Các bên tranh chấp phải tuân thủ các phán quyết của Toà Phúc thẩm Thường trực trong thời hạn được Toà xác định. Nếu không đưa ra thời hạn cụ thể, các bên phải chấp hành trong thời gian 30 ngày kể từ ngày ra phán quyết. Phán quyết của Toà trọng tài ad hoc không bị đưa ra kháng cáo bác bỏ thì cũng được điều chỉnh bởi các nguyên tắc đảm bảo thực thi như trên (NĐT Olivos,
Điều 29). Khi một bên quốc gia kháng cáo, việc thực thi phán quyết của Toà
trọng tài ad hoc sẽ bị đình chỉ (NĐT Olivos, Điều 29).
Bất đồng trong việc thực thi phán quyết: Trong trường hợp một quốc gia có lợi ích liên qua trực tiếp tới phán quyết của toà nhận thấy rằng việc thi hành vẫn không theo phán quyết, quốc gia đó có thời hạn 30 ngày kể từ ngày áp dụng các biện pháp đó để đệ trình tình trạng đó lên toà Phúc thẩm thường trực, cơ quan đã ra phán quyết cuối cùng đó. Toà Phúc thẩm thường trực sau đó sẽ đưa ra phán quyết trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày được thông báo về tình trạng nêu trên (NĐT Olivos, Điều 30).
Các biện pháp đối kháng: Nếu một bên quốc gia tranh chấp không thực thi một phần hay toàn bộ phán quyết, bên còn lại có thể tiến hành các biện pháp đối kháng tạm thời trong khoảng thời gian một năm kể từ thời điểm kết thúc thời hạn 30 ngày mà lẽ ra trong khoảng thời gian đó phán quyết cần được thực thi. Các biện pháp đối kháng như đình chỉ giảm nhượng thuế quan hay các nghĩa vụ tương đương khác, được tiến hành nhằm mang lại việc đảm bảo thực thi phán quyết. Quốc gia có lợi ích liên quan trực tiếp đến phán quyết của toà ban đầu tiến hành đình chỉ giảm nhượng thuế quan hoặc các nghĩa vụ tương đương khác trong những ngành, lĩnh vực có ảnh hưởng. Nếu quốc gia đó cho rằng những việc trên vẫn không hiệu quả hay không thực tế, có thể đình chỉ giảm nhượng thuế quan hay các nghĩa vụ trong ngành, lĩnh vực khác, nhưng
phải đưa ra lý do, các quốc gia bị ảnh hưởng từ các biện pháp đối kháng này có thể chất vấn những lý do đó (NĐT Olivos, Điều 31).
2.2. Các biện pháp giải quyết tranh chấp khác
Bên cạnh cơ chế giải quyết tranh chấp theo Nghị định thư Olivos, còn có các biện pháp giải quyết tranh chấp bao gồm: tham vấn và các thủ tục kiện tụng lần lượt được quy định trong Chỉ thị số 17/99 thông qua bởi Uỷ ban Thương mại MERCOSUR, trong phụ lục của Nghị định thư Ouro Preto, Nghị quyết số 18/02 thông qua bởi Hội đồng Khối thị trường Chung. Các biện pháp giải quyết song hành đó được tiến hành bởi Uỷ ban Thương mại MERCOSUR và Nhóm Thị trường chung.