Ngược với thiết kế bên trong, nút bấm của chuột cải tiến khá chậm chạp và hầu như chỉ thay đổi về số lượng, kiểu dáng và vị trí mà thôi. Chú chuột "tổ" do Engelbart phát minh đầu tiên chỉ có một nút bấm và sau đó không lâu tăng lên 3 nút. Những loại chuột ban đầu thường có từ một tới ba nút và về sau tăng lên bốn hoặc hơn. Tuy vậy, về cơ bản, mỗi loại chuột đều có tối thiểu hai nút bấm chính. Nhiệm vụ của nút bên trái là chọn và khởi động các đối tượng, nút phải để mở các menu tính năng của đối tượng mà người dùng đã chọn.
Những năm cuối thế kỉ 20, chuột máy tính có một số cải tiến về phím bấm. Sản phẩm thời kì này thường có 5 phím khác nhau. Tùy thuộc vào yêu cầu của người dùng mà những phím phụ này có nhiều chức năng riêng biệt ví dụ như Forward (tiến) hoặc Backward (lùi) khi duyệt web, chúng cũng có thể được gán nhiều tính năng tùy chọn nhờ vào phần mềm đi kèm. Theo Douglas Engelbart, số lượng phím bấm tối ưu của chuột nên "càng nhiều càng tốt" và thực tế đã cho thấy điều đó là đúng. Một phát minh quan trọng trong thiết kế chuột nói riêng và các thiết bị trỏ nói chung chính là bánh xe nhỏ ở giữa hai nút bấm mà chúng ta thường thấy ngày nay. Nó sử dụng cho các tác vụ cuộn trang hoặc phóng to/thu nhỏ các đối tượng. Về sau, Logitech và Microsoft giới thiệu phiên bản tiên tiến hơn có tên gọi "bánh xe nghiêng" (tilt- wheel) dành cho những sản phẩm cao cấp của họ. Với bánh xe mới, người dùng có thể gạt sang hai bên để thực hiện chức năng cuộn ngang. Đôi khi, ta cũng có thể tìm thấy những sản phẩm sử dụng công nghệ cảm ứng thay vì bánh xe vốn dễ bám bụi và trục trặc, điển hình như V500 của Logitech.