sang máy phổ khối lượng. Toàn bộ quy trình vận hành và ghi kết quả được tự động điều khiển bởi computer.