2.4.3.1 Thiếu cơ sở vật chất phục vụ thanh tra
Khó khăn đầu tiên và cũng là khó khăn chung của cả nền kinh tế - xã hội nước ta là xuất phát điểm kinh tế thấp, kéo theo đó là cơ sở vật chất kỹ thuật phục vụ cho hoạt động quản lý nhà nước lạc hậu không đáp ứng yêu cầu quản lý. Trong thời gian khá dài trước đây, chúng ta không có điều kiện kinh tế để đầu tư cho các hoạt động hợp tác quốc tế về thuế, không đủ điều kiện để đầu tư trang bị hệ thống máy tính điện tử hiện đại mà đây là những điều kiện thiết yếu để thu thập và xử lý thông tin phục vụ hoạt động đấu tranh chống chuyển giá.
2.4.3.2 Thiếu kinh nghiệm về chống chuyển giá
Quá trình hội nhập kinh tế quốc tế mạnh mẽ bên cạnh những cơ hội là những thách thức đi cùng. Sự gia tăng nhanh chóng các doanh nghiệp FDI, cùng với đó là các hành vi chuyển giá của các doanh nghiệp này trong bối cảnh chúng ta chưa từng có kinh nghiệm về hoạt động chống chuyển giá. Thực tế thì hiện tượng chuyển giá đã xuất hiện từ rất lâu trên thế giới, nhưng thời gian gần đây mới được nhắc đến nhiều ở Việt Nam. Do đó, có thể thấy sự thiếu kinh nghiệm trong vấn đề chống chuyển giá ở Việt Nam. Chúng ta phải vừa học hỏi, vừa áp dụng thực tiễn và rút kinh nghiệm dần dần. Những bước đầu còn bỡ ngỡ thì không thể đòi hỏi sự tinh thông và hiệu quả cao ngay được.
2.4.3.3 Khó khăn trong việc xây dựng nguồn dữ liệu về giá
Khó khăn thứ ba chính là việc thu thập, sàng lọc thông tin trong bối cảnh các giao dịch quốc tế đa dạng, phức tạp trên phạm vi toàn cầu. Không phải tất cả các cơ quan thuế các nước đều sẵn sàng hợp tác để cung cấp thông tin, và cũng không phải lúc nào họ cũng có thông tin để cung cấp và cung cấp kịp thời. Trong khi đó, muốn xác định giá chuyển giao theo các nguyên tắc chống chuyển giá mà pháp luật quy định thì phải thu thập đầy đủ thông tin, nếu không có thông tin thì không thể xác định được giá chuyển giao.
2.4.3.4 Bất cập trong quản lý
Cuộc “đấu tranh” chống hành vi chuyển giá của các doanh nghiệp trong thời gian qua tuy đã đạt những kết quả nhất định nhưng còn chưa đáp ứng yêu cầu đề ra ngoài nguyên nhân đến từ những khó khăn khách quan, còn có từ những vướng mắc, bất cập trong quản lý. Cụ thể là:
Hành lang pháp lý về chống chuyển giá chưa hoàn thiện. Xét ở cấp độ văn bản luật thì quy định về chuyển giá và chống chuyển giá chưa thực sự đầy đủ và rõ ràng. Như đã phân tích trên, mới chỉ có Điểm e Khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế quy định một nội dung có liên quan có thể được vận dụng làm cơ sở để đấu tranh chống chuyển giá. Ngoài ra, các quy định về định giá chuyển giao chỉ mới dừng ở cấp thông tư nên hiệu lực pháp lý chưa cao, gây khó khăn cho quá trình thực hiện. Hiện nay cũng chưa có quy định rõ ràng về các khoản chi ngân sách phục vụ chống chuyển giá (chi phí để mua thông tin, chi phí điều tra, xác minh...). Chưa có quy chế phối hợp giữa các cơ quan có liên quan (công an, tham tán kinh tế) để giúp ngành Thuế thu thập thông tin phục vụ công tác chống chuyển giá.
CHƯƠNG 3: ĐỀ XUẤT MỘT SỐ BIỆN PHÁP NGĂN CHẶN CHUYỂN GIÁ Ở CÁC DOANH NGHIỆP FDI TẠI VIỆT NAM